Proposition de stage - Année 2011/2012 Titre : La diversité des micro-organismes associés aux arbres est-elle affectée par le changement climatique? Etude le long d’un gradient latitudinal européen sur hêtre. Laboratoire d’accueil : UMR 1136 IAM, Interaction Arbres-Microorganismes INRA Nancy, F-54280 Champenoux Responsables du stage : MARÇAIS Benoit (03 83 39 40 53, [email protected]) BUÉE Marc ([email protected]). Descriptif du Stage : La relation entre gradients d’énergie et richesse des communautés est bien documentée pour de nombreux groupes d’organismes (plantes, animaux, insectes). Toutefois, très peu d’informations sont disponibles concernant les micro-organismes. Les champignons ectomycorhiziens et pathogènes sont des éléments clés pour le fonctionnement des écosystèmes et l’évolution de ces communautés sous l’impact du changement climatique est donc une question importante. Cette étude a pour but de voir si la diversité et la structure des communautés de champignons ectomycorhiziens et d’oomycètes pathogènes associés au hêtre peuvent être affectées par des variables climatiques (température et précipitations) en utilisant des gradients latitudinaux comme proxy. Un échantillonnage de sol sur une 20aine de placettes de hêtre situées en plaine a été réalisé à l’automne 2011, en France. Cet échantillon sera complété par des prélèvements venant de placettes de hêtre de différents pays européens (Espagne, Italie, Pologne, Suède). La diversité de champignons et oomycètes dans ces sols sera étudiée durant le stage par une approche de séquençage de masse : extraction de l’ADN du sol, amplification de la région ITS-1 des fonges et oomycètes et séquençage 454 FLX. La richesse et la structures des communautés étudiées sera mise en relation avec les caractéristiques édaphiques (type de sols) et climatiques des placettes. Les méthodes d’extraction d’ADN des sols, d’amplification des régions cibles (barcodes) et les techniques (et pipelines) d’analyse de données 454 ont été validés antérieurement. L’approche de séquençage haut débit devrait se faire en local consécutivement à l’acquisition d’un pyroséquenceur « Junior » de paillasse. Discipline, compétences et techniques développées au cours du stage : Ecologie des communautés. Techniques d’extraction d’ADN, amplification par PCR, électrophorèse, initiation à des notions de bio-informatique (utilisation de pipeline déjà développés), formation au logiciel R, analyses de données et analyses statistiques. Renseignements additionnels : - Une gratification de 417 euros par mois est prévue pour un(e) stagiaire de Master 2.