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AUJOURD'HUI , LES LI ENS
Certains de mes meilleurs amis sont des germes
Michael Pollan , le New York Times Magazine , 15 mai 2013
Je peux vous dire la date exacte à laquelle j'ai commencé à penser que je suis dans la
première personne du pluriel - comme un super-organisme, c'est, plutôt qu'un vieux être
humain ordinaire. Il est arrivé sur Mars 7 C'est là que j'ai ouvert mon e-mail pour trouver
un énorme fichier des cartes et des données brutes, processeur étouffement d'un
laboratoire situé à l' Institut BioFrontiers à l'Université du Colorado, Boulder. Dans le
cadre d'une nouvelle initiative citoyens de la science appelée le projet de Gut américain ,
le laboratoire séquencé mon microbiome - dire que les gènes pas de «moi», exactement,
mais des plusieurs centaines d'espèces microbiennes avec qui je partage ce corps. Ces
bactéries, qui sont au nombre d'environ 100 milliards de dollars, vivent (et mourir) en ce
moment sur la surface de ma peau, sur ma langue et profondes dans les bobines de mes
intestins, où le plus gros contingent d'entre eux sera trouvé, un livre ou deux des
microbes formant ensemble un vaste désert intérieur, largement inexploré que les
scientifiques commencent tout juste à la carte.
J'ai cliqué ouvert un fichier appelé tableaux taxons, et un graphique à barres coloré sauté
sur mon écran. Chaque barre représente un échantillon prélevé (avec un tampon) de ma
peau, la bouche et les fèces. Pour fins de comparaison, ceux-ci ont été juxtaposés avec des
barres représentant les microbiomes d'environ 100 "moyenne" Américains
précédemment séquencés.
Il y avait là les noms des centaines d'espèces bactériennes qui m'appellent à la maison.En
chiffres absolus, ces microbes et leurs gènes nous écrasent. Il s'avère que nous ne
sommes que 10 pour cent humaine: pour chaque cellule humaine qui est intrinsèque à
notre corps, il ya environ 10 microbes résidents - y compris commensaux (généralement
des parasites inoffensifs) et mutualistes (commerçants de faveur) et, que dans un petit
nombre de cas, les agents pathogènes. Dans la mesure où nous sommes porteurs de
l'information génétique, et plus de 99 pour cent de celui-ci est microbienne. Et il semble
plus probable que ce «second génome», comme on l'appelle parfois, exerce une influence
sur notre santé aussi grand et peut-être même plus que les gènes que nous héritons de
nos parents. Mais alors que vos gènes hérités sont plus ou moins fixes, il peut être
possible de remodeler, même cultiver, votre deuxième génome.
Justin Sonnenburg , un microbiologiste à l'Université Stanford, suggère que nous ferions
bien de commencer en ce qui concerne le corps humain comme «un navire élaborée
optimisé pour la croissance et la propagation de nos habitants microbiennes.« Cette
nouvelle façon d'humilité de penser l'auto a de grandes implications pour la santé
humaine et microbienne, qui se révèlent être inextricablement liés. Troubles dans notre
écosystème interne - une perte de la diversité, disent, ou une prolifération du genre
«mauvais» de microbes - peuvent nous prédisposer à l'obésité et toute une gamme de
maladies chroniques, ainsi que certaines infections. " greffes fécaux », qui impliquent
l'installation microbiote d'une personne en bonne santé dans le ventre d'une personne
malade, il a été démontré pour traiter efficacement un antibiotique agent pathogène
intestinal, résistante appelée C. difficile, qui tue 14.000 Américains chaque année. (Les
chercheurs utilisent le mot «microbiote» pour désigner tous les microbes dans une
communauté et «microbiome» pour désigner leurs gènes collectives.) Nous savons
depuis quelques années que les souris obèses transplantées avec la communauté
intestinale des souris maigres perdre du poids et vice versa. (Nous ne savons pas
pourquoi.) Une expérience similaire a été réalisée récemment sur les humains par des
chercheurs aux Pays-Bas: lorsque le contenu du microbiote d'un donneur maigre ont été
transférés aux tripes de patients masculins atteints du syndrome métabolique, les
chercheurs ont constaté des améliorations remarquables de la la sensibilité des
bénéficiaires à l'insuline, un marqueur important pour la santé métabolique. D'une
certaine manière, les microbes intestinaux étaient influencer les métabolismes des
patients.
Nos microbes résidents semblent également jouer un rôle essentiel dans la formation et
la modulation de notre système immunitaire, l'aidant à distinguer avec précision entre
l'ami et l'ennemi et ne pas aller sur les noix, ainsi, les noix et toutes sortes d'autres
allergènes potentiels. Certains chercheurs pensent que l'augmentation alarmante des
maladies auto-immunes de l'Ouest peut être redevable à une rupture dans la relation
ancienne entre nos corps et de leurs «vieux amis» - les symbiotes microbiens avec
lesquels nous co-évolué.
Ces affirmations sonnent extravagant, et, en fait, de nombreux chercheurs sont sur le
microbiome attention à ne pas faire l'erreur que les scientifiques travaillant sur le
génome humain ont fait une dizaine d'années il ya, quand ils ont promis qu'ils étaient sur
la piste de remèdes pour de nombreuses maladies. Nous attendons toujours. Pourtant, si
des remèdes émergent de l'exploration de la deuxième génome, les implications de ce qui
a déjà été appris - pour notre sens de soi, pour notre définition de la santé et de notre
attitude envers les bactéries en général - sont difficiles à exagérer. La santé humaine doit
maintenant "être considéré comme une propriété collective du microbiote humain
associé», comme un groupe de chercheurs a récemment conclus dans une revue de
référence article sur l'écologie microbienne - qui est, en fonction de la communauté, et
non l'individu.
Un tel changement de paradigme ne vient pas trop tôt, car en tant que civilisation, nous
avons juste passé la plus grande partie du siècle faisons de notre mieux inconsciente de
détruire le microbiote humain associé à une guerre multifronted sur les bactéries et un
régime particulier au détriment de son bien-être. Les chercheurs parlent maintenant
d'une «microbiome occidentalisé" pauvre et se demandent si le moment est venu de se
lancer dans un projet d '«écologie de la restauration" - pas dans la forêt tropicale ou sur
la prairie, mais ici, chez nous, dans l'intestin humain.
