LABORATOIRE NATIONAL DE REFERENCE CHOLERA ET

REPUBLIQUE DU NIGER
Ministère de la Santé Publique
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire
Réseau International des Instituts Pasteur
634 Bd de la Nation, YN034 – BP 10887 Niamey – NIGER
Tel: (227) 20 75 20 40 – (227) 20 75 20 45 – Fax: (227) 20 75 31 80 [email protected]
LABORATOIRE NATIONAL DE REFERENCE
DUCHOLERA ET AUTRES GASTRO-ENTERITES
Année 2011
Rédaction : Mme Fati Sidikou
Avec la collaboration de l’équipe du LNR
Rapport réalisé par :
Sidikou Fati3, Sani Ousmane1, Jean- Marc Collard2 Jean-Paul Moulia3- Pelat et Odile
Ouwe Missi Oukem avec :
La collaboration scientifique Saccou Djibo
La collaboration technique de Amadou Moussa1 soussou, Jibir Zanguina1 .
Unité de Bactériologie1, Unité de Biologie2, Unité d’Epidémiologie3
Remerciements
A la Direction de la Surveillance et de la Riposte aux Epidémies de Ministère de la
Santé Publique.
A tous les agents de santé des centres de santé intégrés, des hôpitaux nationaux,
régionaux et de district qui ont activement participé à ce système de surveillance en
envoyant des prélèvements effectués pour leur patients.
Au CNR des Vibrions et du Choléra à l’Institut Pasteur de Paris qui recevait nos
souches bactériennes pour confirmation et analyses complémentaires.
FINANCEMENTS POUR LA SURVEILLANCE
 Ministère de la santé Publique
 Centre de Recherche Médicale et Sanitaire
 Organisation Mondiale de la Santé (OMS)
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites.
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SOMMAIRE
LISTE DES ABBREVIATIONS ....................................................................................................... 4
LISTE DES TABLEAUX ET GRAPHIQUES ................................................................................. 5
1. LES ENTERO-PATHOGENES SOUS SURVEILLANCE .................................................... 10
2. OBJECTIFS DU LNR................................................................................................................. 10
2.1. Objectifs général ................................................................................................................. 10
2.2. Objectifs spécifiques : ........................................................................................................ 10
3. METHODES DE TRAVAIL UTILISEES .................................................................................. 11
3.1. Récolte et acheminement des échantillons de selles ................................................... 11
3.2. Méthodes d’analyse réalisées sur les échantillons de selles ....................................... 11
3.2.1. Méthodes de bactériologie conventionnelle ................................................................ 11
3.2.2. Test de sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme) ............................................... 12
3.2.3. Tests immunologiques (recherche de sérogroupe et du sérotype): ........................ 12
3.2.4. Tests immuno-chromatiques (tests rapides) ............................................................... 12
3.2.5. Assurance Qualité ........................................................................................................... 13
3.2.6. Diffusion des résultats..................................................................................................... 13
3.2.7. Envoi des souches aux Laboratoires Internationaux de Référence (ou aux
Centres Collaborateurs (CC) OMS .......................................................................................... 14
4. RESULTATS ............................................................................................................................... 14
4.1. Situation des épidémies de choléra au Niger en 2010-2011 ....................................... 14
4.2. Confirmation microbiologique............................................................................................ 15
4.3. Antibiogramme .................................................................................................................... 17
4.3.1. Choléra .............................................................................................................................. 17
4.3.2. Diarrhées sanguinolentes:.............................................................................................. 17
4.4. Envoi des souches au Centre National de Référence ou au Centre Collaborateur
(CC) OMS .................................................................................................................................... 18
4.5. Conservation des souches ................................................................................................ 18
4.6. Missions conjointes (OMS, DSRE, CERMES) ............................................................... 19
RECOMMANDATIONS ................................................................................................................. 20
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites.
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LISTE DES ABBREVIATIONS
CERMES : Centre de Recherche Médicale et Sanitaire
CMI: Concentration Minimale Inhibitrice
