LABORATOIRE NATIONAL DE REFERENCE CHOLERA ET

REPUBLIQUE DU NIGER
Ministère de la Santé Publique
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire
Réseau International des Instituts Pasteur
634 Bd de la Nation, YN034 – BP 10887 Niamey – NIGER
Tel: [phone] – Fax: [phone] -[email protected]g
LABORATOIRE NATIONAL DE REFERENCE
DUCHOLERA ET AUTRES GASTRO-ENTERITES
Année 2011
Rédaction : Mme Fati Sidikou
Avec la collaboration de l’équipe du LNR

Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 2
Rapport réalisé par :
Sidikou Fati3, Sani Ousmane1, Jean- Marc Collard2 Jean-Paul Moulia3- Pelat et Odile
Ouwe Missi Oukem avec :
La collaboration scientifique Saccou Djibo
La collaboration technique de Amadou Moussa1 soussou, Jibir Zanguina1 .
Unité de Bactériologie1, Unité de Biologie2, Unité d’Epidémiologie3
Remerciements
A la Direction de la Surveillance et de la Riposte aux Epidémies de Ministère de la
Santé Publique.
A tous les agents de santé des centres de santé intégrés, des hôpitaux nationaux,
régionaux et de district qui ont activement participé à ce système de surveillance en
envoyant des prélèvements effectués pour leur patients.
Au CNR des Vibrions et du Choléra à l’Institut Pasteur de Paris qui recevait nos
souches bactériennes pour confirmation et analyses complémentaires.
FINANCEMENTS POUR LA SURVEILLANCE
 Ministère de la santé Publique
 Centre de Recherche Médicale et Sanitaire
 Organisation Mondiale de la Santé (OMS)

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SOMMAIRE
LISTE DES ABBREVIATIONS ....................................................................................................... 4
LISTE DES TABLEAUX ET GRAPHIQUES ................................................................................. 5
1. LES ENTERO-PATHOGENES SOUS SURVEILLANCE .................................................... 10
2. OBJECTIFS DU LNR ................................................................................................................. 10
2.1. Objectifs général ................................................................................................................. 10
2.2. Objectifs spécifiques : ........................................................................................................ 10
3. METHODES DE TRAVAIL UTILISEES .................................................................................. 11
3.1. Récolte et acheminement des échantillons de selles ................................................... 11
3.2. Méthodes d’analyse réalisées sur les échantillons de selles ....................................... 11
3.2.1. Méthodes de bactériologie conventionnelle ................................................................ 11
3.2.2. Test de sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme) ............................................... 12
3.2.3. Tests immunologiques (recherche de sérogroupe et du sérotype): ........................ 12
3.2.4. Tests immuno-chromatiques (tests rapides) ............................................................... 12
3.2.5. Assurance Qualité ........................................................................................................... 13
3.2.6. Diffusion des résultats ..................................................................................................... 13
3.2.7. Envoi des souches aux Laboratoires Internationaux de Référence (ou aux
Centres Collaborateurs (CC) OMS .......................................................................................... 14
4. RESULTATS ............................................................................................................................... 14
4.1. Situation des épidémies de choléra au Niger en 2010-2011 ....................................... 14
4.2. Confirmation microbiologique............................................................................................ 15
4.3. Antibiogramme .................................................................................................................... 17
4.3.1. Choléra .............................................................................................................................. 17
4.3.2. Diarrhées sanguinolentes:.............................................................................................. 17
4.4. Envoi des souches au Centre National de Référence ou au Centre Collaborateur
(CC) OMS .................................................................................................................................... 18
4.5. Conservation des souches ................................................................................................ 18
4.6. Missions conjointes (OMS, DSRE, CERMES) ............................................................... 19
RECOMMANDATIONS ................................................................................................................. 20

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LISTE DES ABBREVIATIONS
CERMES : Centre de Recherche Médicale et Sanitaire
CMI: Concentration Minimale Inhibitrice
CNCE : Comité National de Gestion des Epidémies
DRSP : Direction Régionale de la Santé Publique
DSRE : Direction de la Surveillance et de la Riposte aux Epidémies
ENIR : Equipe Nationale d’Intervention Rapide
EQA : Evaluation externe de la Qualité
HNN : Hôpital National de Niamey
I : Intermédiaire
LHD : Laboratoire des Hôpitaux de District
LNR : Laboratoire National de Référence
MPE : Maladie à Potentiel Epidémique
MSP : Ministère de la Santé Publique
OMS : Organisation Mondiale de la Santé
PCR : Polymerase Chain Reaction
R : Résistant
RNL : Réseau National des Laboratoires
RNLSP : Réseau National des Laboratoires de Santé Publique
S : Sensible
SIM/R : Surveillance Intégrée des Maladies et de la Riposte
SNIS : Système National d’Informations Sanitaires
TDR : Test de Diagnostic Rapide
V. cholerae : Vibrio cholerae

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LISTE DES TABLEAUX ET GRAPHIQUES
1. Liste des Tableaux
Tableau I : Morbidité et mortalité liées au choléra, Niger 2002 – 2011
Tableau II : Proportion des coprocultures positives (par suspicion de maladie) des
échantillons de selles réceptionnés au LNR. CERMES 2011
Tableau III : Sensibilités des souches de V.cholerae vis à vis des antibiotiques testés
(LNR). CERMES 2011
Tableau IV : Sensibilités des souches de Shigella spp vis à vis des antibiotiques
testés, (LNR). CERMES 2011
2. Liste des Graphiques
Graphique 1 : Répartition par région des cas de choléra notifiés à la DSRE, Niger
2002-2011
Graphique 2 : Proportion des cas de choléra et diarrhées sanguinolentes confirmés
au laboratoire par rapport aux cas notifiés à la DSRE. Niger 2011.
Graphique 3 : Répartition des entéropathogènes isolés au LNR CERMES 2011
Graphique 4 : Délai moyen de confirmation des épidémies de choléra selon les
régions au Niger de 2010 à 2011.