En Mars je me suis rendu à Boulder pour voir la machine Illumina HiSeq 2000
séquençage qui avait répandu sa lumière puissante sur mon propre microbiome et de
rencontrer les scientifiques et les programmeurs informatiques qui faisaient sens de mes
données. Le laboratoire est dirigé par Rob Chevalier , un longiligne, 36 ans, biologiste en
brosse qui, le premier venu aux États-Unis à partir de son pays natal, la NouvelleZélande pour étudier les espèces envahissantes , un problème grave dans son pays
d'origine. Chevalier a obtenu son doctorat en écologie et de biologie évolutive de
Princeton quand il avait 24 ans et a ensuite dérivé de l'étude des espèces visibles et des
communautés au invisibles. En chemin, il a découvert qu'il avait un talent pour la
biologie computationnelle. Chevalier est considéré comme un brillant analyste de
données de séquençage, habile à trouver des modèles dans le flot des informations
produites par les machines que «séquence de lot" tout l'ADN dans un échantillon, puis
démêler les signatures génétiques uniques de chaque microbe. Ce talent explique
pourquoi tant de scientifiques explorant le microbiome aujourd'hui envoyer leurs
échantillons à séquencer et analysés par son laboratoire; c'est aussi la raison pour
laquelle vous trouverez le nom de Chevalier sur la plupart des papiers importants dans le
domaine.
Au cours de deux jours à Boulder, j'ai apprécié plusieurs repas avec Knight et ses
collègues, post-doctorants et étudiants des cycles supérieurs, mais je dois dire que j'ai été
un peu surpris par le discours de table. Je ne pense pas que je n'ai jamais entendu autant
de discussions de matières fécales humaines au dîner, mais une chose ces scientifiques
sont à une réévaluation radicale du contenu du colon humain. J'ai appris fille de 16 mois,
de Knight, qui a eu la plupart des couches à laquelle elle a contribué échantillonnés et
séquencés. M. Knight a déclaré au dîner que lui-même prélevé tous les jours; sa femme,
Amanda Birmingham, qui nous a rejoint une nuit, m'a dit qu'elle était heureuse d'être
réduit à une fois par semaine. "Bien sûr, je garde un couple de tampons dans mon sac, en
tout temps,» dit-elle en roulant des yeux, «parce que vous ne savez jamais."
Un résultat d'une vaste auto-étude de la famille a été une série de documents à étudier la
dynamique microbienne de la famille. Les données ont contribué à démontrer que les
communautés microbiennes des couples partageant une maison sont similaires, ce qui
suggère l'importance de l'environnement dans l'élaboration de microbiome d'un
individu. Chevalier a également constaté que la présence d'un chien de la famille a
tendance à mélanger la peau des collectivités de tout le monde, probablement par léchage
et les caresses. Un document, intitulé «Moving Pictures de la microbiome humain», suivi
des changements au jour le jour dans la composition microbienne de chaque partie du
corps. Chevalier a produit des animations montrant comment chaque communauté l'intestin, la peau et la bouche - a organisé un casting fondamentalement différente de
caractères microbiennes qui varient dans une fourchette relativement étroite au fil du
temps.
Échantillonnage quotidien de Chevalier des couches de sa fille (ainsi que ceux de l'enfant
d'un collègue) a également retracé le processus remarquable par laquelle la communauté
de l'intestin d'un bébé, qui in utero est stérile et plus ou moins une ardoise vierge, est
colonisé. Ce processus commence peu de temps après la naissance, quand une
communauté naissante distinctif de microbes assemble dans l'intestin. Puis, avec
l'introduction d'aliments solides, puis le sevrage, les types de microbes passent
progressivement jusqu'à ce que, par 3 ans, l'intestin du bébé vient à ressembler à une
communauté adulte ressemble beaucoup à celle de ses parents.
L'étude des bébés et leur régime alimentaire spécialisé a donné des informations clés sur
la façon dont la colonisation de l'intestin se déroule et pourquoi il est si important pour
notre santé. L'un des premiers indices de la complexité du microbiome proviennent d'un
coin inattendu: l'effort pour résoudre un mystère sur le lait. Pendant des années, les
scientifiques de la nutrition ont été confondus par la présence humaine dans le lait
maternel de certains glucides complexes , appelés oligosaccharides, dont le nourrisson
humain n'a pas les enzymes nécessaires pour digérer. Théorie de l'évolution affirme que
tous les composants du lait de la mère doit avoir une certaine valeur pour le
développement du bébé ou la sélection naturelle aurait depuis longtemps jeté comme un
gaspillage de ressources précieuses de la mère.
Il s'avère que les oligosaccharides sont là pour nourrir le bébé, mais pas un particulier
bactérie intestinale appelée Bifidobacterium infantis, qui est particulièrement bien
adapté à décomposer et à utiliser des oligosaccharides spécifiques présents dans le lait
maternel. Quand tout va bien, les bifidobactéries prolifèrent et dominer, aidant à garder
le bébé en bonne santé en évinçant les caractères microbiennes moins salés avant de
pouvoir s'établir et, peut-être le plus important, en favorisant l'intégrité de l'épithélium la muqueuse de l'intestin, qui joue un rôle essentiel en nous protéger contre l'infection et
l'inflammation.
"Le lait maternel, étant la seule nourriture des mammifères en forme par la sélection
naturelle, est la pierre de Rosette pour tous les aliments», explique Bruce allemand , un
spécialiste de l'alimentation à l'Université de Californie, Davis, qui fait des recherches
lait. "Et qu'est-ce qu'il nous a dit, c'est que lorsque la sélection naturelle crée un aliment,
il est préoccupé non seulement à nourrir l'enfant, mais les microbes intestinaux de
l'enfant aussi."
D'où viennent ces bifidobactéries tous importants viennent et ce que cela signifie si,
comme moi, vous n'avez jamais été allaités? Le lait maternel n'est pas, comme l'a été
pensé, stérile: il est à la fois un «prébiotique» - une nourriture pour les microbes - et un
«probiotique», une population de microbes bénéfiques introduit dans le corps. Certains
d'entre eux peuvent trouver leur chemin à partir du colon de la mère à ses conduits de
lait et de là dans l'intestin du bébé avec sa première tétée. Parce que les concepteurs de
préparations pour nourrissons n'ont pas, du moins jusqu'à récemment, de tenir compte
de ces résultats, y compris ni oligosaccharides prébiotiques ou probiotiques dans leur
formule, les entrailles de bébés nourris au biberon n'est pas optimale colonisés.
La plupart des microbes qui composent la communauté de l'intestin d'un bébé sont
acquis à la naissance - un processus microbienne riche et désordonné qui expose le bébé
à toute une série de microbes maternelle. Les bébés nés par césarienne, cependant, la
procédure est relativement stérile, n'acquièrent pas de microbes vaginaux et intestinaux
de leur mère à la naissance. Leurs premières communautés de l'intestin ressemblent plus
à celle de (et père) la peau de leur mère, ce qui est loin d'être idéale et peut expliquer les
taux plus élevés de l'allergie, l'asthme et des problèmes auto-immunes chez Csection bébés: ne pas avoir été ensemencé avec l'assortiment optimal de microbes à la
naissance, le système immunitaire peut ne pas se développer correctement.
Au dîner, le chevalier m'a dit qu'il était suffisamment préoccupé par une telle éventualité
qui, quand sa fille est née par césarienne d'urgence, lui et sa femme a pris les choses en
main: l'aide d'un écouvillon stérile, ils inoculé le nouveau-né de peau avec les sécrétions
vaginales de la mère pour assurer une bonne colonisation. Un procès formel d'une telle
procédure est en cours à Porto Rico.