CNCE : Comité National de Gestion des Epidémies
DRSP : Direction Régionale de la Santé Publique
DSRE : Direction de la Surveillance et de la Riposte aux Epidémies
ENIR : Equipe Nationale d’Intervention Rapide
EQA : Evaluation externe de la Qualité
HNN : Hôpital National de Niamey
I:
Intermédiaire
LHD : Laboratoire des Hôpitaux de District
LNR : Laboratoire National de Référence
MPE : Maladie à Potentiel Epidémique
MSP : Ministère de la Santé Publique
OMS : Organisation Mondiale de la Santé
PCR : Polymerase Chain Reaction
R:
Résistant
RNL : Réseau National des Laboratoires
RNLSP : Réseau National des Laboratoires de Santé Publique
S:
Sensible
SIM/R : Surveillance Intégrée des Maladies et de la Riposte
SNIS : Système National d’Informations Sanitaires
TDR : Test de Diagnostic Rapide
V. cholerae : Vibrio cholerae
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites.
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LISTE DES TABLEAUX ET GRAPHIQUES
1. Liste des Tableaux
Tableau I : Morbidité et mortalité liées au choléra, Niger 2002 – 2011
Tableau II : Proportion des coprocultures positives (par suspicion de maladie) des
échantillons de selles réceptionnés au LNR. CERMES 2011
Tableau III : Sensibilités des souches de V.cholerae vis à vis des antibiotiques testés
(LNR). CERMES 2011
Tableau IV : Sensibilités des souches de Shigella spp vis à vis des antibiotiques
testés, (LNR). CERMES 2011
2. Liste des Graphiques
Graphique 1 : Répartition par région des cas de choléra notifiés à la DSRE, Niger
2002-2011
Graphique 2 : Proportion des cas de choléra et diarrhées sanguinolentes confirmés
au laboratoire par rapport aux cas notifiés à la DSRE. Niger 2011.
Graphique 3 : Répartition des entéropathogènes isolés au LNR CERMES 2011
Graphique 4 : Délai moyen de confirmation des épidémies de choléra selon les
régions au Niger de 2010 à 2011.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites.
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HISTORIQUE DE LA CREATION DES LABORATOIRES NATIONAUX
DE REFERENCE ET SITUATION DU CHOLERA AU NIGER DE 20022011
Le bureau Régional de l’Organisation Mondiale de la Santé pour l’Afrique
(OMS/AFRO) a adopté en 1998 la stratégie de Surveillance Intégrée de la Maladie et
de la Riposte (SIMR). Cette stratégie a été mise en place dans plusieurs pays. Le but
de cette stratégie est de renforcer la surveillance épidémiologique et la riposte des
maladies transmissibles, d’intégrer la surveillance avec l’appui du laboratoire et de
transformer l’information issue des données de surveillance et de laboratoire à des
actions spécifiques de santé publique [1].
Le principal rôle du laboratoire dans ce système intégré de surveillance consiste à
confirmer avec certitude et promptitude les cas suspects des maladies, assurer la
suivi de la résistance des bactéries aux antimicrobiens et l’évolution des agents
pathogènes.
Le Niger s’était doté de son Réseau National de Laboratoire (RNL) par arrêté
N°0023/MSP//DPHL en date du 06 Août 1998.
A partir de la date de la création du réseau jusqu’à l’année 2002, l’hôpital National de
Niamey (HNN) en assurait la coordination.
En 2003, la coordination a été attribuée au CERMES, suite à l’avènement de la
biologie Moléculaire (PCR) appliquée au diagnostic étiologique des méningites
bactériennes (qui a permis la surveillance des méningites bactériennes à l’échelle
nationale). Néanmoins certaines activités de surveillance ont continué être menées
par l’HNN.
En 2011, par arrêté N° 249/MSP/ DGSP/PHLMT du 18/08/2011 le RNL devient
RNLSP (Réseau National des Laboratoires de Santé Publique).
Suite à cet arrêté, les laboratoires du CERMES (Biologie, bactériologie et
parasitologie) sont nommés LNR dans le diagnostic et la surveillance des méningites
bactériennes aiguës, du choléra et autres gastro-entérites, de la grippe et de la
résistance aux traitements antipaludiques pour une durée de cinq (05) ans
renouvelables. C’est ainsi que, le laboratoire de bactériologie du CERMES est
désormais LNR du choléra et autres gastro-entérites, rôle qu’il a en réalité joué
depuis 10 ans. Ci-dessous sont reportés les cas et décès liés au choléra durant les
10 dernières années au Niger (période de 2002 à 2011).
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites.
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Tableau I : Morbidité et mortalité liées au choléra, Niger 2002 – 2011[5]
Année
Cas
Décès
Tx létalité (%)
2002
238
13
3,2
2003
289
9
3,1
2004
2287
55
2,4
2005
515
52
10
2006
1233
79
6,4
2007
24
2
8,3
2008
950
70
7,4
2009
0
0
0
2010
1 272
76
5,9
2011
2434
57
2,3
Total
8 853
404
4,5
Les grandes flambées d’épidémies de choléra avaient été observées en 2004 (2287
cas/ 55 décès) et en 2011 (2434 cas/57 décès). Par contre en 2009 aucun cas
n’avait été notifié sur l’ensemble du territoire national.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites.
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INTRODUCTION ET CONTEXTE
Les maladies transmissibles constituent les causes majeures de morbidité et de
mortalité en Afrique sub-saharienne. Les plus courantes sont les maladies
diarrhéiques, le VIH/SIDA, les infections respiratoires aiguës, le paludisme, la
