Titre: Développement d`une méthode de typage moléculaire à haute

Titre: Développement d’une méthode de typage moléculaire à haute résolution pour l’étude de la
phylogénie et de l’évolution des xanthomonads phytopathogènes
Unité: UMR RPB (Résistance des Plantes aux Bio-agresseurs) – IRD Montpellier
Contact: Dr. Ralf Koebnik (http://www.biopred.net/koebnik/koebnik.html)
Institut de recherche pour le développement
911, Avenue Agropolis, BP 64501; 34394 Montpellier, Cedex 5
Tel: 04.67.41.62.28; Fax: 04.67.41.61.81; Email: [email protected]
Contexte:
Plusieur espèces de Xanthomonas, dont X. oryzae pv. oryzae (Xoo) et X. citri pv. citri (Xcc), se
disséminent facilement et ont par un impact élevé sur des cultures importantes. Ils font partie des
agents pathogènes classés comme « agents biologiques », c’est à dire organismes pouvant être
utilisés pour le bioterrorisme. À la lumière de cette classification, le développement de moyens de
lutte efficaces contre Xoo et Xcc est primordial. Notre objectif majeur ici, est de développer une
méthode simple, nouvelle, rapide, sensible et robuste pour le typage moléculaire de souches.
Comme « proof of concept » nous proposons de développer ces méthodologies sur deux espèces
modèles de Xanthomonas dont l’impact de l’épidémie représente déjà (ou peut représenter) une
menace pour la sécurité alimentaire. Les techniques proposées sont universellement applicables,
reproductibles et utilisables rapidement et à un moindre coût dans différents laboratoires et
environnements. Elles pourront être facilement utilisables en cas d’introduction accidentelle ou
intentionnelle de l’agent pathogène. En résumé, l’originalité de ce projet réside dans l’identification,
la caractérisation et l’exploitation de loci CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short
Palindromic Repeats) de souches Xanthomonas, loci dont la variabilité facilement exploitable
n’avait pas encore été explorée pour les bactéries phytopathogènes.
La connaissance des mécanismes qui sous-tendent le développement des maladies bactériennes et
l’apparition de nouvelles souches dépend étroitement de la dimension géographique et de l’étude de
la génétique des populations. Ces études dépendent de la disponibilité d’outils de typage
performants. Notre projet repose donc sur une approche multidisciplinaire qui inclue la surveillance
épidémiologique de pathogènes importants et a des applications directes pour le contrôle et la
gestion des maladies. Ce projet de part les pathogènes ciblés contribuera à améliorer la sécurité
alimentaire globale et à développer des nouveaux outils de tracabilité notamment en cas d’action de
bioterrorisme.
Le projet a un soutien de l’Agence Nationale de la Recherche (Projet « XANTHracing »).
Domaines: Phytopathologie et phylogénétique
Profil candidat: Microbiologie; biologie moléculaire; bioinformatique
Programme:
- Désign et évaluation des amorces CRISPR
- Analyse à moyenne échelle des loci CRISPR (hybridation, PCR, séquencage)
- Analyse bioinformatique des données CRISPR (base de données, phylogénétique)
Références de bases:
• Deveau H, Garneau JE, Moineau S (2010). CRISPR/Cas system and its role in phage-bacteria
interactions. Annu. Rev. Microbiol. 64: 475-493.
• Grissa I, Vergnaud G, Pourcel C (2007). The CRISPRdb database and tools to display CRISPRs
and to generate dictionaries of spacers and repeats. BMC Bioinformatics 8: 172.
• Horvath P, Barrangou R (2010). CRISPR/Cas, the immune system of bacteria and archaea.
Science 327: 167-170.
• Marraffini LA, Sontheimer EJ (2010). CRISPR interference: RNA-directed adaptive immunity
in bacteria and archaea. Nat. Rev. Genet. 11: 181-190.