Pendant que j'étais à Boulder, je me suis assis avec Catherine A. Lozupone, un
microbiologiste qui venait de quitter le laboratoire de Chevalier de mettre en place sa
propre à l'Université du Colorado, Denver, et qui a passé du temps à regarder mon
microbiome et en la comparant avec d'autres , y compris le sien. Lozupone est l'auteur
principal d'une importante 2,012 papier dans la nature, "la diversité, la stabilité et la
résilience du microbiote intestinal humain», qui cherche à s'approcher de la
communauté de l'intestin comme un écologiste pourrait, en essayant de déterminer l'état
«normal» de l'écosystème et puis en examinant les divers facteurs qui perturbent le
temps. Comment le régime alimentaire affecte pas? Les antibiotiques? Pathogènes?Qu'en
est-il des traditions culturelles? Jusqu'à présent, la meilleure façon de commencer à
répondre à ces questions peut être en comparant les communautés de l'intestin des
diverses populations lointaines, et les chercheurs ont été très occupés à recueillir des
échantillons du monde entier et de leur expédition vers les centres de séquençage pour
l'analyse. Le projet de Gut américain, qui espère, à terme, le séquençage des
communautés de dizaines de milliers d'Américains, représente l'effort le plus ambitieux
comme à ce jour; il aidera les chercheurs à découvrir les modèles de corrélation entre le
mode de vie, le régime alimentaire, l'état de santé de la population et la composition de
leur communauté microbienne.
Il est encore trop tôt dans cette recherche, comme Lozupone (et tout le monde, j'ai
interviewé) a souligné; les scientifiques peuvent même pas dire avec certitude ce qu'est
un microbiome "sain" devrait ressembler. Mais quelques grandes, les modèles intrigants
font leur apparition. Plus la diversité est probablement mieux que moins, car un
écosystème diversifié est généralement plus résistants - et la diversité dans l'intestin de
l'Ouest est nettement plus faible que dans d'autres, les populations les moins
industrialisés. Le microbiote intestinal des gens de l'Ouest est très différente de celle
d'une variété d'autres peuples géographiquement dispersés. Ainsi, par exemple, la
communauté de l'intestin des populations rurales en Afrique de l'Ouest rapproche
davantage de celui des Amérindiens au Venezuela qu'il fait de un Américain ou un
Européen de.
Ces populations rurales non seulement abritent une grande diversité de microbes, mais
aussi une distribution différente des personnages principaux. Tripes américains et
européens contiennent des niveaux relativement élevés de Bacteroides et Firmicutes et
de faibles niveaux de la prevotella qui dominent le courage d'Africains ruraux et les
Amérindiens. (Il n'est pas clair si les niveaux élevés ou faibles de l'un de ces est bon ou
mauvais.) Pourquoi les microbes différent? Il pourrait être l'alimentation, qui dans les
deux populations rurales dispose d'une quantité considérable de grains entiers (qui
prevotella semble aimer), usine de fibres et très peu de viande. (Beaucoup de Firmicutes
comme les acides aminés, de sorte qu'ils prolifèrent quand l'alimentation contient
beaucoup de protéines;. Bacteroides métaboliser les glucides) Quant à la biodiversité plus
faible dans l'Ouest, ce qui pourrait être le résultat de notre utilisation incontrôlée des
antibiotiques (en soins de santé ainsi que le système alimentaire), notre régime
alimentaire des aliments transformés (qui a généralement été nettoyée de toutes les
bactéries, le bon et le mauvais), les toxines environnementales et généralement moins
"pression microbienne" - c'est à dire, l'exposition aux bactéries - dans la vie
quotidienne.Tout cela peut aider à expliquer pourquoi, si ces populations rurales ont
tendance à avoir de plus grandes expositions à des maladies infectieuses et l'espérance
de vie plus bas que ceux de l'Ouest, ils ont aussi des taux plus faibles de maladies
chroniques comme les allergies , l'asthme, le diabète de type 2 et les maladies
cardiovasculaires.
"Les populations rurales passer beaucoup plus de temps à l'extérieur et beaucoup plus de
contact avec les plantes et le sol», explique Lozupone. Un autre chercheur, qui a recueilli
des échantillons au Malawi, m'a dit: «Dans certains de ces cultures, les enfants sont
élevés en commun, transmis d'une paire de mains à l'autre, de sorte qu'ils sont
régulièrement exposés à une plus grande diversité de microbes." Le nucléaire famille
peut ne pas être favorable à la santé du microbiome.
Comme il arrive, Lozupone et j'ai eu quelque chose en commun, parlant microbienne:
nous partageons des niveaux anormalement élevés de prevotella pour les Américains.Nos
communautés de l'intestin ressemblent plus à ceux des Africains ou des Amérindiens que
comme ceux de nos voisins ruraux. Lozupone soupçonne que les raisons pour lesquelles
cela pourrait avoir à faire avec un régime alimentaire à base de plantes; chacun de nous
mangeons beaucoup de grains entiers et les légumes et relativement peu de viande. (Bien
que aucun de nous n'est un végétarien.) Comme moi, elle était fière de son prevotella, le
considérant comme un signe d'une saine alimentation non-occidental, au moins jusqu'à
ce qu'elle commence à faire des recherches sur le microbiote de VIH patients. Il semble
que, eux aussi, ont beaucoup de prevotella. Ce qui complique davantage l'histoire, une
étude récente reliant certains microbes intestinaux communs dans les mangeurs de
viande à des niveaux élevés d'un marqueur sanguin pour la maladie cardiaque a suggéré
que prevotella était un microbe. Les premiers jours, en effet.
Deux autres caractéristiques de mon microbiome ont attiré l'attention des chercheurs qui
ont examiné il. Tout d'abord, l'ensemble de la biodiversité de la communauté de mon
intestin était significativement plus élevée que celle de l'Occidental typique, j'ai décidé de
prendre comme un compliment, même si la communauté extravagante diversité de
microbes sur ma peau a soulevé quelques sourcils. "Où sont donc vos mains été,
l'homme?" Jeff Leach du projet de Gut américain a demandé après avoir examiné mes
résultats. Ma peau abrite des bactéries associées aux plantes, le sol et une variété peu
alarmant de viscères d'animaux. Je mets cela sur le jardinage, le compostage (je garde
aussi les vers) et aussi le fait que je suis la fermentation du kimchi et la fabrication du
fromage au lait cru, «live-culture" aliments regorgeant de microbes.