tuberculose et les maladies à potentiel épidémique. Divers facteurs, notamment la
dégradation de l'environnement et des systèmes de santé existants, ont favorisé la
réémergence de maladies autrefois bien maîtrisées.
Parmi ces maladies transmissibles, les gastro-entérites occupent une place
importante dans les pays en développement. Elles sont généralement d’origine
parasitaire (protozoaires), virale (Rotavirus, Adénovirus) ou bactérienne.
Les gastro-entérites d’origine bactérienne sont liées à la consommation d'eau ou de
nourriture contaminée par les bactéries (Escherichia, Salmonella, Vibrio cholerae,
Shigelles etc..).
Au Niger, la promiscuité, l'insuffisance de l'hygiène, l'existence des cours d'eau
permanents et semi permanents alimentées par une saison de pluie qui dure quatre
mois favorisent l’apparition des gastro-entérites (surtout le choléra) souvent tout au
long de l'année. Le choléra est une infection entérique aiguë provoquée par
l’ingestion du bacille Vibrio cholerae. Il est caractérisé par un fort potentiel
épidémique et, reste toujours un défi pour les pays en développement.
Toutes les régions du monde déclarent des cas de choléra. En 2011, 58 pays
avaient notifié 589 854 cas dont 7 816 mortels [3].
Le Niger avait enregistré sa première épidémie de choléra en 1971 (avec
l’avènement de la maladie en Afrique de l’Ouest), elle avait occasionné 9284 cas
dont 2000 décès soit un taux de létalité de 21,5% [SNIS].
Depuis 1996, le choléra sévit à l’état endémique au Niger avec des épidémies
récurrentes rencontrées dans la bande Sud (la plus arrosée) du pays où existent des
cours d’eau permanents ou semi-permanents. Seule la région d’Agadez située en
zone désertique (Nord du pays) est à moindre risque.
En 2010, le nombre de cas suspects de choléra notifié à la DSRE était de 1272 cas
dont 76 décès.
Quand aux autres gastro entériques en l’occurrence les shigelloses et salmonelloses,
elles sont aussi fréquentes, avec des symptômes sévères causés par certaines
espèces. Shigella flexneri est responsable de la forme endémique des diarrhées
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites.
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sanguinolentes et Shigella dysenteriae sérotype I est la cause des épidémies
brutales [4].
L’autre apanage de nos pays, les salmonelloses causées par Salmonella Typhi et
Paratyphi A, B, C dont la prévalence est difficile à évaluer à cause de manque de
demande confirmation [2].
Pour toutes ces maladies diarrhéiques, les antibiotiques couramment utilisés en
pratique, à savoir sulfamides et les pénicillines devenus de plus en plus inactifs. Ce
qui a conduit à une surveillance accrue de la sensibilité des souches aux
antimicrobiens.
Ce rapport reflète les résultats obtenus dans le cadre de la surveillance du choléra et
certaines gastro-entérites, à savoir les diarrhées sanguinolentes en 2011.
Il s’articule en cinq (5) points :
1.
les objectifs du LNR
2.
les méthodes d’analyse utilisées pour la confirmation biologique et les
tests de sensibilité aux antibiotiques
3.
les résultats obtenus en 2011
4.
les insuffisances constatées
5.
les suggestions pour une amélioration de cette surveillance
microbiologique.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites.
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1. LES ENTERO-PATHOGENES SOUS SURVEILLANCE
 V. cholerae
 Shigella dysenteriae type 1
 Salmonella Typhi et Paratyphi
 Escherichia coli entéropathogènes (enfant de moins de 2 ans)
 Escherichia coli O157 et les autres E. coli producteurs de toxines (E. coli
entéro-hémorragiques : ECH ou EHEC..).
Remarques : au LNR, le diagnostic est surtout orienté sur les trois (3) premières
bactéries dont la demande de confirmation est fréquente (surtout le choléra).
2. OBJECTIFS DU LNR
2.1. Objectifs général
 Surveiller la circulation des bactéries responsables des gastro-entérites (V.
cholerae, Shigella dysenteriae type 1 et Salmonella Typhi, Escherichia coli
entéropathogènes et autres) et de leur sensibilité aux antimicrobiens.
2.2. Objectifs spécifiques :
 Confirmer les cas suspects de gastro-entérites à partir des prélèvements de
selles envoyés au laboratoire ;
 Tester la sensibilité des souches isolées aux antimicrobiens ;
 Participer en collaboration avec la DSRE aux investigations d’épidémie dans
les cas de suspicion de choléra et / ou autre gastro-entérite ;
 Envoyer les souches au laboratoire de référence collaborateurs OMS (CNR
des Vibrions et du Choléra à l’Institut Pasteur de Paris) pour confirmation et
analyses complémentaires ;
 Faire le feed-back des résultats des analyses aux autorités, partenaires en
charge de la surveillance des maladies et aux services demandeurs ;
 Conserver des souches des isolats pour des études ultérieures et pour
renforcer la banque nationale de souches de bactéries responsables des
maladies à potentiel épidémique (biothèque) créée au CERMES depuis 2002.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 10
3. METHODES DE TRAVAIL UTILISEES
3.1. Récolte et acheminement des échantillons de selles
Les prélèvements sont réalisés chez les malades qui répondent aux définitions des
cas suivants :

