Jean-Baptiste DUPONT - Service Central d`Authentification

Jean-Baptiste DUPONT
Mémoire présenté en vue de l’obtention du
grade de Docteur del’Université de Nantes
sous le label de L’Université Nantes Angers Le Mans
École doctorale : Biologie Santé
Discipline : Biomolécules, pharmacologie, thérapeutique
Spécialité : Biologie des organismes
Unité de recherche : INSERM UMR 1089
Soutenue le 21 Septembre 2015
Thèse N° :
Pharmacologie moléculaire des vecteurs
adéno-associés recombinants dans le muscle
squelettique déficient en dystrophine
JURY
Rapporteurs : Isabelle RICHARD, Directeur de Recherche, INSERM U951, CNRS UMR8587, Généthon
Vincent MOULY, Directeur de Recherche, CNRS UMR7215, Institut de Myologie
Examinateur : George DICKSON, Professor, School of Biological Sciences, Royal Holloway, University of London
Directeur de Thèse : Philippe MOULLIER, Directeur de Recherche, INSERM UMR 1089
Co-encadrant de Thèse : Adrien LÉGER, Post-doctorant, INSERM UMR 1089

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Alle Dinge sind Gift, und nichts ist ohne Gift;
allein die Dosis macht, daß ein Ding kein Gift ist.
Paracelsus

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Remerciements
Pour m’avoir co-encadré pendant plus de trois ans maintenant, pour l’influence qu’ils ont
chacun eu sur la fin de mes études, et pour avoir façonné et remodelé ma façon de penser et de
faire la science, je tenais particulièrement à remercier Philippe et Adrien. Merci de m’avoir
permis de travailler dans des conditions optimales, de m’avoir encouragé et laissé l’autonomie
nécessaire à ma formation. J’espère tirer parti le plus longtemps possible de vos enseignements.
Pour m’avoir accueilli au sein du laboratoire à la fin de ma Licence il y a (déjà) 5 ans, je
tenais également à remercier Fabienne ainsi que toute l’équipe « Rétine ». En 2009, sept
semaines leur avaient suffi pour me convaincre d’adopter l’AAV.
Pour avoir accepté de relire ce manuscrit et y avoir apporté leur expertise et leurs
conseils, ainsi que pour avoir accepté d’évaluer la soutenance de cette thèse, je remercie
pleinement les Dr. Isabelle Richard et Vincent Mouly.
I also genuinely thank Pr. George Dickson for traveling accross the sea and bringing his
vision and discussions during this PhD defence.
Merci à Stéphanie Lorain et Richard Snyder d’avoir accepté de faire partie de mon
comité de thèse pendant ces trois années. Les conseils avisés qu’ils m’ont prodigué lors de nos
reunions annuelles ont été d’une grande aide.
Dans les dernières heures de la rédaction de ce manuscrit, merci à Bod, Thibaut, Mia,
Caro et Sandra pour leurs avis et conseils éclairés.
Une partie non négligeable des expériences présentées ci-après ont été réalisées avec
l’appui de Benoît (et Romain, sur la fin), que je souhaitais aussi remercier pour leur implication
dans ces différents projets, et pour avoir supporté avec moi les centaines de PCR quantitatives
qui s’imposaient à mesure de leur réalisation. Merci aussi aux 2 autres membres de l’équipe, à
savoir Émilie et Benjamin, pour leurs discussions en réunion d’équipe. Et à Magalie bien sûr,
grâce à qui ce projet a commencé.
Un grand merci à l’ensemble de nos collaborateurs, notamment toute l’équipe de
« généthonniens » (Alban, Laëtitia, Béatrice, Bernard, Christophe, Émilie, Laurence, et j’en
passe), sans qui ces projets n’auraient concrètement pas pu être réalisés. Merci pour votre aide,
votre professionnalisme, et pour avoir supporté nos facéties et élucubrations pendant ces années
(l’équilibration du pH du NAC tous les 3 jours restera, je l’espère, un grand moment de vos
carrières). Certains membres de l’UMR INRA 703, notamment Laurence, Thibaut et Mireille
nous ont également apporté leur expertise histologique et microscopique à plusieurs occasions ;
merci à vous pour ces échanges. Enfin, merci aux acteurs du réseau DMD/µDys (Pr. Thomas
Voit, Dr. Fulvio Mavilio et Pr. George Dickson) pour nous avoir permis d’utiliser des
échantillons de chien GRMD.

