Drug Design

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Module UEF35 Drug Design
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Objectifs du module
Manipuler les concepts de base de la modélisation des
interactions moléculaires et apprendre à utiliser les outils
in silico pour concevoir de nouveaux médicaments (Drug
Design, Docking, QSAR, …) et prédire, analyser,
comprendre la toxicologie de molécules et utiliser les
principales ressources disponibles dans ce domaine.
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Contenu
Fondement physico-chimiques, modèles moléculaires, modèles
d’hydrophobicité, homologie structurale, application à la
classification des protéines, introduction au « docking » et au
« drug design ».
Calcul d'énergie, pharmacophore, dynamique moléculaire.
Structure des principales bases de données toxicologiques
(composés chimiques, toxicité, bibliographiques, …).
Utilisation d’outils de recherche dans les bases de données
toxicologiques et chimiques. Editeur de composé chimique
(JME). Utilisation d’outils de filtrage ADME-Tox. Méthodes
structure-activité (QSAR/QSPR). Chimiothèques et
cibliothèques.
Etc…
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Les intervenants
R. Gautier Introduction aux notions de Drug Design, Docking,
Pharmacophore, Modélisation comparative de structure protéiques.
8h
E. Thoreau Drug Design/ QSAR
2h
D. Douguet Petites molécules, Docking, Chimiothèques
2h
J. Golebiowski / S. Fiorucci Drug Design, Energies libres, énergies
d'interactions, Docking, Dynamique moléculaire
4 séances de TP de 3h sur machine
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Contrôle de connaissance
Compte-rendu de TP à rendre
Possibilité de compléter l'information par des recherches
complémentaires (articles, web, etc…)
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Introduction
Drug Design / Docking/
QSAR / Pharmacophore /
Bases de données
toxicologiques / etc…

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Découvertes de nouveaux
médicaments
gsk.fr
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Chiffres clés de la R&D
10 à 15 ans nécessaires pour la recherche et le développement d'un
nouveau médicament.
1 seule molécule sur 10 000 molécules criblées, qui passera toutes
les étapes du processus de R&D jusqu'à sa mise sur le marché.
800 millions d'euros de coût moyen des investissements nécessaires
dans la mise au point d'un nouveau médicament, soit 20 fois plus
qu'il y a vingt ans.
3 seulement sur 10 nouveaux médicaments lancés sur le marché, qui
rentabiliseront leurs investissements de R&D.
gsk.fr

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LEEM
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1ère étape : Choix de la cible pharmaceutique
Sélectionner à l'aide de données issues de la littérature, une
biomolécule (protéine ou complexe protéique) impliquée dans une
pathologie.
L'ensemble des médicaments cible environ 500 molécules
biologiques.
Certaines molécules sont plus aisées à cibler (plus facile pour une
petite molécule de perturber une liaison d'un ligand endogène que
des interactions protéines-protéines).
"Druggabilité" de la cible