Diapositive 1

Mycobactéries
Faculté de Pharmacie
Objectifs
• Niveau 1 :
– Ecologie : M. tub: hum./ M. bov : bovin mais pathol humaine
– Clinique : lésions pulm, gg, tous autres organes
– Prél pour diagnostic : échantillon ou sécrétion de la zone
lésée (crachats). Importance du volume et de la répétition
(3 x) des échantillons
– Premiers résultats labo: Microscope : BAAR (Ziehl).
Culture: > 3 sem, sensible. PCR rapide, moins sensible
– Traitement : 4 (3) antituberculeux majeurs. Prévient la
survenue de mutants R. Puis correction selon Abg
• Niveau 2 :
–
–
–
–
Autres mycobactéries et immunodépression
Abg utile pour mycobact TB, peu utile pour autres mycobact
Prophylaxie de la TB
Lèpre
Généralités
• Bactéries à paroi très riche en lipides (acides
mycoliques de 60 à 90 atomes de C)
• Composition :
– 20 à 40% du poids sec = lipides
– Protéines qui sont le support de l’IDR à la
tuberculine
• Plusieurs dizaines d’espèces. En particulier
les agents de la tuberculose et celui de la
lèpre
• Croissance lente (semaine, mois)
Structure
Taille : 2 à 6 µm de long
Coloration : Non colorables par le Gram.
Utiliser la coloration de Ziehl-Neelsen (fuchsine + phénol)
rose pâle (fort grossissement)
Ou la coloration à l’auramine (colorant fluorescent) (grossissement
plus faible)
Bacilles acido-alcoolo-résistants. C’est une propriété tinctoriale
Rien à voir avec la vitalité des bactéries
Spécifique des Mycobactéries en général (toutes espèces)
Croissance : Aérobies strictes
5 jours à > 3 mois.
Espèces de mycobactéries d’intérêt
médical
Bacilles de la tuberculose
M. tuberculosis ou bacille de Koch ou BK
M. bovis. Le bacille de Calmette et Guérin (BCG) en dérive
M. africanum, M. microti
Bacilles de la lèpre
M. leprae ou bacille de Hansen ou BH
Mycobactéries de l’environnement
Pas forcément pathogènes. Fréquentes dans l’environnement.
M. avium-intracellulare, M. xenopi, M. kansasii, M. marinum,.
M. gordonae, M. fortuitum, M. chelonae,…..
Autres genres voisins du genre Mycobacterium avec acides
mycoliques à plus courte chaîne
Nocardia, Rhodococcus, Corynebacterium,…..
Les bacilles de la tuberculose
Sensibilité aux agents physico-chimiques :
Bactéries les plus résistantes (viabilité) dans les bactéries non sporulées
- Résistantes au froid et dessiccation
- Résistance relative aux acides et bases (décontamination)
- Résistance aux ammoniums quaternaires (antiseptiques)
- Sensibles à la pasteurisation (lait) ( tuberculose à M. bovis)
- Sensibles à des désinfectants en concentration suffisante et
avec temps de contact suffisant : eau de Javel (6° chlorométriques, 1 h), alcool, formol
Les bacilles de la tuberculose
Histoire naturelle de la maladie
Tuberculose primaire :
-Contamination par inhalation (plus rarement ingestion)
-Chancre local d’inoculation. Multiplication possible dans les
macrophages. Puis multiplication dans les ganglions de drainage local.
-Puis dissémination hématogène
Maladie généralisée.
Phase à bas bruit le plus souvent. Interaction avec la mise en place
de l’immunité cellulaire.
Evolution :
-Guérison : 95% cas
-Réactivation endogène (immunodépression, âge, environnement)
et parfois surinfection par une autre souche. Le plus souvent :
-Nourrisson : méningite, miliaire tuberculeuse
-Adulte: forme pulmonaire (apex). Dissémination des bactéries)
-Adolescent : séreuses
Tuberculose : physiopathologie
Aucune toxine produite
Manipulation du système immunitaire par ces mycobactéries
D’où production inadéquate des médiateurs et apparition de
manifestations pathogènes
Même phénomène pour la lèpre.