Par rapport à une forêt tropicale ou une prairie, l'écosystème intérieur n'est pas bien
compris, mais les principes de base de l'écologie - qui, avec de puissantes nouvelles
machines de séquençage ont ouvert cette frontière invisible à la science - commencent à
donner quelques réponses préliminaires et un grand nombre hypothèses les plus
intrigants. Votre communauté microbienne semble se stabiliser âge de 3 ans, date à
laquelle la plupart des diverses niches de l'écosystème de l'intestin sont occupées. Cela ne
veut pas dire qu'il ne peut pas changer par la suite; c'est possible, mais pas aussi
facilement. Un changement de régime alimentaire ou une cure d'antibiotiques, par
exemple, peuvent apporter des changements dans la population relative des différentes
espèces résidentes, aider certains types de bactéries de se développer et d'autres à
languir. Peuvent être introduites de nouvelles espèces? Oui, mais probablement que si un
créneau est ouvert après une perturbation importante, comme une tempête
antibiotique.Tout comme n'importe quel autre écosystème mature, l'un dans notre
intestin a tendance à résister à l'invasion par les nouveaux arrivants.
Vous acquérez la plupart des microbes initiales dans votre communauté intestinale de
vos parents, mais d'autres sont pris en charge de l'environnement. «Le monde est
recouverte d'une fine patine d'excréments», comme le microbiologiste Stanford Stanley
Falkow dit aux élèves. Les nouveaux outils de séquençage ont confirmé son intuition:
Saviez-vous que la poussière de maison peut contenir des quantités importantes de
particules fécales? Ou que, chaque fois qu'une chasse d'eau, une partie de son contenu
sont sous forme d'aérosol? Le laboratoire de chevalier a séquencé les bactéries sur les
brosses à dents. Ces nouvelles est pendant le petit déjeuner, donc je n'ai pas demandé de
détails, mais les a de toute façon: "Vous voulez garder votre brosse à dents un minimum
de six mètres de toilettes", l'un des collègues de Knight m'a dit.
Certains scientifiques dans le domaine emprunter le terme «services
écosystémiques» de l'écologie au catalogue toutes les choses que la communauté
microbienne fait pour nous comme hôte ou de l'habitat, et les services rendus sont
remarquablement varié et impressionnant. "Résistance à l'invasion" est un. Nos microbes
résidents travaillent à maintenir des agents pathogènes de gagner un pied en occupant
des niches potentielles, ou de rendre l'environnement inhospitalier pour les étrangers. La
robustesse de la communauté de l'intestin d'un individu pourrait expliquer pourquoi
certaines personnes sont victimes d' une intoxication alimentaire tandis que d'autres
peuvent allègrement manger le même repas sans aucune séquelle.
Nos bactéries intestinales jouent également un rôle dans la fabrication de substances
comme neurotransmetteurs (dont la sérotonine); les enzymes et les vitamines B et
notamment (K) et d'autres éléments nutritifs essentiels (y compris l'acide aminé
important et les acides gras à chaîne courte); et une série d'autres molécules de
signalisation qui se parlent, et de l'influence, le système immunitaire et les systèmes
métaboliques. Certains de ces composés peuvent jouer un rôle dans la régulation de notre
niveau de stress et même tempérament: quand les microbes de l'intestin de souris
aventure décontractée sont transplantées dans les entrailles de la souris anxieux et
timides, ils deviennent plus aventureux. L'expression «penser avec votre intestin" peut
contenir une plus grande part de vérité que nous le pensions.
Les microbes intestinaux sont à la recherche de leurs propres intérêts, au premier rang
desquels avoir suffisamment à manger et la régulation du passage des aliments dans leur
environnement. Les bactéries se semblent aider à gérer ces fonctions par la production de
produits chimiques de signalisation qui régulent notre appétit, la satiété et la
digestion. Une grande partie de ce que nous apprenons sur le rôle du microbiome dans le
métabolisme humain est venu d'étudier "les souris axéniques" - souris soulevées dans les
laboratoires comme Jeffrey I. Gordon de l'Université de Washington, à St. Louis, pour
être microbiologiquement stérile, ou germe exempt. Récemment, le laboratoire de
Gordon transplanté les microbes intestinaux des enfants du Malawi avec kwashiorkor une forme aiguë de malnutrition - dans des souris sans germes. Le laboratoire a trouvé
ces souris atteints de kwashiorkor qui ont été nourris régime alimentaire typique des
enfants ne pouvait pas facilement métaboliser les nutriments, indiquant que cela peut
prendre plus de calories pour remédier à la malnutrition. Réparation métabolisme
désordonné d'un patient peut nécessiter la refonte de la communauté d'espèces dans son
intestin.
Garder le système immunitaire de façon productive en prise avec les microbes - exposés à
beaucoup d'entre eux dans notre corps, notre alimentation et notre environnement - est
un autre service important de l'écosystème et qui pourrait s'avérer essentiel à notre
santé. «Nous avons utilisé à penser que le système immunitaire a ce travail assez
simple," Michael Fischbach , biochimiste à l'Université de Californie, San Francisco,
dit."Tous les bactéries étaient clairement« non-soi »avait donc tout simplement être
reconnus et traités. Mais le travail du système immunitaire semble maintenant être
beaucoup plus nuancée et complexe. Il doit apprendre à considérer nos mutualistes "par exemple, les bactéries résidentes -« comme soi aussi. Dans l'avenir, nous allons
même pas appeler le système immunitaire, mais le système d'interaction microbienne.
"L'absence d'engagement constructif entre les microbes et le système immunitaire (en
particulier lors de certaines fenêtres de développement) pourrait être derrière
l'augmentation des maladies auto-immunes de l'Ouest .
Alors pourquoi n'avons-nous pas évolué nos propres systèmes pour effectuer ces
fonctions les plus importantes de la vie? Pourquoi avons-nous externalisé tout ce travail à
un groupe de microbes? Une théorie est que, parce que les microbes évoluent beaucoup
plus vite que nous faisons (dans certains cas, une nouvelle génération toutes les 20
minutes), ils peuvent répondre aux changements dans l'environnement - à des menaces
et des opportunités - avec beaucoup plus de rapidité et d'agilité que " nous
"possible.Délicieusement réactive et adaptative, les bactéries peuvent échanger des gènes
et des fragments d'ADN entre eux. Cette polyvalence est particulièrement utile quand une
nouvelle source de toxine ou de la nourriture apparaît dans l'environnement. Le
microbiote peut rapidement venir avec précision le bon gène nécessaire pour le
combattre - ou manger. Dans une étude récente, les chercheurs ont constaté qu'un
microbe intestinale commune chez les Japonais a acquis un gène d'une bactérie marine
qui permet aux Japonais de digérer les algues, quelque chose que le reste d'entre nous ne
peut pas faire aussi bien.
Cette plasticité sert à étendre notre génome relativement rigide, nous donnant accès à un
énorme sac à malices biochimiques nous n'avions pas besoin de nous évoluer. "Les
bactéries dans votre intestin sont continuellement en train de lire l'environnement et de
répondre», explique Joel Kimmons, un scientifique de la nutrition et épidémiologiste aux
Centers for Disease Control and Prevention à Atlanta. «Ils sont un miroir microbienne de
l'évolution du monde. Et parce qu'ils peuvent évoluer très rapidement, ils aident notre
corps à s'adapter aux changements de notre environnement ".
