les fonctions des gènes on - Springer Static Content Server

Tableau 1
Gènes identifiés comme associés à une modification du risque de survenue de pneumonie (les fonctions des gènes ont été extraites de la base de
données UNIPROT [1])
Symbole
du gène Fonction Population étudiée Description Référence
Gènes associés à un risque augmenté (incidence accrue)
CLEC7A Lectine qui fonctionne comme récepteur
spécifique des glycanes beta-1,3 et beta-
1,6, constituants de la paroi cellulaire de
bactéries et champignons pathogènes.
Nécessaires à la réaction inflammatoire
induite par TLR2 et pour l’activation de
NF-kappa-B médiée par TLR2. Améliore la
production de cytokines par les
macrophages et les cellules dendritiques.
Sert de médiateur pour la production
d’espèces réactives de l’oxygène dans la
cellule et pour la phagocytose de conidies
de C. albicans. Lié aux lymphocytes T
d’une manière qui n’implique pas les
glycanes de surface et joue un rôle dans
l’activation des lymphocytes T stimule la
prolifération des lymphocytes T
Caucasien
187 patients VIH Incidence des pneumonies au sein de patients infectés par le
VIH significativement augmentée chez les patients porteurs
d’un variant non fonctionnel de CLEC7A
[2]
IL1RN Inhibe l’activité de l’interleukine-1 en se
liant au récepteur IL1R1 et empêchant sa
liaison avec le corécepteur IL1RAP. N’a
pas d’activité interleukine-1. Se lie au
récepteur de l’interleukine-1 IL1R1 avec
une plus grande affinité que le récepteur
IL1R2 ; mais la pertinence physiologique
Taiwan
36 patients avec une
pneumonie à
MDRAB et 30
contrôles avec une
pneumonie non à
MDRAB
Fréquence des homozygotes A1/A1 significativement
augmentée chez les patients ayant une pneumonie à
Acinetobacter baumanii multirésistant (MDRAB)
[3]

de cette dernière association est incertaine
FCGR2A Se lie à la région Fc des immunoglobulines
gamma. Récepteur de faible affinité. En se
liant aux IgG, il initie des réponses
cellulaires contre des agents pathogènes et
des antigènes solubles. Favorise la
phagocytose des antigènes opsonisés
Caucasien
200 cas /
313 contrôles
Génotype R/R associé plus fréquemment à la survenue
d’une pneumonie à Haemophilus influenzae
[4]
FCGR2A Cf. ci-dessus Hispanique
91 cas /
98 contrôles
Variants de ces trois gènes (rs1801274 pour FCGR2A,
rs3786054 pour C1QBP et rs8070740 pour RPAIN et un
variant associé à un gène non décrit rs9856661) associés à
un risque augmenté de pneumonie à H1N1, dans une étude
d’association pangénomique
[5]
C1QBP Lié aux « têtes » globulaires de C1Q pour
inhiber l’activation de C1
RPAIN Module l’importation du complexe RPA
dans le noyau, éventuellement via une
interaction avec une beta-importine.
L’isoforme 2 est stimulée et module la
localisation du complexe RPA dans le
corps PML du noyau, participant ainsi à la
fonction de RPA dans le métabolisme de
l’ADN
TNF Cytokine qui se lie à TNFRSF1A/TNFR1
et TNFRSF1B/TNFBR. Il est
principalement sécrété par les macrophages
et peut induire la mort cellulaire de
certaines lignées de cellules tumorales.
C’est un puissant agent pyrogène causant
une fièvre par action directe ou par
stimulation de la sécrétion de
l’interleukine-1 ; il est impliqué dans
Caucasien
42 cas /
240 contrôles
Au sein d’une cohorte prospective de 282 patients
présentant un lupus, les patients porteurs de l’allèle -238A :
risque augmenté de survenue de pneumonie
[6]

l’induction de la cachexie et sous certaines
conditions, il peut stimuler la prolifération
cellulaire et induire la différenciation des
cellules
  Caucasien
109 cas /
108 contrôles
Les patients présentant une infection à H1N1 :
augmentation de l’allèle -238A (risque augmenté de
pneumonie).
[7]
MBL2 Lectine dépendante du calcium impliquée
dans la défense immunitaire innée. Lie le
mannose, le fucose et le N-
acétylglucosamine sur différents micro-
organismes et active la voie lectine du
complément. Se lie à des cellules
apoptotiques tardives, à des bulles
apoptotiques et à des cellules nécrotiques,
mais pas à des cellules apoptotiques
précoces, facilitant leur assimilation par les
macrophages. Peut se lier à l’ADN
Turquie
53 cas de sepsis/
40 contrôles
Fréquence des pneumonies augmentée chez les enfants
présentant un déficit en MBL2 (génotypes AB et BB).
[8]
TLR3 Élément clé de l’immunité innée et
adaptative. Les TLR (Toll-like receptors)
contrôlent la réponse immunitaire de l’hôte
contre les agents pathogènes par la
reconnaissance de motifs moléculaires
spécifiques aux micro-organismes. TLR3
est un détecteur de nucléotide TLR qui est
activé par l’ARN double brin, un signe
d’infection virale. Agit par l’intermédiaire
de MYD88 et TRAF6, conduisant à
l’activation de NF-kappa-B, la sécrétion de
cytokines et la réponse inflammatoire
Caucasien
272 cas /
164 contrôles
Association entre le génotype rs5743313/CT de TLR3 et un
risque augmenté de pneumonie chez des enfants infectés
par le virus de la grippe AH1N1 en 2009
[9]
TLR9 Élément clé de l’immunité innée et Caucasien Au sein d’une population de patients allogreffés, [10]

