Source de données en épidémiologie

Outils méthodologiques et astuces
pour la thèse de médecine
Les sources de données
Dr Emmanuel Chirpaz, DIM, CHU-FG
Multiples et diverses
>> finalité
>> structure
>> nature
>> ….
Dans ce cadre, se présentent 2 situations
(et surtout beaucoup plus….)
la moins favorable : rien
….
la plus favorable : tout
Si y’a tout, c’est à dire rien à faire
en fait, reste encore beaucoup à faire:
> adéquation des données / objectifs
> qualité des données
…
On ne peut de toutes façons pas traiter
des données sans les connaitre !!!
En fait, en pratique…..
Si l’on met à part les recueils ad-hoc, 3 grandes
caractéristiques des bases de données « à
disposition » dont il faut tenir compte:
>> Bases de données «institutionnalisées», avec
recueil standardisé/obligatoires… ou non
>> Bases de données donnant l’accès à des données
nominatives….ou non
>> Bases de données à objectif
épidémiologique….ou non
Bases de données « institutionnelles »
Multiples et variées:
– maladies à déclaration obligatoire
– causes de décès
– réseaux sentinelles
– registres de population
– réseaux régionaux soins
– Données de la CNAMTS
– PMSI
–…
Bases de données issues de la
recherche épidémiologique
• Etudes de cohorte
• Données nationales ou internationales
provenant d’études cliniques
• …. Et puis les autres
à l’hôpital
• Le dossier patient
• Les « fichiers excels de service »
• Le PMSI
Le dossier patient
• Source de recueil de données ++
• Mais avec son informatisation, c’est aussi une
source de « recensement de patients »
– Dossiers de spécialité Services
– Examens de laboratoire
Les « fichiers excels de service »
• Recueils « organisés » sur une problématique par
un/des praticiens
• Théoriquement la situation la plus confortable
(recueil et saisie réalisés sur un/des objectifs
précis)
• Mais attention à la qualité, l’exhaustivité des
données, leur adéquation à l’objectif de l’étude
+++
Le PMSI
= Programme de Médicalisation des Systèmes
d’Information
= Source de données majeure pour
« l’épidémiologie hospitalière »
Le PMSI
• Avantages:
– Exhaustivité: concerne toutes les hospitalisation
dans tous les établissements
– Recueil de données standardisé (pathologies,
actes, IGS2, PDN, SA, …), national
– Informatisé, avec données depuis début des
années 1990 (1991 au CHFG)
Le PMSI
• Limites:
– Outil à objectif « médico-économique » et non
épidémiologique
– Investissement des médecins (qualité du codage)
– Ne concerne pas l’activité externe
PMSI: informations accessibles
> Données administratives:
DMS, Code postal de résidence,….
> Données démographiques:
Age, sexe
> Motifs de prise en charge:
- Codés en CIM X (pas forcément précision voulue)
- Règles de hiérarchisation de l’information (DP, DS..)
- Pathologies ou motifs de recours, conditions socioéconomiques, causes externes de morbidité….
PMSI: informations accessibles
> Données des prestations réalisées:
- Actes médico-techniques (diagnostiques ou
thérapeutiques) réalisés pendant le séjour
- Codés en CCAM
> Données complémentaires:
-IGS2 en réanimation et soins Continus
-Poids à l’entrée en néonatologie
-SA à la maternité
La pratique épidémiologique du PMSI
En tenant compte des limites précitées:
Utilisable en épidémiologie descriptive pour l’activité
d’hospitalisation:
> RUN: on l’utilise pour décrire l’activité en cancérologie pour
la région (part hospitalière)
> Au niveau National: va être utilisé pour déterminer les taux
de mortinatalité et de mortalité périnatale (plus
calculables par l’état civile depuis 2008 et obligatoire pour
les état de la communauté Européenne)
– Utilisable pour la surveillance épidémiologique ciblée
– Moyen de « recensement » de dossiers a aller décortiquer
ensuite (+++)
La pratique épidémiologique du PMSI
En tenant compte des limites précitées:
Utilisable pour la surveillance épidémiologique
ciblée:
> RUN: utilisé en 2006 pour la surveillance de
l’épidémie du Chik
> PMSI urgences utilisé dans le cadre du réseau
OSCOUR (leptospirose,…..)
La pratique épidémiologique du PMSI
En tenant compte des limites précitées:
Moyen de « recensement » de dossiers a aller
décortiquer ensuite (+++):
> Demande de liste de patients ayant été
hospitalisés dans le service X pendant la période Y
pour la prise en charge de la pathologie Z
La pratique épidémiologique du PMSI
– En tenant compte des limites précitées:
Utilisable pour la surveillance épidémiologique
ciblée