Une poignée de microbiologistes ont commencé sonnette d'alarme sur la
destruction involontaire de notre civilisation du microbiome humain et de ses
conséquences. Espèces microbiennes importantes ont peut-être déjà éteintes, avant que
nous ayons eu l'occasion d'apprendre qui ils sont ou ce qu'ils font. Ce que nous
considérons comme un désert intérieur peut être en fait rien de la sorte, après avoir
longtemps été remodelé par les activités humaines inconscientes. Prenant la métaphore
écologique en outre, le "microbiome occidentalisé" plupart d'entre nous portons
aujourd'hui est en fait un artefact de la civilisation, n'est plus un désert aujourd'hui que,
disons, les Meadowlands New Jersey.
Pour obtenir une idée plus claire de ce qui a été perdu, María Gloria Dominguez-Bello ,
un microbiologiste d'origine vénézuélienne à l'Université de New York, a voyagé vers des
contrées éloignées de l'Amazone à recueillir des échantillons de chasseurs-cueilleurs qui
ont eu peu de contacts antérieurs avec Occidentaux ou la médecine occidentale. "Nous
voulons voir comment le microbiote humain ressemble avant les antibiotiques, les
aliments transformés, avant avant la naissance moderne," me dit-elle. "Ces échantillons
sont vraiment en or."
Les résultats préliminaires indiquent que le microbiome vierge - de personnes qui ont eu
peu ou pas de contact avec les Occidentaux - dispose d'une plus grande biodiversité, y
compris un certain nombre d'espèces jamais séquencés, et, comme mentionné, des
niveaux élevés de prevotella que se trouve généralement dans le intestin de
l'Ouest.Dominguez-Bello dit ces microbiomes dynamiques, diversifiées et antibiotique
naïfs peuvent jouer un rôle dans les taux nettement plus faibles d'allergies, l'asthme, la
maladie atopique et les maladies chroniques comme le diabète de type 2 et les maladies
cardiovasculaires de amérindiens.
Une bactérie communément trouvée dans le microbiome non-occidentale, mais presque
disparu dans le nôtre est un habitant de tire-bouchon en forme de l'estomac par le nom
de la bactérie Helicobacter pylori . Le mari de Dominguez-Bello, Martin Blaser , un
médecin et microbiologiste à NYU, a étudié H. pylori depuis le milieu des années 1980 et
est convaincu que c'est une espèce en voie de disparition, l'extinction de laquelle nous
pouvons un jour rue. Selon «l'hypothèse du microbiote manquant», nous dépendons de
microbes comme H. pylori pour réguler diverses fonctions métaboliques et immunitaires,
et leur disparition est désordre de ces systèmes. La perte est cumulatif: «Chaque
génération passe sur le nombre de ces microbes," Blaser m'a dit, avec le résultat que le
microbiome Ouest est progressivement appauvri.
Il appelle à H. pylori "l'enfant de l'affiche» pour les microbes disparus et dit médecine a
été effectivement tente de l'exterminer depuis 1983, lorsque des scientifiques australiens
ont proposé que le microbe était responsable de gastro-duodénaux ulcères ; il a depuis
été impliquée dans le cancer de l'estomac ainsi. Mais H. pylori est un personnage plus
complexe, le spectre entier de bonne microbienne et le mal roulé dans un bogue. Les
scientifiques ont appris que H. pylori joue également un rôle dans la régulation de l'acide
dans l'estomac. On peut supposer que le fait de rendre son habitat préféré inhospitalier
pour les concurrents, mais l'effet sur son hôte peut être salutaire. Les personnes sans H.
pylori peuvent pas avoir des ulcères gastro-duodénaux, mais souvent ils ne souffrent
de reflux acide . Non traitée, cela peut conduire à l'oesophage de Barrett et,
éventuellement, un certain type de cancer de l'œsophage , taux ont grimpé en flèche dans
l'Ouest comme H. pylori a disparu.
Quand, après un récent épisode de reflux acide, mon médecin a ordonné
une endoscopie, j'ai découvert que, comme la plupart des Américains d'aujourd'hui, mon
estomac n'a pas H. pylori. Mon gastroentérologue était heureux, mais après avoir parlé à
Blaser, les nouvelles semble plus équivoque, car de H. pylori nous fait aussi beaucoup de
bien. Le microbe s'engage avec le système immunitaire, calmer la réponse
inflammatoire de manière à servir ses propres intérêts - être laissé en paix - ainsi que la
nôtre. Cet effet calmant sur le système immunitaire pourrait expliquer pourquoi les
populations qui abritent encore H. pylori sont moins sujettes aux allergies et à
l'asthme. Le laboratoire de Blaser a également trouvé des preuves que H. pylori joue un
rôle important dans le métabolisme humain en régulant les niveaux de l'hormone de la
ghréline de l'appétit."Quand l'estomac est vide, il produit beaucoup de ghréline, le signal
chimique dans le cerveau à manger», dit Blaser. »Puis, quand il en a eu assez, l'estomac
arrête la production de ghréline, et l'hôte se sent rassasié." Il dit que la disparition de H.
pylori peut contribuer à l'obésité en coupant ces signaux.
Mais qu'en est-il des maladies H. pylori sont reprochés? Blaser dit ils ont tendance à se
produire que tard dans la vie, et il fait la suggestion plutôt à couper le souffle que le rôle
de l'évolution de ce microbe pourrait être pour nous aider shuffle stade de la vie une fois
que nos années de procréation ont passé. Donc important ne Blaser concerne cette
étrange, paradoxal symbiote qu'il a proposé non pas un mais deux interventions
thérapeutiques non conventionnelles: vacciner les enfants avec H. pylori pour leur
donner le bénéfice de ses services au début de la vie, puis exterminer avec des
antibiotiques à 40 ans, lorsqu'elle est de nature à causer des ennuis commencent.
Ces jours Blaser est plus préoccupé par les dommages que les antibiotiques, même en
petites doses, font pour le microbiome - et en particulier à notre système immunitaire et
le poids. «Les agriculteurs ont été effectue une grande expérience depuis plus de 60 ans,"
Blaser dit, "en donnant des doses sous-thérapeutiques d'antibiotiques à leurs animaux
pour les faire prendre du poids." Les scientifiques ne sont pas exactement pourquoi cette
pratique œuvres, mais les médicaments peuvent favoriser les bactéries qui sont plus
efficaces à la récupération d'énergie à partir de l'alimentation. «Sommes-nous en train de
faire la même chose à nos enfants?" Qu'il demande. Les enfants de l'Ouest reçoivent, en
moyenne, entre 10 et 20 cours d'antibiotiques avant d'avoir 18 ans et les médicaments
prescrits ne sont pas les seuls antimicrobiens trouver leur chemin à la flore; les
scientifiques ont trouvé des résidus d'antibiotiques dans la viande, le lait et l'eau de
surface ainsi. Blaser est également préoccupé par l'utilisation de composés
antimicrobiens dans nos vies de tous les jours et de régime - tout de lavages de chlore
pour la laitue de désinfectants pour les mains. «Nous utilisons ces produits chimiques,
précisément parce qu'ils sont antimicrobien», dit Blaser. "Et bien sûr, ils nous font du
bien. Mais nous devons nous demander, que font-ils à notre microbiote "Personne ne
met en doute la valeur des antibiotiques à la civilisation - ils nous ont aidé à conquérir un
grand nombre de maladies infectieuses et l'augmentation de notre espérance de vie.Mais,
comme dans toute guerre, la guerre contre les bactéries semble avoir eu des
conséquences inattendues.