Tuberculose : diagnostic
D’abord y penser. A Strasbourg, environ 80 nouveaux cas par an
Le prélèvement : essentiel
- Tb pulmonaire : Crachats, tubage gastrique (3 échantillons,
chacun à 3 jours consécutifs
- Tb urinaire : Totalité des urines de la nuit (3 jours consécutifs)
- Ecouvillons: déconseillés sauf cas de force majeure
- Biopsies de tissus, liquides internes normalement stériles
- Sang à prélever sur flacon spécial pour hémoculture spéciale
Croissance bactérienne lente : peu de bactéries dans l’échantillon :
donc en fournir une quantité importante ( écouvillon)
Excrétion bactérienne intermittente : donc prélever 3 jours de suite
Tuberculose : diagnostic
Traitement de l’échantillon au laboratoire : si nécessaire
décontamination par acides ou bases et fluidification si expectoration
Examen microscopique :
Essentiel : permet de détecter spécifiquement la présence de BAAR.
Positif uniquement si concentration bactérienne importante.
Présence de BAAR  tuberculose ! Attention à d’autres mycobactéries
Si positif + signes cliniques et radiologiques, alors traitement décidé
Coloration spécifique qui compense un peu la lenteur de culture
Tuberculose :
diagnostic
Culture : fondamental, même si PCR
-Technique classique : lente (3 semaines à 3 mois)
Durée : > 3 semaines pour BK, 6-8 semaines pour M. bovis
Nécessaire pour identification, antibiogramme
Milieux à base d’œuf coagulé (Löwenstein-Jensen, Coletsos)
Milieux gélosés
Milieux liquides (méthodes plus rapides de culture, culture de BCG)
- Techniques moins lentes : culture en milieu liquide en flacons
hermétiquement fermés. Mesure de la production de CO2 ou de
la consommation d’O2 par techniques fluorimétriques pour observer
une éventuelle croissance bactérienne
(Bactec, BactAlert) (10-12 jours)
Tuberculose : diagnostic
Identification des bactéries ayant crû :
- Biochimique : approche classique ( tests obligatoires)
- Biologie moléculaire avec des sondes nucléiques spécifiques :
ne détecte que les bactéries pour lesquelles on dispose de sondes
Antibiogramme :
Obligatoire : (Multirésistance = R au moins à la rifampicine ET
à l’INH) (50 cas par an en France)
Technique :méthode des proportions. Mesurer la proportion de
bactéries résistantes à un antibiotique utilisé à une concentration
particulière (=concentration critique)
Si < 1% de bactéries résistantes, la tuberculose peut être soignée
avec cet antibiotique. Si > 1%, souche résistante à et antibiotique
Diagnostic de la tuberculose par
amplification génique in vitro (le plus
souvent PCR)
Permet diagnostic plus rapide que la culture
Résultat en heures (ou 1 jour)
Ce n’est pas la panacée pour le diagnostic :
- Ne concerne que le complexe tuberculosis (M.t., M. b., BCG,
M. afr., M. microti
- Peu sensible : si tuberculose à examen direct négatif, PCR positive
dans 50 à 60% des cas. Si examen direct positif (= beaucoup de
bactéries), PCR positive dans 99% des cas.
- Cause de faible sensibilité : déshabiller le macrophage, puis la
bactérie (très résistante) pour accéder à son ADN
- Culture reste obligatoire pour les PCR négatives et pour celles
positives car il faut identifier précisément l’espèce de mycobactérie
(incidence épidémio et thérapeutique) et réaliser un antibiogramme
Traitement antituberculeux
• M. tuberculosis est habituellement sensible
aux antibiotiques antituberculeux
• Mais un traitement mal conduit (absence
d’association d’antibiotiques) conduit à la
sélection de mutants chromosomiques
résistants naturellement présents à faible
fréquence (10-5 à 10-7) dans l’échantillon
• Association d’antibiotiques : obligatoire
Tuberculose : traitement
Antituberculeux majeurs :
INH, rifampicine (pénètrent dans les cellules), streptomycine,
pyrazinamide (active dans les les vacuoles de phagocytose à pH 5,5)
Antituberculeux mineurs :
Etambutol et fluoroquinolones
Aussi : éthionamide, kanamycine, D-cyclosérine, PAS, capréomycine,
viomycine,…
Traitement décidé avant lecture de l’antibiogramme : tri ou tétrathérapie
Car les résistances sont toutes d’origine chromosomique
RIF + ETB + INH + PYR
Ajustements ultérieurs éventuels selon l’antibiogramme.