Choléra : tout individu âgé de 5 ans ou plus qui développe une déshydratation
grave ou décède à la suite d’une diarrhée aqueuse aiguë.

Diarrhées sanguinolentes: tout individu atteint de diarrhée et dont les selles
contiennent des traces visibles de sang.
Les selles sont prélevées au niveau des formations sanitaires, puis acheminées au
CERMES par le canal de la DSRE dans des « porte vaccins polio » avec des
accumulateurs de froid. Il faut noter que ces échantillons qui devaient être conservés
et transportés sur milieu Cary Blair arrivent au laboratoire dans des pots ou des
tubes en verre parfois cassables.
Ces échantillons arrivent directement au CERMES sans avoir subi au préalable
aucune analyse préliminaire au niveau des laboratoires de districts.
En cas d’investigation par la DSRE, la récolte des échantillons est assurée par un
technicien de laboratoire du CERMES faisant partie de l’équipe d’investigation.
Remarque : Dans ce rapport le cholera occupera une place importante car c’est la
seule maladie entérique avec évènement en 2011et pour laquelle la demande de
confirmation a été importante. Néanmoins, nous parlerons des shigelloses et
salmonelloses dont quelques rares échantillons sont reçus pour confirmation. Quand
aux diarrhées dues à E. coli, aucune demande de confirmation pour suspicion n’est
parvenue au LNR en 2011.
3.2. Méthodes d’analyse réalisées sur les échantillons de selles
3.2.1. Méthodes de bactériologie conventionnelle

Examens microscopiques (état frais et après coloration de Gram)

Culture (coproculture) :
 En cas de suspicion de choléra : elle est directement réalisée sur le milieu
TCBS (Thiosulfate, Bile, Saccharose) à partir du prélèvement, puis incubée à
37°entre 18 à 24 heures.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 11
 S’agissant d’une diarrhée sanguinolente ou autre : la culture est effectuée sur
Milieu SS (Salmonelle, Shigelle), Hecktoen, Mac Conkey, EMB (Eosine Bleu
de Méthylène).