L'un des résultats les plus frappants de la séquence de mon microbiome est l'impact
d'une seule cure d'antibiotiques sur ma communauté de l'intestin. Mon dentiste m'avait
mis sur la voie de l'amoxicilline par mesure de précaution avant la chirurgie orale. (Sans
antibiotiques prophylactiques, bien sûr, la chirurgie serait beaucoup plus dangereux.)
Dans une semaine, mon impressionnante non-occidental "diversité alpha" - une mesure
de la diversité microbienne dans mon ventre - avait chuté et venir à ressembler beaucoup
à la Américain moyen. Mon (éventuellement) des niveaux sains de prevotella avaient
également disparu, pour être remplacé par un pic de Bacteroides (beaucoup plus
commun dans l'Ouest) et une prolifération alarmante de protéobactéries, un phylum qui
comprend un grand nombre de caractères adventices et pathogènes, y compris E. coli
et la salmonelle . Quel était apparu comme un intestin assez saine diversification a été
élève maintenant des expressions de préoccupation parmi les microbiologistes qui ont
consulté la page de mes données.
"Votre E. coli floraison est effrayant," Ruth Ley, un microbiologiste de l'Université
Cornell, qui étudie le rôle de la microbiome de l'obésité, m'a dit. "Si nous mettons cet
échantillon dans les souris sans germes, je parie qu'ils avaient enflammés." Grande. Juste
au moment où je commençais à penser que je suis un donneur prometteur pour une
transplantation fécale, maintenant j'avais un intestin qui rendrait les souris malades. J'ai
été soulagé d'apprendre que ma communauté de l'intestin serait finalement rebondir à
quelque chose ressemblant à son état antérieur. Pourtant, une étude récente a révélé
que lorsque les sujets ont reçu une seconde cure d'antibiotiques, la reprise de leur
écosystème intérieur était moins complète que après la première.
Peu de scientifiques que j'ai interviewés ont eu beaucoup de doute que le régime
alimentaire occidental a été modifie notre microbiome intestinal de façon
troublante.Certains, comme Blaser, sont préoccupés par les antimicrobiens nous
ingestion avec nos repas; d'autres avec la stérilité de produits alimentaires
transformés. La plupart ont convenu que le manque de fibres dans le régime alimentaire
occidental était nocive pour le microbiome, et d'autres encore ont exprimé leur
inquiétude au sujet des additifs dans les aliments transformés, dont quelques-uns ont
déjà été étudiés pour leurs effets spécifiques sur le microbiote. Selon un récent article
paru dans Nature par le microbiologiste Stanford Justin Sonnenburg, «Consommation
de hyperhygienic, produit en masse, hautement transformés et les aliments riches en
calories est de tester la rapidité de la flore de personnes dans les pays industrialisés peut
s'adapter." Comme notre microbiome évolue à faire face à l'alimentation occidentale,
Sonnenburg, dit-il craint que différents gènes sont de plus en plus difficile à trouver que
la baisse de la biodiversité inhérentes au microbiome avec notre exposition quotidienne à
des bactéries.
Catherine Lozupone à Boulder et Andrew Gewirtz , immunologiste à l'Université d'Etat
de Géorgie, dirigé mon attention sur les émulsifiants couramment utilisés dans de
nombreux aliments transformés - les ingrédients avec des noms comme la lécithine,
Datem, CMC et du polysorbate 80 laboratoire de Gewirtz a fait des études chez la souris
indiquent que certains de ces composés detergentlike peut endommager la muqueuse - le
revêtement de protection de la paroi de l'intestin - qui pourrait conduire à des fuites et
inflammation.
Un nombre croissant de chercheurs en médecine sont à venir autour de l'idée que le
dénominateur commun d'un grand nombre, sinon la plupart, des maladies chroniques
dont nous souffrons aujourd'hui peut être une inflammation - une réponse immunitaire
accrue et persistante par le corps à un réel ou perçu menace. Différents marqueurs de
l'inflammation sont fréquentes chez les personnes atteintes du syndrome métabolique, le
complexe d'anomalies qui prédispose à des maladies comme les maladies
cardiovasculaires, l'obésité, le diabète de type 2 et peut-être un cancer . Alors que les
organisations de santé diffèrent sur la définition exacte du syndrome métabolique, un
rapport des Centers for Disease Control and Prevention 2009 a révélé que 34 pour cent
des adultes américains sont atteints de la maladie. Mais est-inflammation encore un
autre symptôme du syndrome métabolique, ou est-ce peut-être la cause? Et si elle est la
cause, quelle est son origine?
Une théorie est que le problème commence dans l'intestin, d'un trouble de la flore, en
particulier de l'épithélium de toute importance que les lignes de notre des voies
digestif.Cette peau interne - la surface de ce qui est assez large pour couvrir un court de
tennis - médiatise notre rapport au monde extérieur de notre corps; plus de 50 tonnes de
nourriture passent à travers elle dans une vie. Le microbiote joue un rôle critique dans le
maintien de la santé de l'épithélium: certaines bactéries, comme les bifidobactéries et
Lactobacillus plantarum (commun dans les légumes fermentés), semblent directement
renforcer sa fonction. Ces et d'autres bactéries intestinales contribuent également à son
bien-être en le nourrissant. Contrairement à la plupart des tissus, qui prennent leur
nourriture à partir de la circulation sanguine, les cellules épithéliales du colon obtenir
une grande partie de leur à partir des acides gras à chaîne courte qui produisent des
bactéries de l'intestin comme un sous-produit de la fermentation de fibres végétales dans
le gros intestin.
Mais si la barrière épithéliale n'est pas correctement nourri, il peut devenir plus
perméable, ce qui lui permet d'être violée. - Les bactéries, des endotoxines qui sont les
sous-produits toxiques de certaines bactéries et - les protéines peuvent se glisser dans le
courant sanguin, ce qui provoque le système immunitaire du corps à monter une
réponse. Cette inflammation de bas grade obtenu, qui affecte l'ensemble du corps, peut
conduire au fil du temps au syndrome métabolique et un certain nombre de maladies
chroniques qui ont été liés à elle.
