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RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES METHODES D’ETUDE Pr. Émérite A. PHILIPPON Faculté de Médecine Paris Descartes INTRODUCTION CMI (mg/L) Concentrations cliniques: c, C, d, D Catégorie clinique : S, I, R Antibiogramme Antibiotique bactéricide, association bactéricide ..… Résistance de bas niveau/haut niveau, inductible, constitutif……. Mécanisme de résistance : divers et variés dont l’expression est quelquefois faible (résistance génétique) Comment mesurer la résistance en pratique ? Comment la détecter, si mal exprimée ? Quelle interprétation en donner ? Quel meilleur traitement lors d’une endocardite ? Le malade prend-il bien le traitement ? Incompatibilité physico-chimique (perfusion) ? L’ANTIBIOTHERAPIE ADAPTEE 1/ Antibiogramme 2/ Pouvoir bactéricide d’une association 3/ PB sérum Résultats exprimés en % de bactéries survivantes 4/ Dosage d’antibiotiques MESURE DIRECTE DE LA CMI Macrométhode de dilution en milieu liquide Méthode de détermination directe de la CMI : longue, au moins 10 tubes par AB, place (10 AB soit 100 tubes)…….. Microméthode de dilution en milieu liquide Devenue la méthode de référence (EUCAST, puis ISO) Dispositifs commerciaux Plaque de 10-12 0 96 cupules Ensemenceur automatique, automatisation… IN VITRO SUSCEPTIBILITY RESTING METHODE DE DILUTION EN MILIEU SOLIDE Incorporer l'antibiotique à une concentration donnée dans la gélose, gélose, maintenue liquide à 42°C. Préparer une série de boites de Pétri avec concentrations (progression géométrique base 2). Préparer les suspensions des diverses bactéries à examiner dans les microcupules métalliques (exemple d'un système à 20 cupules). Après avoir ensemencée la série de boîtes qui sont incubées dans une étuve jusqu'au lendemain. Lors de la lecture, il est facile de repérer l'emplacement de chaque souche et de noter croissance ou absence de croissance….. (Cf MICROBES (antibiotique IV). Long, fastidieux, peu pratique, réservé à des laboratoires experts Mesure indirecte de la CMI Méthode de diffusion ou méthode des disques AMX, amoxycilline AMC, amoxycilline K. pneumoniae + acide clavulanique CF, céfalotine CAZ, ceftazidime Méthode simple, pratique souple, peu onéreuse ….. Mais nombreuses variables, donc erreurs possibles Régression linéaire entre : - Diamètre inhibition (mm) - CMI Disposer de la droite de concordance pour un antibiotique Boites rondes ou carrées BLSE : détection par une synergie entre AMC (amoxycilline + acide clavulanique et CAZ (ceftazidime) DIFFUSION : ANTAGONISME S. aureus MLSB inductible Entérobactérie G3 Céphalosporinase inductible E-test Pratique Cher Cartouche de 50 à 100 bandes Conservation (attention) Modalités ……….. Méthode de diffusion avec une bandelette (gradient discontinu de concentrations pour un antibiotique donné) DETECTION DE SYNERGIE Déterminer la CMI d’un antibiotique en l’absence et en présence d’un inhibiteur Pseudomonas aeruginosa: exemple de l’imipénème (IP) en présence ou non d’un inhibiteur (EDTA)(IPI) pour la détection d’une carbapénémase (bêta-lactamase de la classe B ou métallo-enzyme) METHODES AUTOMATISATIQUES LECTURE SIRSCAN OSIRIS API ATB Résultats en 4 H Bruts et expertisés MINI-API METHODES AUTOMATIQUES ANTIBIOGRAMME AUTOMATISE (Phoenix® ) AVANTAGES DE L’AUTOMATISATION METHODES MOLECULAIRES PCR SIMPLE S. aureus : Gène mecA METHODES MOLECULAIRES Souvent à visée «!!Epidémiologie moléculaire!» Céphalosporinases plasmidiques ARLET G. RICAI 2009 http://www.onerba.org/ 2/ ARLET G. RICAI 2009 1/ Séquencage de gène 3/ Puce Principal inconvénient : le prix ANTIBIOGRAMME AUTOMATISE OU NON Validation par le biologiste Souche «!normale « Souche anormale, donc quel mécanisme ? Vancomycine : distribution des diamètres (mm) Secteur 1 Secteur 2 S. aureus >C R Après isolement hémoculture directe - Bact’Alert® Feuille de résultats Lecture interprétative ERREUR OU PHENOTYPE IMPOSSIBLE Lecture - détection - interprétation = responsabilité - compétence S. aureus S ????? Pénicilline G Effet inoculum ANTIBIOGRAMME CET ACTE QUOTIDIEN PAS AUSSI SIMPLE Comités nationaux ou internationaux : COMITE DE L’ L’ANTIBIOGRAMME DE LA SOCIETE FRANCAISE DE MICROBIOLOGIE (CA-SFM (CA-SFM)) Quels antibiotiques testés Supplément Standard S. AUREUS (H) hospitalier 7 S. saprophyticus S. xylosus S. cohnii 8 Microcoques Quels antibiotiques testés ? Standard S. PNEUMONIAE Supplément Quels antibiotiques testés ? Standard Supplément E. FAECALIS ANTIBIOGRAMME: Communiqué annuel (< 50 pages) . Gratuit, version déchargeable en pdf . Annuel, donc nouveautés bien