memento unix
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Les droits d’accès aux fichiers A chaque fichier sont associés des droits qui contrôlent les modalités d’accès. Il sera ainsi possible de restreindre les droits en lecture, en écriture et en exécution. Pour visualiser les droits associés à un fichier, il faut saisir la commande “ls“ avec l’option “l”. [ocollin@genocluster-data ~/TEST-VIENNA]$ ls -l vienna.csh -rw-r--r-- 1 ocollin roscoff 224 Dec 12 13:21 vienna.csh drwxr-xr-x Consultation de fichiers texte Les résultats de vos analyses seront le plus souvent stockés dans des fichiers ne contenant que du texte. Unix vous propose différents outils pour visualiser le contenu de vos fichiers. Il s’agit des commandes : cat <nom_du_fichier> La commande cat avec l’option -v affiche les caractèrs non imprimables (très pratique pour détecter d’éventuels problèmes de reconnaissance de format de séquences par des programmes). Les commandes more et less permettent de visualiser un fichier page par page. La commande less est plus élaborée puisqu’elle permet de naviguer aisément dans le fichier en remontant dans les pages. Pour quitter ces deux visualisateurs, il faut simplement taper le caractère “q”. MEMENTO UNIX genouest.org décembre 2007 less <nom_du_fichier> Droit des autres Type de fichier : - “-” fichier ordinaire - “d” répertoire - “l” lien Droit du groupe Droit du possesseur Les changements de droits s’effectuent avec la commande chmod. Pour modifier les droits d’un fichier on procède de la façon suivante : chmod <utilisateur><opération><permissions> fichier Il est possible de ne visualiser que des portions de texte avec les commandes head et tail qui n’affichent que les premières ou les dernières lignes d’un fichier. A noter que l’utilisation de la commande tail avec l’option “-f” permet de suivre la croissance d’un fichier de résutats par exemple. Le manuel en ligne Pour toute information complémentaire concernant une commande, il faut utiliser le manuel en ligne de la façon suivante: man <commande> Options Valeurs Utilisateur u,g, o, a (utilisateur, group, others, all) Opération +, - (ajouter, retirer) Permissions r, w, x (read, write, execute) Le système affichera les pages de documentation relatives à chaque commande. Contacts Nom Mail Hugues Leroy [email protected] Anthony Assi [email protected] Olivier Collin [email protected] Unix : commandes de base La plate-forme GenOuest met à votre disposition une grappe de calculateurs composée de 36 machines bi-processeurs. Cet ensemble de machines fonctionnent avec le système d’exploitation Linux Red Hat. pour pouvoir mener à bien vos travaux d’analyse. d’exploiter [ocollin@genocluster-data ~]$ Déplacements dans l’arborescence Il est possible de se déplacer dans l’arborescence du système de fichier grâce à la commande “cd” (change directory). La racine (“/”) est la base de tout le système. L’arborescence et les fichiers sous Unix Vous disposez d’un compte sur nos systèmes Afin Une fois connecté, vous accéderez au “prompt” du cluster et vous pourrez saisir vos commandes et lancer des programmes. votre environnement, ce mémento vous présente les commandes de base indispensables. Quelques généralités Unix est un système multi-tâches, multi-utilisateur. C’est un système qui est primitivement orienté “ligne de commande”, c’est à dire que l’on peut effectuer toutes les manipulations en saisissant du texte constituant des commandes. Ceci est déroutant pour le néophyte mais permet d’obtenir beaucoup de puissance. Quel logiciel choisir pour se connecter au cluster ? Une fois connecté, vous vous retrouvez dans votre répertoire personnel, également appelé “home directory”. Vous pouvez organiser ce répertoire à votre convenance en créant, déplaçant, effaçant des répertoires et des fichiers. [ocollin@genocluster-data ~]$ cp toto tutu Commande Action pwd affiche le répertoire courant Sous windows, le programme Putty est une excellente option : mkdir crée un répertoire rmdir efface le répertoire Sous Linux et MacOS, la commande ssh est déjà disponible dans une fenêtre de terminal. ls affiche la liste des fichiers Connexion au cluster cp copie un fichier mv renomme ou déplace un fichier rm efface un fichier ssh -X <login>@genocluster.univ-rennes1.fr rep2 rep3 Pour copier un fichier toto dans un fichier tutu pour devrez saisir la commande change de répertoire ou cd .. cd .. [ocollin@genocluster-data ~]$ mkdir toto cd ssh -X -l <votre_login> genocluster.univ-rennes1.fr / rep1 Pour créer le répertoire toto vous devrez saisir la commande : Plusieurs options sont envisageables et il vous revient de choisir celle qui vous plaît le plus. (http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ ) cd rep1 rep4 cd . Figure 1 : l’arborescence On parle de chemin pour désigner un emplacement dans l’arborescence. Un chemin peut-être absolu (par rapport à la racine du système de fichiers) ou relatif (le plus souvent par rapport à l’endroit dans lequel on se trouve). Pour aller de la racine au répertoire nommé “rep1” il faudra saisir la commande : cd rep1 Une fois que l’on est dans le répertoire “rep1”, pour revenir à la racine, il faudra saisir au choix : cd / ou bien cd .. (la commande cd .. fait remonter d’un niveau). Si l’on se trouve dans le répertoire “rep4” et que l’on souhaite aller dans le répertoire “rep1”, on pourra saisir : cd /rep1 (chemin absolu par rapport à la racine ) ou bien cd ../../rep1 (chemin relatif).