Identification biochimique : elle est réalisée à partir de colonies suspectes.
3.2.2. Test de sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme)
La méthode utilisée est celle des disques standardisée du CA-SFM édition 2010
(Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie).
Le test est réalisé sur milieu Mueller Hinton quelle que soit la souche isolée.
En cas de résistance constatée à partir des disques d’antibiotique ; la Concentration
Minimale Inhibitrice (CMI) est mesurée par E-test (bandelettes imprégnées d'un
gradient exponentiel continu de l'antibiotique à tester).
Les antibiotiques utilisés appartiennent aux familles des : Pénicillines (ampicilline),
Sulfamides (cotrimoxazole), Phénicols (chloramphénicol), Cyclines (tétracycline et
doxycycline), Macrolides (érythromycine), Céphalosporines (céfalotine) et enfin aux
quinolones (acide nalidixique et ciprofloxacine).
3.2.3. Tests immunologiques (recherche de sérogroupe et du sérotype):
Quelle que soit la bactérie isolée (Vibrion, Salmonella, Shigella ou autre), le test
immunologique est réalisé par agglutination à partir des colonies isolées repiquées
sur milieu Mueller Hinton. Le laboratoire utilise :
 Choléra : les sérums polyvalents de Vibrio cholerae anti O:1 ou anti O:139,
puis des sérums monovalents anti-Ogawa, anti-Inaba et anti-Hikojima pour la
recherche de sérogroupe et de sérotype des souches de V.cholerae isolées ;
 Salmonella: les sérums anti -Vi, anti -O, anti- H pour le diagnostic de
Salmonella Typhi et les sérums anti - A, anti -B et anti -C pour la recherche de
Salmonella Paratyphi A, B et C.
 Shigella dysenteriae : les sérum A1 (pour anti-Shigella dysenteriae 1, 3, 4,
5, 6) et Sérum A2 (pour Shigella dysenteriae 2, 7, 8).
3.2.4. Tests immuno-chromatiques (tests rapides)
Il s’agit de tests de diagnostic rapide à partir de bandelettes (disponibles dans le
commerce), ils permettent de faire un diagnostic de choléra en quelques minutes à
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 12
partir d'échantillons de selles. Ces TDR sont utilisés généralement au cours des
investigations sur le terrain pour une confirmation rapide sur place.
3.2.5. Assurance Qualité

Contrôle de qualité interne
Pour toutes les cultures, des contrôles de qualités (internes et externes) sont réalisés
pour la validation des résultats. Ce contrôle est réalisé avec des souches connues
(référence ou maison);
Le contrôle de qualité des tests de résistance est fait selon les recommandations du
Comité d’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM) ;

Evaluation Externe de la qualité
Le laboratoire est inscrit au programme d’Assurance Externe de la Qualité (EQA) de
microbiologie de l’OMS organisé par «National Institute for Communicable
Diseases » (NICD). Le programme avait débuté en 2002 et à pour but d’évaluer la
capacité des laboratoires à détecter les maladies à potentiel épidémique. Plus
spécifiquement :

les méningites causées par Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae
et Haemophilus influenzae;

