Phylogénie - Université de Montréal

Introduction à la
phylogénie*
* Notes basées en partie sur les notes de cours de Nadia El-Mabrouk
Tree of Life web project:
http://tolweb.org/tree/phylogeny.html

*1. Théorie de l’évolution
*2. Arbres de phylogénie
*Arbres enracinés et non enracinés
*La donnée du problème
*3. Construction d’arbres de phylogénie
*Présentation des méthodes
*Méthodes de distance:
*distances ultramétriques
*distances additives
*Méthodes de parcimonie:
*phylogénie parfaite
*phylogénie parfaite généralisée
*phylogénie maximale
*Méthodes de maximum de vraisemblance
PLAN
IFT6291, A2006, Sylvie Hamel
Université de Montréal 1
Phylogénie

1. Théorie de l’évolution
Tous les organismes vivants dérivent d’un ancêtre commun.
La diversité est due à la spéciation i.e à la séparation d’une espèce en deux
espèces différentes.
Idée de base: Les caractères sont transmis d’une génération à l’autre et, au
cours de l’évolution, ces caractères subissent une série de mutations
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Phylogénie
Nous allons parler d’arbres de phylogénie même si un des grands débat, en
phylogénétique, est de savoir si l’évolution peut être vu comme un arbre.
Plusieurs aspects de l’évolution moléculaires ne peuvent être
représentés par un arbre. Ex. Transferts horizontaux.
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2. Arbres de phylogénie
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Phylogénie
ancêtre commun
Espèces actuelles
ancêtre commun ou point dans
l’histoire où les espèces ont divergé
Taille: peut représenter le nombre de
mutations ou le temps d’évolution
Arbres racinés
Les noeuds internes peuvent être
étiquettés par les séquences les plus
probables des ancêtres
Noeud de degré > 3: Noeud non résolu. Ordre de speciation non
déterminé
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Phylogénie
Noeud de degré > 3: Noeud non résolu. Ordre de speciation non
déterminé
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