thèse - IRIT

Ecole Polytechnique
EDX
THÈSE
pour obtenir le titre de
Docteur de l’Ecole Polytechnique
Mention : INFORMATIQUES ET SYSTÈMES COMPLEXES
Présentée et soutenue par
Emmanuel FAURE
Reconstruction automatisée du
lignage cellulaire spatio-temporel
de l’embryon
Thèse dirigée par Paul BOURGINE
préparée au CREA (Ecole Polytechnique et CNRS)
soutenance prévue le 1 Juillet 2009
Directeur : Paul BOURGINE - CREA - Ecole Polytechnique
Rapporteurs : Jacques DEMONGEOT - TIMC - IMAG
Hugues BERSINI - IRIDIA - ULB (Bruxelles, Belgique)
Examinateurs : Isabelle GUYON - Clopinet Consulting (San Francisco, USA)
Nadine PEYRIÉRAS - DEPSN - CNRS
Guy THERAULAZ - CRCA - UPS
Invité : René DOURSAT - ISCPIF - Ecole Polytechnique

Ecole Polytechnique
EDX
THÈSE
pour obtenir le titre de
Docteur de l’Ecole Polytechnique
Mention : INFORMATIQUES ET SYSTÈMES COMPLEXES
Présentée et soutenue par
Emmanuel FAURE
Reconstruction automatisée du
lignage cellulaire spatio-temporel
de l’embryon
Thèse dirigée par Paul BOURGINE
préparée au CREA (Ecole Polytechnique et CNRS)
soutenance prévue le 1 Juillet 2009
Directeur : Paul BOURGINE - CREA - Ecole Polytechnique
Rapporteurs : Jacques DEMONGEOT - TIMC - IMAG
Hugues BERSINI - IRIDIA - ULB (Bruxelles, Belgique)
Examinateurs : Isabelle GUYON - Clopinet Consulting (San Francisco, USA)
Nadine PEYRIÉRAS - DEPSN - CNRS
Guy THERAULAZ - CRCA - UPS
Invité : René DOURSAT - ISCPIF - Ecole Polytechnique

Remerciements
à Romane et Naël.
Je voudrais tout d’abord remercier mon directeur de thèse, Paul Bourgine.
Non pas par convention ou respect qu’il se doit d’être en premier, mais simple-
ment parce que sans lui cette thèse n’aurait jamais vu le jour et la reconstruction
du lignage cellulaire aurait pris encore bien des années .... Son enthousiasme, sa
foi en toutes les sciences, son énergie, son savoir, sa pédagogie, sa patience et sa
confiance face à la diversité de chacun, ainsi que sa sagesse mêlée à son éternelle
jeunesse sont les atouts d’un directeur de recherche exceptionnel, attentif et pas-
sioné. Il a toujours été disponible et demandeur pour d’intenses discussions de
fond, de forme, mais aussi du reste. Pour tout cela, sa confiance en mon éternelle
autonomie, son soutien financier au cours de ma thèse, et son amitié, je le remercie
vivement.
Mon second remerciement va à Nadine Peyriéras qui a été au cours de mes
années de thèses bien plus que notre expert biologiste, mais m’a guidé, écouté et
conséillé. Tout ma connaissance d’embryologiste, vient d’elle, et de sa passion à
nous faire partager les problématiques les plus fondamentales, les questions les
plus motivantes et les meilleurs glaces. Pour le temps consacré à mes cotés et mon
anglais à corriger sans cesse , je la remercie très chaleureusement.
Je tiens à remercier particulièrement Mr Jacques Demongeot d’avoir été un
excellent rapporteur et Directeur de jury. Je voudrais aussi remercier Mr Hugues
Bersini, Mr Guy Theraulaz, Mme Isabelle Guyon, et Mr René Doursat, qui m’ont
fait le plaisir et l’honneur de faire partie de mon jury de thèse.
Je voudrais remercier L’Association pour la recherche sur le cancer de m’avoir
aider financièrement dans les derniers mois de ma Thèse.
Je voudrais ensuite fortement remercier mes collègues de tous les jours qui
ont grandement contribué à l’avancé de cette thèse, tant sur le plan scientifique et
technique, qu’humain.
Au sein du Centre de Recherche en Epistémologie Appliquée, Benoît Lombar-
dot qui m’a réellement aidé à avoir les pieds sur terre en rendant mon enthou-
siasme débordant en méthodes concrètes et propres, mais aussi pour son amitié
quotidienne ; Thierry Savy, pour son génie, et la question qui fâche ; Raphaël Kel-
ler, un vérificateur de première, aux dernières heures ; et Jérome Raciazek,mon
ingénieur privilégié.
A Gif sur Yvette, l’équipe des biologistes du DEPSN : Louise Duloquin pour
son dynamisme, son amitié et ses oursins ; Benoît pour essayer de rester digne
entourer de tant de filles ; ainsi qu’Ingrid,Sophie,Vasily &Julien.
Je voudrais aussi remercier tout particulièrement mes collaborateurs princi-
paux dans le cadre des projet européens Embryomics et BioEmergences. Ce fut
des collègues exceptionnels avec lesquels j’ai crée une famille internationale plu-
ridisciplinaire. Au travers d’un partage scientifique intense, chaque meeting fut
un instant d’apogée dans l’échange humain. Ils ont su rester attentif et calme face