Optimisation d`un algorithme de recherche de motifs complexes
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Qu’est ce qu’une grille ? Dominique Lavenier IRISA / CNRS Séminaire Bio Info Ouest 4 décembre 2003 Le concept de grille réseau haute tension + centrales de production d’électricité 2 Le concept de grille informatique (GRID) Internet + ressources informatiques 3 Différents types de grilles Grille d’information partage de la connaissance Grille de stockage WEB sites Napster stockage à grande échelle Grille de calcul agrégation de la puissance de calcul 4 Internet Computing - decrypthon - Virtual SuperComputers - GénoGRID - Modèle de déploiement Internet client client client client / serveur client Serveur client client client client client client / serveur client / serveur client / serveur pair à pair (P2P) client / serveur 5 Internet client / serveur Modèle client/serveur les grilles d’information : le cas des sites WEB Sans doute la première incarnation du concept de grille Accès à l’information : à partir d ’une adresse http à partir d ’un moteur de recherche moteur de recherche SERVEUR Site WEB Site WEB Site WEB Site WEB Transparence accès info : on ne sait pas toujours d’où vient l’information Limites : passage à l ’échelle des moteurs de recherche centralisation ne capte qu’une partie de l’info 6 CLIENT Modèle client/serveur les grilles de stockage : le cas Napster Entre le client et le P2P accès à un site unique contenant un index Stockage de données Serveur NAPSTER association musique - @IP Partage des données Limites : plutôt client / serveur serveur « vulnérable » par les tribunaux ou par d’autres... 7 Utilisateur A client + serveur Utilisateur B client + serveur Modèle client/serveur les grilles de calcul : l’Internet Computing Principe : des millions de PC en attente récupération des cycles processeur inutilisés via l’économiseur d’écran Exemples : SETI@home recherche de signaux extra-terrestre 3 fois plus de puissance de calcul que l’ordinateur le plus puissant du monde Décrypthon RSA-155 casser des codes cryptographiques 8 Modèle client/serveur les grilles de calcul : le super-calculateur virtuel Principe : offrir un super calculateur parallèle virtuel faire exécuter ses applications sur des ressources distantes Roscoff Exemples : GriPPS GénoGRID Lille Le Havre Rouen Brest Rennes Angers 9 Modèle P2P Essentiellement utilisé dans les grilles de stockage : éviter la vulnérabilité pas d’état global découverte des ressources par diffusion Exemples Gnutella, Freenet, KaZaA, JXTA, OceanStore, ... PC Table des voisins @IP 1 @IP 2 @IP N PC PC diffusion PC 10 PC PC PC PC PC Les orateurs d’aujourd’hui Vincent Breton - IN2P3 - Clermont Ferrand projet HealthGRID : de la molécule à la population Christophe Blanchet - IBCP - Lyon projet GriPPS : Grid Protein Pattern Scanning William Saurin - Genomining - Evry expérience décrypthon 11