Preuve à l'appui de cette théorie commence à s'accumuler, certains des plus intrigante
venant du laboratoire de Patrice Cani de l'Université Catholique de Louvain à
Bruxelles.Lorsque Cani alimenté une haute teneur en gras, alimentation "junk food" à
des souris, la communauté de microbes dans leurs tripes beaucoup changé comme il le
fait chez les humains sur une alimentation fast-food. Mais Cani a également trouvé le
régime junk-food fait les barrières de l'intestin des animaux nettement plus perméable,
ce qui permet d'endotoxines de s'infiltrer dans la circulation sanguine. Cela a produit une
inflammation de bas grade qui a finalement conduit au syndrome métabolique. Cani
conclut que, au moins chez la souris, "bactéries intestinales peuvent initier des processus
inflammatoires associés à l'obésité et la résistance à l'insuline" en augmentant la
perméabilité intestinale.
Ceux-ci et d'autres expériences montrent que l'inflammation de l'intestin peut être à
l'origine du syndrome métabolique, et non son résultat, et que les variations de la flore
microbienne et la doublure de la paroi de l'intestin peut provoquer cette inflammation. Si
Cani est correcte - et il ya maintenant des preuves indiquant que le même mécanisme est
à l'œuvre chez l'homme - alors la science médicale peut être sur la piste d'une Grande
Théorie Unifiée de maladies chroniques, au cœur même de ce qui nous trouverons
l'intestin microbiome.
Ma première réaction à l'apprentissage tout cela était de vouloir faire quelque chose
immédiatement, quelque chose à entretenir la santé de mon microbiome. Mais la plupart
des scientifiques que j'ai interviewés étaient peu disposés à faire des recommandations
pratiques; Il est trop tôt, ils m'ont dit, nous ne savons pas encore assez. Une partie de
cette hésitation reflète une abondance de prudence compréhensible. Les chercheurs sur
le microbiome ne veulent pas faire l'erreur de overpromising, que les chercheurs du
génome fait. Ils sont également préoccupés par l'alimentation d'une fleur gigantesque de
charlatanisme prébiotique et probiotique et à juste titre: les probiotiques sont déjà étant
médiatisée comme la nouvelle panacée, même si ce n'est pas du tout évident que ces
bactéries bénéfiques soi-disant fait pour nous ou comment ils font ce qu'ils font.Certaines
recherches suggèrent que certains probiotiques pourraient être efficaces dans un certain
nombre de façons: la modulation du système immunitaire; réduire une réponse
allergique; réduction de la durée et de la gravité des rhumes chez les enfants;soulager la
diarrhée et les symptômes du côlon irritable; et l'amélioration de la fonction de
l'épithélium. Le problème est que, parce que le marché des probiotiques est en grande
partie non réglementé, il est impossible de savoir ce que, si quelque chose, vous obtenez
lorsque vous achetez un produit «probiotique». Une étude a testé 14 probiotiques
commerciaux et a constaté que seul contenait l'espèce exacte indiquée sur l'étiquette.
Mais une partie de la réticence des scientifiques de faire des recommandations flux
sûrement de la partialité institutionnelle de la science et de la médecine: que l'avenir de
la gestion de microbiome doit rester fermement entre les mains de la science et de la
médecine. Dans cette voie - qui détient véritable promesse - mensonge amélioration des
probiotiques et des prébiotiques, les transplantations fécales (avec de meilleurs noms) et
les thérapies liées. Jeffrey Gordon, l'un de ces scientifiques qui pairs loin à l'horizon, se
réjouit à l'époque où les troubles du microbiome seront traités avec «symbiotiques» suites de cibles, les microbes de la prochaine génération de probiotiques administrés
ainsi que les nutriments prébiotiques adéquats pour nourrir les. La transplantation fécale
va céder la place à quelque chose de beaucoup plus ciblée: un assemblage purifiée et
culture d'une douzaine de microbiennes espèces qui, avec de nouveaux aliments
thérapeutiques, seront présentés à la communauté de l'intestin pour réparer «lésions» espèces disparues importants ou des fonctions . Pourtant, en supposant que tout cela
fonctionne comme annoncé, une telle approche permettra également Big Pharma et Big
Food de jalonner et de coloniser le microbiome humain dans un but lucratif.
Quand j'ai demandé à Gordon sur do-it-yourself gestion de microbiome, il a dit qu'il
espérait un jour «où les gens peuvent cultiver ce jardin magnifique qui est si influente
dans notre santé et notre bien-être» - mais ce jour-là attend beaucoup plus de la science
.Donc, il a refusé de donner des conseils de jardinage ou des conseils diététiques. «Nous
devons gérer les attentes», at-il dit.
Hélas, je suis impatient. J'ai donc abandonné demandant scientifiques de
recommandations et commencé leur demander plutôt comment, à la lumière de ce qu'ils
ont appris sur le microbiome, ils ont changé leurs propres régimes et modes de vie. La
plupart d'entre eux ont apporté des modifications. Ils ont été plus lents à prendre, ou
donner à leurs enfants, les antibiotiques. (Je tiens à souligner qu'en aucune façon est-ce
un argument pour le rejet d'antibiotiques quand ils sont médicalement nécessaires.)
Certains ont parlé de relâcher le régime sanitaire dans leurs maisons, en encourageant
leurs enfants à jouer dehors dans la terre et les animaux - délibérément accroître leur
exposition à la grande patine. De nombreux chercheurs m'ont dit qu'ils avaient éliminé
ou réduire les aliments transformés, soit en raison de son manque de fibre ou de
préoccupation au sujet des additifs. En général, ils semblent accorder moins de confiance
en probiotiques (dont peu d'entre eux utilisés) que dans prébiotiques - aliments
susceptibles de favoriser la croissance des «bonnes bactéries» déjà présents. Plusieurs
pays, dont Justin Sonnenburg, ont dit qu'ils avaient ajouté des aliments fermentés à leur
régime alimentaire: yaourt, le kimchi, la choucroute. Ces aliments peuvent contenir un
grand nombre de bactéries probiotiques, comme L. plantarum et les bifidobactéries, et
alors que la plupart des bactéries probiotiques ne semblent pas prendre résidence
permanente dans l'intestin, il existe des preuves qu'ils pourraient laisser leur marque sur
la communauté, parfois par modifier l'expression des gènes des résidents permanents en effet activer ou de désactiver les voies métaboliques dans la cellule - et parfois en
stimulant ou calmant la réponse immunitaire.
