Cours Bases de données et gestion de l`information en sciences de

Introduction aux Bases de données
en Sciences de la Vie et en Santé.
UE : Conception de bases de données
Master1 - BIG
Master1 - MTIBH
Fouzia Moussouni-Marzolf

Limites de l’utilisation des fichiers
Comment créer un index ?
Quelles sont mes données ?
?
Comment les manipuler ?
Données :
redondantes,
peu fiables,
ponctuelles
L’utilisateur doit écrire
un programme souvent
complexe !!! #% »*’àç @é()$£ »&@!!!!
?
Application :
rigide,
longue,
coûteuse
Comment les structurer?
Comment y accéder ?
Un peu d’histoire …

Les utilisateurs exigent de plus en plus :
•des systèmes globaux
•des systèmes cohérents
•de ne pas écrire des programmes complexes (ou plutôt compliqués!)
•d’avoir des réponses rapides aux questions qu’ils posent
•avoir des données à jour, ...
Outils
Exhaustive
non redondante
structurée
persistante
BD SGBD
décrire modifier interroger

Exemple de base de données
PPI : interactions protéines protéines
•expériences , complexes, protéines,
interactions, familles fonctionnelles.
•Données :
–Les expériences, liste des interactions révélées, liste des
protéines impliquées, les complexes protéiques
auxquels elles participent, leurs familles fonctionnelles,
… etc.
•Applications
–analyse des interactions, annotations fonctionnelles,
–aide à la compréhension de phénomènes biologiques

BD sur les Interactions protéiques
•Associations entre objets :
•Données (ou objets) : protéines, interactions, complexes
•binaires : une interaction fait intervenir 2 protéines.
•n-aires : une protéine peut apparaître dans plusieurs interactions.
•diverses relations pour un même objet
La protéine X (SNF1) intervient dans l’interaction Y (avec
SNF4)
La protéine X participe au complexe Z
L’interaction Y est détectée dans l ’expérience E