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Nous n’aurions pas pu en faire autant sans l’appui des plate-formes de la SFR François
Bonamy et de leur personnel, en particulier la plate-forme MicroPiCell (Philippe Hulin et
Myriam Robard), la plate-forme INGB (Pierre Lindenbaum), et, bien sûr…
…NOTRE CPV, pour ses merveilleux lots de vecteurs AAVr. Par la même occasion,
merci à Dominique et à Christine pour leurs conseils pour vaincre les clonages récalcitrants ; et
de manière plus générale, merci à tous les membres du labo pour les discussions enrichissantes
que nous avons pu avoir ces 3 dernières années. Merci aussi à ceux avec qui on discute moins
mais sans qui rien ne peut se faire, notamment Anita, Françoise et Manuella toujours
indispensables, et les filles de la laverie pour avoir autoclavé sans relâche nos mortiers, pilons,
spatules et autres dounces.
Pour continuer, merci aux experts de l’équipe RE2 pour n’avoir jamais rechigné à
instruire, aider ou former le jeune Master / thésard que j’ai pu être, notamment Mickaël,
Virginie, Caroline et Mia. Vous formez une belle équipe.
Et puis, bien sûr, il y a celles et ceux de l’openspace. Sans vous, il faut l’avouer, il aurait
été bien plus déprimant de se lever ces 1300 et quelques matins. Certain(e)s d’entre vous seront
peut-être déçu(e)s de ne pas avoir 150 pages dédiées à eux (elles) seul(e)s, mais c’est bien vous
tous, avec vos qualités et vos défauts, qui avez rendu ces années agréables à vivre. Je souhaite à
tout le monde de pouvoir un jour (OK, peut-être seulement un jour ^^) travailler avec des
collègues comme vous. Au fil des mois vous êtes d’ailleurs devenus bien plus que cela.
Certains professeurs / chercheurs / médecins ont particulièrement marqué mon parcours,
avant ou pendant ma thèse. Je tenais aussi à leur adresser mes remerciements pour avoir posé
quelques jalons :
tout d’abord Mme Pelletier, qui a passé la moitié de l’année de 3ème à nous parler des
maladies génétiques. Sans elle j’aurais peut-être étudié l’astrophysique, la
thermodynamique, voire même l’immunologie ;
tous les enseignants de la prépa BCPST de l’EDEN. Merci à eux qui me corrigaient mes
sujets de concours ENS pendant leurs vacances ;
Alex, chez qui j’ai pu effectuer mon premier « vrai » projet de recherche, et qui a
renforcé ma volonté de travailler sur le muscle ;
Sandra, pour m’avoir permis de découvrir le versant clinique des maladies
neuromusculaires, de participer aux « CMD » et aux « staffs » du service de génétique
médicale du CHU de Nantes, et de comprendre pourquoi j’avais choisi ce métier ;
Tanguy, pour m’avoir fait découvrir l’enseignement dans le supérieur. Je me souviendrai
longtemps des 3 x 2 h de psychophysio du Vendredi.

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D’un point de vue plus personnel, merci à ma famille. Mes parents d’abord, pour m’avoir
appris à faire des gomettes dès mon plus jeune âge et pour l’amour qu’ils me donnent
quotidiennement depuis 26 ans maintenant. Ma petite sœur ensuite, qui se croit à tort souvent
moins forte que moi (mais ça changera quand on comparera nos salaires…). Mes grands-parents
/ oncles / tantes / cousins et cousines enfin, qui ont toujours été là pour moi. J’espère que les
CHAGBAMALUCACO auront encore l’occasion de se retrouver à Brétignolles (ou peut-être
outre-Atlantique !).
Enfin, merci à tous mes amis :
ceux avec qui j’ai appris à transformer des Animutants, à cloner des Pokémon, à fragger
des Covenants, à repêcher des ballons dans la Chézine et à faire disparaître la…
CLÉÉÉÉÉ à Lousmouss ;
ceux avec qui j’ai appris à disséquer les sépales des scrofulariacées, différencier les
plagiocalse albite et anorthite, diagonaliser les matrices et fabriquer des électrodes au
calomel saturé ;
ceux avec qui j’ai appris qu’il est plus facile d’endormir une drosophile que d’attraper un
nématode, qu’en fait c’est « SZOSTAK !! » et « Agrrrobacterium » les plus forts, et que
« Rabbi Jacob sait très bien danser ! » ;
ceux avec qui j’ai appris que faire un minion avec des morceaux de carton c’est possible,
que les quiches oignon/jambon sont très nourrissantes et que parfois les Perok’ cachent
bien leur jeu ;
ceux avec qui j’ai appris que le Mercredi soir (mais pas le Mardi, non mais oh !) il suffit
parfois de pâtes-bolo pour faire un bon repas.
Pour terminer, un grand merci aux radicaux libres. Votre obstination à ne pas respecter la
règle de l’octet fait de vous les « enfants terribles » du monde de la chimie. Vous pouvez être
dangereux mais savez aussi vous montrer indispensables, nous rappelant qu’il est parfois
nécessaire de ne pas respecter les règles.