individualisées . Définitions : c, C, D, d, S, I, R, lecture interprétative... . Techniques . CQI : Souches du contrôle de qualité . Phénotypes de résistance naturelle . Quels antibiotiques/ espèce ? . Quelles concentrations cliniques ? . Quelle interprétation si mécanisme de résistance ....... http://www.eucast.org/ EXPERT RULES Résistance intrinsèque des entérobactéries http://www.clsi.org/ REGLES D’EXPERTISE . Résistance naturelle/ intrinsèque . Résistance acquise 1500- 2000 régles à connaître http://www.sfm.asso.fr/ LISTE DE L’HOPITAL DE MAHOSOT Pénicilline G Extencilline Cloxacilline Amoxycilline Augmentin® Céfazoline Céfalexine Céfotaxime Ceftazidime Ceftriaxone Gentamicine Erythromycine Clarithromycine Spiramycine Roxythromycine Co-trimoxazole Tétracycline Doxycycline Norfloxacin Ofloxacine Ciprofloxacine Chloramphénicol Méronidazole AUTRES POSSIBILITES Pénicilline G Extencilline Cloxacilline Amoxycilline Augmentin® Ticarcilline + AC Pipéracilline + TZ Céfazoline Céfalexine Céfuroxime Céfoxitine Céfotaxime Ceftazidime Ceftriaxone Céfépime Céfpirome Imipénème Gentamicine Tobramycine Amikacine Erythromycine Clarithromycine Spiramycine Roxythromycine Clindamycine Pristinamycine Linézolide Co-trimoxazole Tétracycline Doxycycline Norfloxacin Ofloxacine Ciprofloxacine Chloramphénicol Thiamphénicol Méronidazole Ac.fusidique Fosfomycine Glycopeptides S. AUREUS Antibiogramme Pénicilline G Augmentin® Oxacilline Gentamicine Erythromycine Spiramycine Roxithromycine Clindamycine Pristinamycine Co-trimoxazole Tétracycline Doxycycline Ciprofloxacine Chloramphénicol Pénicilline G Augmentin® Oxacilline Gentamicine Erythromycine Spiramycine Roxithromycine Clindamycine Pristinamycine Co-trimoxazole Tétracycline Doxycycline Ciprofloxacine Chloramphénicol Détection Pase MR AAC-APH MLSB ind MLSB const LINA DHFR/DHPS ???? TET MNO FQ CAT S. AUREUS Antibiogramme Pénicilline G Augmentin® Oxacilline Gentamicine Erythromycine Spiramycine Roxithromycine Clindamycine Pristinamycine Co-trimoxazole Tétracycline Doxycycline Ciprofloxacine Chloramphénicol Pénicilline G Augmentin® Oxacilline Gentamicine Erythromycine Spiramycine Roxithromycine Clindamycine Pristinamycine Co-trimoxazole Tétracycline Doxycycline Ciprofloxacine Chloramphénicol Détection Pase MR AAC-APH MLSB ind MLSB const LINA DHFR/DHPS ???? TET MNO FQ CAT Pase ß-lactamase fréquente > 95% SAMR SAMR = Résistance croisée entre ß-lactamines RESISTANCE A LA GENTAMICINE C C D d RESISTANCE AUX MLS MLSB ind MLSB const CA- SFM : Règles Erythromycine Spiramycine Lincomycine Pristinamycine FLUOROQUINOLONES TETRACYCLINES SULFAMIDES- TRIMETHOPRIME Sulfamides Triméthoprime association MECANISME DE RESISTANCE Faible affinite AUTRES ESPECES Streptococcus pneumoniae Enterococcus faecalis Neisseria gonorrhoeae Haemophilus influenzae Escherichia coli Enterobacter cloacae Pseudomonas aeruginosa BETA-LACTAMINES - ENTEROBACTERIES ENTEROBACTERIES DU GROUPE 1 INDIVIDUALISATION PHENOTYPIQUE BLSE CASE HP R R R amoxicilline + AC S S/I S R céfalotine (C1G) S S/I R R céfotaxime S S S/I/R I/R ceftazidime S S S/I/R I/R ceftriaxone S S S/I/R I/R amoxicilline WT TEM S AC = acide clavulanique; C1G, céphalosporines de première génération WT, type sauvage; BLSE, bêta-lactamase à spectre élargi/étendu; CASE HP, céphalosporinase hyperproduite ENTEROBACTERIES DU GROUPE 2 INDIVIDUALISATION PHENOTYPIQUE BLSE CASE HP R R R amoxicilline + AC S S/I S R céfalotine (C1G) S S/I R R céfotaxime S S S/I/R I/R ceftazidime S S S/I/R I/R ceftriaxone S S S/I/R I/R amoxicilline WT TEM r AC = acide clavulanique; C1G, céphalosporines de première génération WT, pénicillinase de bas niveau = type sauvage; BLSE, bêta-lactamase à spectre élargi/étendu; CASE HP, céphalosporinase hyperproduite ENTEROBACTERIES DU GROUPE 3 INDIVIDUALISATION PHENOTYPIQUE WT TEM BLSE CASE HP R R R R amoxicilline + AC R R R R céfalotine (C1G) R R R R céfotaxime S S/I/R I/R I/R ceftazidime S S/I/R I/R I/R ceftriaxone S S/I/R I/R I/R amoxicilline AC = acide clavulanique WT, céphalosporinase de bas niveau = type sauvage; BLSE, bêta-lactamase à spectre élargi ou étendu; CASE HP, céphalosporinase hyperproduite http://www.microbe-edu.org/ http://www.ibacterionet.org/ AUTRES URL (sites gratuits) http://www.sfm.asso.fr/ http://www.onerba.org/ http://www.eucast.org/ http://www.rivm.nl/earss/result/ http://www.escmid.org/ Remerciements A tous les collègues français ou étrangers qui mettent leurs présentations en ligne ainsi qu’à Google® qui nous permet de les retrouver très facilement. Nous leurs avons emprunté certaines illustrations. Qu’ils en soient vivement remerciés.