les maladies entériques causées par les Salmonelles, les Shigelles, le Vibrion
cholérique et autres bactéries.
Trois évaluations sont programmées par an ; le laboratoire a participé aux trois
Evaluations Externes de qualités (EQA OMS-NICD) programmé pour l’année 2011.
3.2.6. Diffusion des résultats
Les résultats des analyses sont transmis à la DSRE par courrier électronique. Cette
dernière fait le feed-back aux formations sanitaires ayant envoyé des selles.
Cependant, des résultats peuvent être transmis directement à ces formations
sanitaires sur demande.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 13
3.2.7. Envoi des souches aux Laboratoires Internationaux de Référence
et aux Centres Collaborateurs (CC) OMS
A la fin de chaque année épidémique, un nombre variable de souches (isolées
durant l’épidémie) est envoyé au Centre National de Référence des Vibrions et du
Choléra à l’Institut Pasteur de Paris.
4. RESULTATS
4.1. Situation des épidémies de choléra au Niger en 2010-2011
1600
1400
1200
1000
2010
800
2011
600
400
200
0
AGADEZ
DIFFA
DOSSO
MARADI
NIAMEY
TAHOUA TILLABERI
ZINDER
Graphique 1 : Répartition par région des cas de choléra notifiés à la DSRE, Niger
2002-2011 [5]
On note le nombre élevé de cas dans la région de Tillabéri (avec une forte demande
de confirmation d’épidémie), suivi des régions de Maradi et de Niamey en 2011.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 14
4.2. Confirmation microbiologique
Tableau II : Proportion des spécimens analysés par coprocultures (par suspicion de
maladie) au LNR avec les proportions de confirmation. CERMES 2011
Cas notifiés
Spécimens reçus
Confirmés
Choléra
2434
254 (10.4%)
141(55.5%)
Diarrhées
sanguinolentes
665
30 (4.5%)
5 (16.7%)
0
0
0
3099
284 (9.2%)
146 (51.4%)
Maladies suspectées
Autres gastro-entérites
Total
Du 1er janvier au 31 décembre 2011, 3099 cas de gastro-entérites ont été notifiés à
la DSRE. Parmi ces cas, on notait 2434 avec 57 décès (taux de létalité = 2.3% et
665 cas de diarrhée sanguinolente avec 3 décès (taux de létalité=0.4%).
Sur la même période, un total de 284 (soit 12% des cas) prélèvements de selles
avait été réceptionné et analysé au LNR dont 254 pour confirmation de choléra et 30
pour confirmation de diarrhée sanguinolente. Pour le choléra, on a noté un taux de
demande de confirmation de 10,4% ; ceci s’explique du fait que les prélèvements ont
été réalisés sur les échantillons prélevés chez les premiers cas, puis sur quelques
cas en milieu d’épidémie (pour contrôler s’il n’y a pas eu de modification de profil de
la souche isolée en début d’épidémie) et en fin d’épidémie (pour déclarer la fin de
l’épidémie).
Concernant les diarrhées sanguinolentes, le taux de demande de confirmation a été
de 4.5%.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 15
4
1
V.cholerae
141
Sigella spp
Salmonella Typi
Graphique 2 : Répartition des entéropathogènes isolées au LNR, CERMES 2011
On note 141 souches de V. cholerae contre 4 souches de Shigella spp et une
souche de Salmonella Typhi.
Toutes les souches de V. cholerae isolées en 2011 étaient du groupe O1 et de
sérotype Ogawa.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 16
4.3. Antibiogramme
4.3.1. Choléra
La sensibilité de9 souches a été testée aux antimicrobiens (cf tableau III).
Tableau III : Sensibilité des souches de V.cholerae (N=9) vis à vis des antibiotiques
testés au LNR.CERMES 2011
Antibiotiques testés
Résultats Antibiogramme
(Souches 1-9)
Cotrimoxazole
R
Chloramphénicol
R
Ampicilline
R
Tétracycline
S
Doxycycline
S
Erythromycine
S
Céfalotine
S
Acide Nalidixique
R
Ciprofloxacine
S
On remarque qu’en 2011, toutes les souches de V.cholerae avaient le même profil
de sensibilité avec une résistance au Cotrimoxazole, au Chloramphénicol, à
l’Ampicilline et à l’Acide Nalidixique.
4.3.2. Diarrhées sanguinolentes:
Les 4 souches de Shigella spp ont été testées vis à vis des antimicrobiens (tableau
IV). La souche de Salmonella Typhi n’a pas subi d’antibiogramme.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 17
Tableau IV : Sensibilité des souches de Shigella spp vis à vis des antibiotiques
testés au LNR. CERMES 2011.
Résultats Antibiogramme
Antibiotiques testés
Souche 1
Souche 2
Souche 3
Souche 4
Acide Nalidixique
S
S
S
S
SXT
(Sulfamethaxazole)
S
R
S
R
Ampicilline
R
R
S
R
Augmentin
I
non testé
S
non testé
Ceftriaxone
S
S
S
S
Ciprofloxacine
S
S
S
S
Tétracycline
R
R
R
R
On note une variabilité dans le profil de sensibilité des souches aux antibiotiques.
4.4. Envoi des souches au Centre National de Référence ou au
Centre Collaborateur (CC) OMS
En 2011, aucune souche de Vibrio cholerae n’a été envoyée au CNR vibrion pour
confirmation et analyses complémentaires pour insuffisance de moyen financier.
4.5. Conservation des souches
En 2011, les 2/3 des souches de V.cholerae et les 5 souches de Shigelle et
Salmonelle ont été conservées à -80°C.
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4.6. Missions conjointes (OMS, DSRE, CERMES)
Le LNR a participé :
o aux investigations dans les cas de suspicion de choléra et/ou autre gastroentérite en tant que membre de l’Equipe Nationale d’Intervention Rapide
(ENIR);
o à toutes les supervisions SIM/R organisées par la DSRE dans les régions et
districts au titre de l’année 2011;
o aux réunions hebdomadaires du Comité National de Gestion des Épidémies
(CNGE) pour le suivi des tendances évolutives.
CONCLUSION
En 2011, le LNR a joué un rôle important dans la confirmation et la détection précoce
des flambées de choléra déclarées sur l’ensemble du pays. Vibrio cholerae
sérogroupe O1 Ogawa a été la seule souche isolée dans tous les spécimens
analysés au laboratoire.
INSUFFISANCES
Malgré sa performance, le laboratoire a été confronté à des difficultés susceptibles
de limiter la réalisation de certaines analyses. Il s’agit de :

