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Institut de Génétique
et Microbiologie
LES CRISPRS, INSTRUMENTS D'ETUDE DE
L'EVOLUTION INTER ET INTRA-
SPÉCIFIQUE CHEZ LES MICROORGANISMES
Soutenance de thèse, le 24 Juin 2008, IGM
Ibtissem GRISSA

Introduction
Résultats
Discussion
Perspectives
2
PLAN
Introduction : Les CRISPRs avant 2006
Etat des lieux
But de la thèse
Résultats
Investigation des CRISPRs
Le CRISPR pour la phylogénie
Discussion
Investigations du CRISPR
Utilisation du CRISPR pour la phylogénie
Perspectives
Les metagenomes
Introduction : Les CRISPRs avant 2006
Etat des lieux
But de la thèse
Résultats
Investigation des CRISPRs
Le CRISPR pour la phylogénie
Discussion
Investigations du CRISPR
Utilisation du CRISPR pour la phylogénie
Perspectives
Améliorer les outils
Les métagénomes
Introduction
Résultats
Discussion
Perspectives

Introduction
Résultats
Discussion
Perspectives
3
DR
Leader
spacers DR dégénéré
TTAGGGTTACGTCCCCCCCGATTCTTGTGACCCTCTTTTTATCACTATGACTAACGTATTGATTTTTATGCTACTCAGGTATT
TCACTAAAAAAAGGGTTTTTACGCATTTTGCGCCATTGCTCATTGATAAACATCGGGTTATCCGTATTATCTTACGTTCAC
TGCCGCACAGGCAGCTTAGAAAATGTTCGACGATTTATTTTATTTGTATTTCAGGTTCACTGCCGCACAGGCAGCTTA
GAAAATTTATTAAAGATGCTGACAAAAAGAACTTAAGTTCACTGCCGCACAGGCAGCTTAGAAAGTCAACGCTTCAC
TCCCTGCGCGGGGTATAACGTTCACTGCCGCACAGGCAGCCCAATAA Yersinia pestis CO92 (NC_003143_2 )
1ère observation : Escherichia coli (Ishino 1987)
succession de séquences répétées de 29pb espacées de séquences
uniques de 32-33pb.
2 locus séparés de 24 kb (14 et 7 répétitions)
Introduction La découverte des CRISPRs (1)

Introduction
Résultats
Discussion
Perspectives
4
1991 : découverte d’un CRISPR dans le complexe Mycobacterium
tuberculosis
Introduction
Structure présente chez tous les membres du complexe M.
tuberculosis
Marqueur génétique assez polymorphe pour différencier
les souches
1996 : Le spoligotypage pour le typage épidémiologique de
M. tuberculosis (Membrane d’oligonuclétides composée de
43 spacers)
La découverte des CRISPRs (2)
Obeservations chez les archées :
2 Haloferax volcanii et H. mediterranei (Mojica et col. 1993, 1995)
Sulfolobus (She 1994)

Introduction
Résultats
Discussion
Perspectives
5
L’acronyme CRISPR
TREP Tandem Repeat
SRSR Short Regularly Spaced Repeats
DVR Direct Variable Repeat
LCTR Long Cluster of Tandem Repeat
SPIDR Spacers Interspaced Direct Repeats
E. coli
DR : 29bp, spacer : 32-33pb
CGGTTTATCCCCGCTGGCGCGGGGAACTC
H. mediterranei et H. volcanii
DR : 30bp, spacer : 33-39pb
GTTACAGACGAACCCTAGTTGGGTTGAAGC
M. tuberculosis
DR : 36pb spacer : 35-41pb
GTCGTCAGACCCAAAACCCCGAGAGGGGACGGAAAC
CRISPR Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat
Jansen 2002
Introduction