La méthode de prédiction de fonction

Bioinformatique fonctionnelle des protéines
Bernard Jacq, IBDML
intégration
Molécule Fonction biochimique
ou moléculaire
Réseau d’interactions
entre molécules Fonction cellulaire : voie, cascade, processus
Cellules
Tissus, organes
Organismes
Populations
Régulations physiologiques
Développement, reproduction,
vieillissement
Relations inter-espèces,
Équilibres écologiques
Migrations,
Communications
Mastère BBSG-M2 Marseille 2007-2008

Des constats (1/2)
•Le fait de disposer de plusieurs dizaines de séquences
génomiques donne (potentiellement) accès aux protéomes
complets de nombreuses espèces
•Des comparaisons de séquences de protéomes complets sont
maintenant réalisables permettant de commencer à classer
structuralement et fonctionnellement les protéines du
monde vivant

Des constats (2/2)
• Le fossé s’accroit entre le nombre de séquences
protéiques déterminées, le nombre de structures 3D
disponibles et le nombre de fonctions expérimentalement
connues pour ces séquences
•Il y a un besoin de plus en plus important pour prédire des
structures ou des fonctions pour des protéines totalement
ou partiellement inconnues

QU’APPELLE T’ON LA FONCTION
D’ UNE PROTEINE ?
•La structure d ’une protéine correspond à la
représentation d’un objet physique
•Même s ’il est trop petit pour être directement
visible, nous avons une idée précise de sa
constitution et de sa forme (structures 1D, 2D, 3D)
•La (les) fonction(s) d ’une protéine correspondent
à des propriétés effectrices de la structure

LA FONCTION BIOCHIMIQUE
Activité moléculaire du produit d’un gène
Exemples : ATPase, protéine affine de
l’ADN…
LA FONCTION CELLULAIRE
Processus cellulaire dans lequel le produit du gène
intervient intégration de la fonction biochimique
au sein d’un processus
Exemples : Synthèse de l’ADN, métabolisme
des nucléotides, traffic des protéines .....
On peut distinguer
différents niveaux de fonction