Qu'en est-il augmenter notre exposition aux bactéries? "Il ya un cas pour salir votre
alimentation," Sonnenburg m'a dit. Pourtant, conseiller aux gens de ne pas laver leurs
produits est probablement sage dans un monde de résidus de pesticides. «Je considère
comme une analyse coûts-avantages», a écrit Sonnenburg par e-mail. "Augmentation de
l'exposition aux microbes de l'environnement diminue probablement l'occasion de
nombreuses maladies occidentales, mais augmente l'exposition aux agents
pathogènes.Certes, les coûts augmentent car les bactéries résistantes aux antibiotiques
effrayants deviennent plus fréquents. "Alors lavez-vous les mains dans les situations où
des agents pathogènes ou de produits chimiques toxiques sont probablement présents,
mais peut-être pas après caresser votre chien. "En termes de nourriture, je pense que
manger des aliments fermentés est la réponse - par opposition à ne pas se laver les
aliments, sauf s'il s'agit de votre jardin,» dit-il.
Avec sa femme, Erica, également un microbiologiste, Sonnenburg tend une colonie de
souris gnotobiotique à Stanford, en examinant (entre autres) les effets de l'alimentation
occidentale sur leur microbiote. (Retrait fibre entraîne une baisse de la diversité, mais
l'effet est réversible.) Il s'agit d'un boulanger amateur, et quand j'ai visité son laboratoire,
nous avons parlé des avantages de la cuisson avec des grains entiers.
"La fibre est pas un seul nutriment», a déclaré Sonnenburg, ce qui explique pourquoi les
suppléments de fibres sont pas de formule magique. "Il ya des centaines de différents
polysaccharides" - les hydrates de carbone complexes, y compris la fibre - ". Chez les
plantes, et les différents microbes aiment chomp sur différents principes» Pour stimuler
la fibre, l'industrie alimentaire a ajouté beaucoup d'un polysaccharide appelé inuline, à
des centaines de produits, mais c'est juste un genre (souvent dérivé de la racine de
chicorée-usine) et donc ne peuvent favoriser un nombre limité de microbes. J'ai entendu
à la place d'un argument pour une variété de grains entiers et un régime alimentaire
diversifié de plantes et de légumes ainsi que les fruits. "La meilleure façon d'augmenter
votre biodiversité microbienne est de manger une variété de polysaccharides," at-il dit.
Son commentaire a sonné avec quelque chose d'un gastro-entérologue à l'Université de
Pittsburgh m'a dit. "Le gros problème avec l'alimentation occidentale," Stephen O'Keefe a
dit, "c'est qu'il ne se nourrit pas l'intestin, seul le G I. supérieure Toute la nourriture a été
traitée pour être facilement absorbé, ne laissant rien pour le G inférieure I. Mais il s'avère
que l'une des clés de la santé est la fermentation dans le gros intestin. "Et la clé de
l'alimentation de la fermentation dans le gros intestin est en lui donnant beaucoup de
plantes avec leurs différents types de fibres, y compris l'amidon résistant (trouvé dans les
bananes, les haricots, l'avoine); fibres solubles (dans les oignons et autres légumesracines, noix); et les fibres insolubles (dans les céréales complètes, en particulier le son,
et les avocats).
Grâce à notre régime de sucres et de graisses absorbées rapidement, nous allons manger
pour une seule et priver le trillion de la nourriture qu'ils aiment le mieux: glucides
complexes et de fibres végétales fermentescibles. Le sous-produit de la fermentation sont
les acides gras à chaîne courte qui nourrissent la barrière intestinale et aident à prévenir
l'inflammation. Et il ya des études suggérant que les plantes en ajoutant tout simplement
à une alimentation fast-food va atténuer son effet anti-inflammatoire.
Les grandes lignes d'une alimentation pour le nouveau superorganisme venaient
clairement, et il n'a pas besoin de les ministrations des scientifiques de l'alimentation
chez Nestlé ou General Mills pour le concevoir. Big Food et Big Pharma avez
probablement un rôle à jouer, comme les symbiotiques de la prochaine génération de
volonté Jeffrey Gordon, dans la réparation de la flore de personnes qui ne peuvent pas ou
ne se soucient pas de simplement changer leur régime alimentaire. Cela va être une
grosse affaire. Pourtant, les éléments d'un régime de microbiote de l'environnement sont
déjà sur les rayons des supermarchés et dans les marchés de producteurs.
Vu sous cet angle, les aliments sur les marchés apparaissent dans une lumière nouvelle,
et j'ai commencé à voir comment vous pourriez commencer à magasiner et cuisiner avec
le microbiome à l'esprit, pour mieux nourrir la fermentation dans nos tripes. Moins un
aliment est transformé, plus il y qui obtient en toute sécurité à travers le tractus gastrointestinal et dans les griffes avides du microbiote. Pâtes al dente, par exemple, se nourrit
des insectes mieux que les pâtes doux fait; avoine mieux que l'acier laminé
coupe;légumes crus ou légèrement cuits offrent les bugs plus chomp sur de trop cuit, etc
C'est à la fois un très vieux et une toute nouvelle façon de penser à la nourriture: il
suggère que toutes les calories ne sont pas créés égaux et que la structure d'un aliment et
comment il est préparé peut être important autant que sa composition nutritionnelle.
C'est une idée frappante que l'une des clés de la bonne santé peut se révéler impliquer la
gestion de notre fermentation interne. Ayant récemment appris à gérer plusieurs
fermentations externes - du pain et du kimchi et de la bière - Je connais un peu les aléas
de ce processus. Vous comptez sur les microbes, et que vous faites de votre mieux pour
aligner leurs intérêts avec les vôtres, principalement en les nourrissant le genre de choses
qu'ils aiment manger - bon ". Substrat" Mais le contrôle absolu du processus est trop à
espérer. C'est beaucoup plus comme le jardinage que de gouverner.
Le jardinier succès a toujours su que vous n'avez pas besoin de maîtriser la science du sol,
qui est encore un autre foyer de fermentation microbienne, afin de nourrir et
l'entretenir. Vous avez juste besoin de savoir ce qu'il aime manger - fondamentalement,
la matière organique - et comment, d'une manière générale, d'aligner vos intérêts avec les
intérêts des microbes et les plantes. Le jardinier découvre aussi que, lorsque des agents
pathogènes ou des parasites apparaissent, les interventions chimiques «travail», qui est,
à résoudre le problème immédiat, mais à un coût pour la santé à long terme du sol et tout
le jardin. L'entraînement pour un contrôle absolu conduit à des formes imprévues de
trouble.
Ceci, il me semble, est à peu près où nous en sommes aujourd'hui à l'égard de nos
microbiomes - notre grouillante, quasi-désert. Nous ne savons pas beaucoup, mais nous
savons probablement assez pour commencer à prendre mieux soin d'elle. Nous avons une
assez bonne idée de ce qu'il aime manger, et les produits chimiques forts font pour
elle. Nous savons tous que nous devons savoir, en d'autres termes, pour commencer, avec
modestie, pour s'occuper du jardin indisciplinés intérieur.
Michael Pollan est le professeur Chevalier de journalisme à l'Université de Californie,
Berkeley, et l'auteur, plus récemment, de "cuit: A Natural History de la transformation."
Editeur: Ilena Silverman