adaptative. Les TLR (Toll-like receptors)
contrôlent la réponse immunitaire de l’hôte
contre les agents pathogènes par la
reconnaissance de motifs moléculaires
spécifiques aux micro-organismes. TLR9
est un détecteur de nucléotides TLR qui est
activé par les dinucléotides non méthylés
cytidine-phosphate-guanosine (CpG). Agit
par l’intermédiaire de MYD88 et TRAF6,
conduisant à l’activation de NF-kappa-B, la
sécrétion de cytokines et la réponse
inflammatoire
134 cas /
87 contrôles association significative entre la présence du génotype T-
1237C et la susceptibilité à une pneumonie virale
TIRAP Adaptateur impliqué dans les voies de
signalisation TLR2 et TLR4 de la réponse
immunitaire innée. Agit par l’intermédiaire
d’IRAK2 et TRAF-6, conduisant à
l’activation de NF-kappa-B, MAPK1,
MAPK3 et JNK, et conduisant à la
sécrétion de cytokines et la réponse
inflammatoire. Régule positivement la
production de TNF-alpha et d’interleukine-
6
Caucasien
159 cas /
790 contrôles
Hétérozygotes pour les gènes TIRAP/Mal et TLR4, et
homozygotes pour le génotype (rs7932766) de
TIRAP/Mal : risque significativement plus élevé de
développer des infections sévères en postopératoire
[11]
SERPINE1 Inhibiteur de la protéase de la sérine. Cet
inhibiteur agit comme « appât » pour
l’activateur tissulaire du plasminogène,
l’urokinase, la protéine C et la matriptase-
3/TMPRSS7. Son interaction rapide avec
PLAT peut fonctionner comme un point de
contrôle majeur de la régulation de la
fibrinolyse
Caucasien
272 cas /
2803 contrôles
Génotypes PAI4G, PAI2846G, PAI4588C et PAI7343A
associés à une susceptibilité augmentée de pneumonie
communautaire
[12]
IL8 IL-8 est un facteur chimiotactique qui attire
les neutrophiles, les basophiles et les
Chine
101 cas /
Enfants porteur du génotype 251T : risque augmenté de
pneumonie virale à VRS
[13]

lymphocytes T, mais pas les monocytes. Il
est également impliqué dans l’activation
des neutrophiles. Il est libéré à partir de
plusieurs types de cellules en réponse à un
stimulus inflammatoire. L’IL-8 (6-77)
présente une activité 5-10-fois plus élevée
sur l’activation des neutrophiles, l’IL-8 (5-
77) a augmenté son activité sur l’activation
des neutrophiles et d’IL-8 (7-77) présente
une plus grande affinité pour les récepteurs
CXCR1 et CXCR2 par rapport à l’IL-8 (1-
77)
108 contrôles
35 familles avec un
cas
HMOX1 L’hème oxygénase clive le noyau hème au
niveau du pont alpha-méthylène pour
former la biliverdine. Biliverdine est
ensuite transformée en bilirubine par la
biliverdine-réductase. Dans les conditions
physiologiques, l’activité de l’hème-
oxygénase est la plus élevée dans la rate,
où les érythrocytes sénescents sont
séquestrés et détruits
Japon
200 cas /
200 contrôles
Un nombre augmenté de répétitions (GT)n au niveau du
promoteur du gène HMOX1 associé à un risque plus élevé
de pneumonie chez le sujet âgé
[14]
Gènes associés à un risque diminué (protecteurs)
CRP Affiche plusieurs fonctions associées aux
défenses de l’hôte: il favorise
l’agglutination, gonflement capsulaire
bactérien, la phagocytose et la fixation du
complément grâce à sa liaison à la
phosphorylcholine calcium-dépendante.
Peut interagir avec l’ADN et les histones et
peut piéger les matières nucléaires libérées
par les cellules circulantes endommagées
Afro-Américain
581 cas /
4793 contrôles
Génotype A790T associé à un risque plus faible de
pneumonie (taux de CRP plus élevés)
[15]