La phylogénie, une fenêtre sur l`évolution des gènes et des

La phylogénie, une fenêtre sur l'évolution
des gènes et des organismes
Nicolas Salamin
Computational Phylogenetics group
Département d'Ecologie et d'Evolution, Université de Lausanne
Institut Suisse de Bioinformatique
Assistants: Martha Serrano & Glenn Litsios
Web: http://www.unil.ch/phylo

Phylogénie et Evolution
“The time will come I believe … when we shall have fairly
true genealogical trees of each great kingdom of nature.”
Lettre de Darwin à Thomas Huxley (1857)

Arbres Phylogénétiques
Pour reconstruire des arbres phylogénétiques
●Jeux de données
●Modéliser l'évolution
●Parcourir l'espace des arbres
●Tester des hypothèses

Type de Données
Nombre de soumission à la
base de données GenBank
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/)
Type de données
●Historiquement: morphologie
●Actuellement: molécules
●Pourquoi ce changement?

Modéliser l'Evolution
Idée: suivre les changements au cours du temps
●Modèles de Markov
●Estime la probabilité de données