Manque de budget spécifique pour le fonctionnement des différents LNR,
empêchant ainsi le renouvellement du stock des consommables (réactifs,
milieux déshydratés pour la culture, antisérums…)

Non pré-positionnement et/ou insuffisance de milieu de transport pour
l’acheminement des selles du niveau périphérique vers le LNR,

Envoi direct des spécimens LNR sans analyse préliminaire au niveau des
laboratoires de district,

délai d’acheminement plus ou moins long des échantillons de selles de la
périphérie vers LNR (cf. graphique n°4 ci-dessous).
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 19
Zinder
5
Régions
Tillaberi
2
Tahoua
3
Niamey
1
Delai moyen
Maradi
5
Dosso
4
Diffa
6
0
5
10
Jours
Graphique 4 : Délai moyen de confirmation des épidémies de choléra selon les
régions, Niger 2010-2011 [5].
Le délai moyen de confirmation d’une épidémie de choléra est de 6 jours pour la
région de Diffa et 2 jours pour la région de Tillabéri qui est à 140 Km du LNR.
RECOMMANDATIONS
Au vue de toutes ces insuffisances, il revient au Ministère de la Santé Publique de :
 Mettre à la disposition des laboratoires (LNR et LHD) les moyens nécessaires
spécifiques à chaque niveau pour une confirmation qualitative et précoce des
épidémies,
 programmer des activités de formation/recyclage à l’intention des techniciens
des laboratoires des districts pour la réalisation des analyses préliminaires sur
les échantillons afin de donner l’alerte des MPE le plus précocement possible,
d’une part et d’autre part pour soulager le LNR en ciblant les spécimens à
envoyer pour confirmation.
Centre de Recherche Médicale et Sanitaire_ LNR : Rapport 2011_choléra &gastro-entérites. Page 20
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
1. GUIDE pour le Réseau National des Laboratoires Nationaux de Santé
Publique pour renforcer la Surveillance Intégrée de la Maladie et la Riposte
SIMR).Version 1 septembre 2008.
2. Dosso M. et al : Place des diarrhées bactériennes dans les pays en
développement. Service des maladies infectieuses CHU de Treichville,
Abidjan, Côte d’Ivoire. Manuscrit n°PF02. Journée en hommage au
Professeur A. DODIN.2002.
3. OMS : Relevés épidémiologique hebdomadaire No. 31, 2010, 85, 293–308 du
30 juillet 2010.
4. Rapport CNR V.cholerae et choléra 2008.
5. Sidikou Fati : Caractérisation des souches de V.cholerae isolées dans les
épidémies de cholera au Niger, de 2002 à 2011(Mémoire de fin d’étude
FELTP), février 2012.
Des parties du texte peuvent être citées avec référence au rapport.
Citation suggérée : Rapport de la Surveillance Microbiologique du choléra et autres gastro-entérites
au Niger – CERMES 2011.
Les demandes de copies peuvent être adressées au CERMES
634, Boulevard de la Nation
B.P. 10887 Niamey - NIGER
Tél : +227 20 75 20 40
FAX : +227 20 75 31 80
Le rapport est aussi disponible en format pdf à l’adresse http://www.cermes.net/
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