Lorsque la charge bactérienne a beaucoup diminué (2 mois de tri ou
tétra thérapie), on ne donne plus que 2 antibiotiques
Résistance primaire : contamination par souche déjà résistante
Résistance secondaire : contamination par souche sensible, mais
apparition de résistances au cours du traitement car malade peu compliant
Seuls certains aminosides sont utilisés
pour leur activité antituberculeuse :
streptomycine surtout
et kanamycine
Tuberculose :
prophylaxie
Radiographie d’embauche, services d’immigration
Radio systématique annuelle peu efficace car développement
d’une tuberculose en 3 à 6 mois. Utile pour personnes à risque
Chimioprophylaxie des sujets contact (en plus de la radiographie et
de culture). On donne systématiquement de l’INH. Cette monothérapie
est efficace car la charge bactérienne (si existe) est faible
Contrôle de la tuberculose bovine (visite du bétail et abattage si doute,
pasteurisation du lait)
Vaccination par le BCG
Vaccin vivant (pas femmes enceintes et immunodéprimés)
Utilisation discutée en France. Evite les formes graves de tuberculose,
en particulier les méningites chez les jeunes enfants
Mycobactéries « atypiques »
Bactéries saprophytes (environnement, eaux)
Certaines sont potentiellement pathogènes, en particulier chez les
immunodéprimés. Rôle important avant l’apparition de la trithérapie
du SIDA
Sujet immunodéprimé en zone d’endémie tuberculeuse :
développement de tuberculose si CD4 < 100-200/ mm3
Sujet immunodéprimé hors de zone d’endémie tuberculeuse :
développement de mycobactériose atypique (surtout M. aviumintracellulare)si CD4 < 10-20/mm3
Pas de contamination interhumaine par ces bactéries
Mycobactéries « atypiques »
Infections disséminées (immunodéprimés, greffés)
M. avium-intracellulare, M. kansasii, M. xenopi, ……
Infections pulmonaires (immunodéprimés, déficit immunitaire local : BPCO:
M. avium-intracellulare, M. kansasii, M. xenopi,…..
Infections cutanées
M. marinum, M. ulcerans, M. fortuitum, M. chelonae,…
Diagnostic : pas sur un seul isolement !!!
- Plusieurs isolements de la bactérie,
- « Quantité suffisante »
- Clinique et radiologie compatible
Traitement : différent de tuberculose. Voir littérature
Lèpre
• M. leprae non encore cultivé
• Modèles animaux (tatou, coussinets plantaires de
souris)
• Primo-infection fréquente en zone d’endémie avec
guérison
• Si infection se déclenche : forme indéterminée qui
évolue vers :
– Lèpre tuberculoïde (hyperactivité de l’HSR pas de
bacilles visibles. Lésions dues à l’HSR (léprides,
compression nerfs)
– Lèpre lépromateuse (anergie de l’HSR avec beaucoup
de bactéries visibles. Lépromes dus à l’accumulation de
bactéries
– Forme intermédiaire (interpolaire) à système immunitaire
instable évoluant vers l’une des deux formes ci-dessus
Diagnostic de la lèpre
• Lèpre lépromateuse
– BAAR (globi) dans le mucus nasal ou les
lépromes (faible acido-alcoolo-résistance)
– Histologie : cellules vacuolisées de
Virchow contenant M. leprae
• Lèpre tuberculoïde
– Clinique : gros nerfs superficiels, troubles
de sensibilité, troubles vaso-moteurs,
taches dépigmentées
– Histologie : infiltrat épithélioïde et
gigantocellulaire
Traitement de la lèpre
• Formes bacillaires
– Isolement 1 mois
– Rifampicine + sulfones + clofazimine > 2 ans
• Formes pauci-bacillaires
– Rifampicine + sulfones > 6 mois. Surveillance
• BCG
• Lutte contre les réactions lépreuses
– AINS, thalidomide
– Lutter contre HSR par corticoïdes, chirurgie de
libération nerveuse, diminution des doses de
traitement antibiotique
• Déclaration obligatoire