Identification des variations nucléotidiques expliquant l`apparition et
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Stage Master 2 2015-2016 Identification des variations nucléotidiques expliquant l’apparition et le développement de mélanomes Unité d’accueil UMR1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative Domaine de Vilvert – Bât 320 78350 Jouy-en-Josas Direction : Claire Rogel-Gaillard Equipe Génétique Immunité Santé (GIS) Animation : Bertrand Bed’Hom Web : http://www6.jouy.inra.fr/gabi/les-Recherches/Equipes-de-recherche/GIS Thématique de recherche : La stratégie scientifique de notre équipe de recherche mixte INRA et CEA est centrée sur la génétique de la santé (pathologies infectieuses et mélanome) et de l’adaptation des animaux domestiques aux facteurs biotiques et abiotiques. Cette recherche a pour but objectif de comprendre les mécanismes de réponse de l’hôte et d’améliorer l’immunocompétence et la robustesse des populations commerciales d’animaux de rente afin, d’une part de réduire l’impact des problèmes de santé, de faire progresser le bien-être animal et d’augmenter la durabilité des productions animales, et d’autre part de transposer les résultats obtenus à la santé humaine. Pour cela, GIS développe des études de biologie intégrative qui cherchent à étudier la contribution de la génétique à des phénotypes d’intérêt (immunité, robustesse, production, développement du mélanome) ainsi que l’effet combiné du microbiote intestinal sur certain de ces caractères. A cette fin, l’équipe utilise des approches de biologie moléculaire et computationnelle, incluant la génomique et la métagénomique intestinale et le phénotypage de la réponse immunitaire. Les principales espèces étudiées par l’équipe sont le porc, comme espèce de production et modèle biomédical de mélanome, le poulet, avec des populations commerciales et des populations expérimentales sélectionnées sur des caractères immunitaires ou l’efficacité alimentaire, et dans une moindre mesure, le lapin. Sujet L’équipe GIS de l’UMR GABI s’intéresse, entre autres, à un modèle biomédical de porcs qui développent spontanément des mélanomes cutanés, comparables aux tumeurs retrouvées chez l’homme. L’équipe a réalisé des expériences de séquençage d’exomes et de génomes afin d’identifier les variations nucléotidiques qui pourraient expliquer l’apparition et le développement de mélanomes. L’ADN de tumeurs à différents stades a également été séquencé, afin de distinguer des mutations qui s’accumuleraient au cours de l’oncogénèse. L’objectif du stage est de sélectionner les meilleurs mutations candidates au sein de ces données, et si possible de réaliser des validations plus fonctionnelles de leur implication dans la génèse des mélanomes. Le sujet proposé combine des étapes de bioanalyse en parallèle d’expériences de biologie moléculaire. - Première étape : Comparaison des polymorphismes identifiés entre animaux malades et animaux sains, annotation des polymorphismes d’intérêt et intégration des résultats obtenus à des données de génétique générées au laboratoire (cartographie de loci de prédisposition au mélanome). L’objectif est l’établissement d’une liste de mutations candidates qui pourraient expliquer l’apparition de mélanomes, et qui devront être validées par des tests plus fonctionnels. Email : [email protected] - Deuxième étape : Comparaison entre ADN normal (extrait de cellules sanguines) et ADN de tumeurs, de différents types cliniques ou à différents stades d’évolution. Annotation des polymorphismes et comparaison avec les données de la littérature et les bases de données consacrées à la cancérologie. - Troisième étape : Validations fonctionnelles des gènes et mutations candidates : selon la nature même de ces gènes et mutations, les tests à réaliser pourront varier, concernant par exemple l’étude d’expression des gènes, l’étude de l’impact d’une mutation codante sur la fonction d’une protéine, etc…. Profil de formation Connaissances en génomique et en biologie moléculaire, intérêt pour le travail in silico comme à la paillasse. Connaissance des bases de données génomiques pour la fouille, et goût pour la recherche biomédicale, en particulier sur le cancer. Responsable à contacter : Emmanuelle Bourneuf Tél : 01 34 65 28 08 E-mail : [email protected] Email : [email protected]
