Impact des métaux lourds sur les interactions plante - IRD

UNIVERSITE PARIS EST
ECOLE DOCTORALE SCIENCE DE LA VIE ET DE LA SANTE
Thèse de Doctorat
Spécialité
ECOLOGIE MICROBIENNE
Présentée par
Thi My Dung HUYNH
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITE PARIS EST
IMPACTS DES METAUX LOURDS SUR
L’INTERACTION PLANTE/ VER DE TERRE/
MICROFLORE TELLURIQUE
Soutenue le 22 décembre 2009
Devant le jury composé de :
Pr Philippe MORA, Université Paris Est-Créteil Président
Pr Alain LEPRETRE, Université Lille 1 Rapporteur
Pr Jun DAI, South China Agricultural University Rapporteur
Dr Franck POLY, Université Claude Bernard Lyon 1 Examinateur
Dr Thi Anh Thu PHAM, Université Paris Est-Créteil Examinateur
Pr Thi My Hanh DIEP, Université des Sciences Naturelles, Vietnam Co-directrice de thèse
Pr Corinne ROULAND-LEFEVRE, IRD Directrice de thèse

A mes parents
A ma famille
A ma sœur
A Barthélemy

REMERCIEMENTS
Ce travail a été réalisé principalement dans le Laboratoire d’Interactions BIOlogiques dans les
Sols (IBIOS) (UMR 211 – BIOEMCO) de l’IRD à Bondy, institut qui a également attribue
une bourse pour la réalisation de cette thèse. Je voudrais ainsi remercier les autorités
administratives et scientifiques de l’IRD pour les moyens déployés pour sa réalisation et leur
exprimer toute ma reconnaissance pour les enseignements, conseils et encouragements qu’ils
m’ont apportés durant ces trois années.
Je tiens tout d’abord à exprimer ma profonde gratitude et mes sincères remerciements à
Madame Le Professeur Corinne Rouland-Lefèvre, directrice de ma thèse. Avec sa
disponibilité, son savoir-faire, ses conseils, elle m’a permis de réaliser cette thèse dans les
meilleures conditions. Sa compétence, sa patience, son enthousiasme et l’attention particulière
avec laquelle elle a suivi et dirigé ce travail ont permis son aboutissement à temps. De
Corinne, j’ai acquis une méthodologie de travail bien organisée afin de ne pas se tromper de
chemin. Je la remercie de m’avoir accompagné dans la nuit entre le laboratoire et chez moi, je
n’oublierai jamais qu’elle a travaillé jusqu’à très tard pendant la rédaction de mon manuscrit.
Merci pour tout !
Je tiens à remercie Monsieur Alain Leprêtre, Professeur à l’Université Lille 1 et Monsieur Dai
Jun, Professeur à l’Université « South China Agricultural » pour m’avoir fait l’honneur
d’accepter d’être les rapporteurs. Merci pour votre disponibilité pour la lecture de ce mémoire
et aussi d’avoir accepté de juger cette thèse.
Ce travail a été aussi réalisé grâce à différents laboratoires que je tiens ici à remercier :
Au Vietnam :
Je remercie tout d’abord Mme Thi My Hanh Diep, co-directrice de ma thèse, qui a accepté de
m’accueillir dans son laboratoire et de me confier le travail sur la plante Lantana camara.
Tous mes remerciements également aux personnes qui m’ont aidé pour l’expérimentation à
Binh Duong – Ho Chi Minh Ville : Lam, Van, Phuong, Trung, Julie.

Je voudrais remercier le Professeur Le Dinh Don, directeur du laboratoire de Biotechnologie
de l’Université de l’Agriculture et de la Forêt de Ho Chi Minh Ville, ainsi que toutes les
personnes qui travaillent dans ce laboratoire pour leur précieuse aide. Je tiens à exprimer mes
remerciements à mes deux étudiants de licence, Phuong Hoa et Hoang Phuc.
En France :
Ayant effectué un stage sur la technique DGGE au CNRS de Lyon, j’exprime tout d’abord ma
profonde gratitude à Mr Franck Poly qui a accepté de m’accueillir dans son équipe au
laboratoire d’Ecologie Microbienne (CNRS – Lyon) depuis mon Master 2, et suite à ce stage,
d’être examinateur de cette thèse. Merci pour sa grande disponibilité, ses conseils, sa
sympathie, tout ceci malgré la distance entre Paris et Lyon. Je tiens à particulièrement
remercier Eléonore qui m’a énormément aidé en ce qui concerne cette technique.
J’ai aussi travaillé sur la méthode Biolog au laboratoire d’IBIOS à Créteil et je tiens à
remercier le Professeur Philippe Mora pour son accueil, ses conseils et sa gentillesse. Je
remercie également, la technicienne Stéphanie, la secrétaire Suzanne, les permanents Michel,
Virginie et particulièrement Edouard. Je tiens aussi à remercier Madame Anh Thu Pham Thi
pour ses conseils au tout début de l’expérimentation et Monsieur Noureddine Bousserrhine
pour le protocole Biolog.
Enfin, ayant travaillé principalement dans le laboratoire IBIOS de l’IRD à Bondy, je tiens à
remercier le directeur de l’IRD de Bondy Monsieur Georges De Noni pour ses
encouragements.
Je tiens à remercier Madame Anne Pando pour son expérience qu’elle m’a fait partager, ses
conseils, ses encouragements, et la correction du manuscrit.
Je tiens à remercier Monsieur Alain Robert, qui m’a supportée pendant la rédaction de ma
thèse, merci pour son aide, ses conseils, la correction du manuscrit, merci également à sa
femme qui a réservé du temps à l’orthographe et la ponctuation de mon manuscrit.

Merci également à Madame Jocelyne Roman, qui m’a aidé pour la culture fongique, ses
encouragements, son amitié.
Je remercie Annick pour les photographies et son amitié. Merci aussi pour m’avoir aidée à
imprimer cette mémoire.
J’adresse mes sincères remerciements au Professeur Patrick Lavelle pour la démonstration de
l’identification du ver de terre et ses conseils sur ce projet.
Je remercie également tous les permanents du laboratoire, Manuel pour ses conseils, son idée
de la technique Biolog, Jérôme pour les statistiques, Florence pour son soutien moral et les
statistiques (R), Nuria pour son aide sur les statistiques (ADE-4), Thierry, Sébastien, sans
oublier les deux secrétaires du laboratoire Annabelle et Sandrine.
Je remercie les étudiants du laboratoire, Thomas, Joseph, Anouar, Trang, Chi, Fatima, Anan,
et mon étudiante en licence, Taline. Sans oublier les amis de Lyon, Martina, Afi, Amandine,
Nelly.
Je tiens à remercier les étudiants vietnamiens Chi, Linh, Khanh et spécialement Minh Thu qui
a beaucoup partagé de moments avec moi.
Merci infiniment à Diana pour son aide à la rédaction des articles en Anglais.
Merci à tous ceux qui ont soutenu cette aventure de près et de loin.
Enfin, un grand merci à Solange et Joseph, Pierre, Thomas, et Jacques qui m’ont apporté la
chaleur d’une deuxième famille et qui ont compensé l’absence de ma famille au Vietnam.
My Dung HUYNH