memento unix

Consultation de fichiers texte
Les résultats de vos analyses seront le plus souvent
stockés dans des fichiers ne contenant que du texte.
Unix vous propose di!érents outils pour visualiser le
contenu de vos fichiers. Il s’agit des commandes :
cat <nom_du_fichier>
La commande cat avec l’option -v a"che les carac-
tèrs non imprimables (très pratique pour détecter
d’éventuels problèmes de reconnaissance de format
de séquences par des programmes).
Les commandes more et less permettent de visuali-
ser un fichier page par page. La commande less est
plus élaborée puisqu’elle permet de naviguer aisé-
ment dans le fichier en remontant dans les pages.
Pour quitter ces deux visualisateurs, il faut simple-
ment taper le caractère “q”.
less <nom_du_fichier>
Il est possible de ne visualiser que des portions de
texte avec les commandes head et tail qui n’a"chent
que les premières ou les dernières lignes d’un fi-
chier.
A noter que l’utilisation de la commande tail avec
l’option “-f” permet de suivre la croissance d’un fi-
chier de résutats par exemple.
Le manuel en ligne
Pour toute information complémentaire concernant
une commande, il faut utiliser le manuel en ligne de
la façon suivante:
man <commande>
Le système a"chera les pages de documentation
relatives à chaque commande.
MEMENTO
UNIX
genouest.org
décembre 2007
Contacts
Nom
Mail
Hugues Leroy
[email protected]
Anthony Assi
[email protected]
Olivier Collin
[email protected]
Les droits d’accès aux fichiers
A chaque fichier sont associés des droits qui
contrôlent les modalités d’accès. Il sera ainsi
possible de restreindre les droits en lecture, en
écriture et en exécution.
Pour visualiser les droits associés à un fichier,
il faut saisir la commande “ls“ avec l’option “-
l”.
[ocollin@genocluster-data ~/TEST-VIENNA]$ ls
-l vienna.csh
-rw-r--r-- 1 ocollin rosco! 224 Dec 12
13:21 vienna.csh
drwxr-xr-x
Les changements de droits s’e!ectuent avec la
commande chmod.
Pour modifier les droits d’un fichier on pro-
cède de la façon suivante :
chmod <utilisateur><opération><permis-
sions> fichier
Options
Valeurs
Utilisateur
u,g, o, a (utilisateur, group,
others, all)
Opération
+, - (ajouter, retirer)
Permissions
r, w, x (read, write, execute)
Type de fichier :
- “-” fichier ordinaire
- “d” répertoire
- “l” lien
Droit des autres
Droit du groupe
Droit du possesseur

Unix : commandes de base
La plate-forme GenOuest met à votre
disposition une grappe de calculateurs composée de
36 machines bi-processeurs. Cet ensemble de
machines fonctionnent avec le système d’exploitation
Linux Red Hat.
Vous disposez d’un compte sur nos systèmes
pour pouvoir mener à bien vos travaux d’analyse.
Afin d’exploiter votre environnement, ce
mémento vous présente les commandes de base
indispensables.
Déplacements dans l’arborescence
Il est possible de se déplacer dans l’arborescence
du système de fichier grâce à la commande “cd”
(change directory). La racine (“/”) est la base de tout
le système.
Figure 1 : l’arborescence
On parle de chemin pour désigner un emplacement
dans l’arborescence. Un chemin peut-être absolu
(par rapport à la racine du système de fichiers) ou
relatif (le plus souvent par rapport à l’endroit dans
lequel on se trouve).
Pour aller de la racine au répertoire nommé “rep1” il
faudra saisir la commande : cd rep1
Une fois que l’on est dans le répertoire “rep1”, pour
revenir à la racine, il faudra saisir au choix : cd / ou
bien cd .. (la commande cd .. fait remonter d’un
niveau).
Si l’on se trouve dans le répertoire “rep4” et que
l’on souhaite aller dans le répertoire “rep1”, on
pourra saisir : cd /rep1 (chemin absolu par rapport
à la racine ) ou bien cd ../../rep1 (chemin relatif).
Quelques généralités
Unix est un système multi-tâches, multi-utilisateur.
C’est un système qui est primitivement orienté “ligne
de commande”, c’est à dire que l’on peut e!ectuer
toutes les manipulations en saisissant du texte cons-
tituant des commandes. Ceci est déroutant pour le
néophyte mais permet d’obtenir beaucoup de puis-
sance.
Quel logiciel choisir pour se connecter au
cluster ?
Plusieurs options sont envisageables et il vous revient
de choisir celle qui vous plaît le plus.
Sous windows, le programme Putty est une excellente
option :
(http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ )
Sous Linux et MacOS, la commande ssh est déjà dis-
ponible dans une fenêtre de terminal.
Connexion au cluster
ssh -X -l <votre_login> genocluster.univ-rennes1.fr
ou
ssh -X <login>@genocluster.univ-rennes1.fr
Une fois connecté, vous accéderez au “prompt” du
cluster et vous pourrez saisir vos commandes et lan-
cer des programmes.
[ocollin@genocluster-data ~]$
L’arborescence et les fichiers sous Unix
Une fois connecté, vous vous retrouvez dans votre
répertoire personnel, également appelé “home direc-
tory”. Vous pouvez organiser ce répertoire à votre
convenance en créant, déplaçant, e!açant des réper-
toires et des fichiers.
Pour créer le répertoire toto vous devrez saisir la
commande :
[ocollin@genocluster-data ~]$ mkdir toto
Pour copier un fichier toto dans un fichier tutu pour
devrez saisir la commande
[ocollin@genocluster-data ~]$ cp toto tutu
Commande
Action
cd
change de répertoire
pwd
a"che le répertoire courant
mkdir
crée un répertoire
rmdir
e!ace le répertoire
ls
a"che la liste des fichiers
cp
copie un fichier
mv
renomme ou déplace un fichier
rm
e!ace un fichier
/
rep1 rep2
rep3 rep4
cd rep1 cd ..
cd ..
cd .