Centre de Recherche en Statistique et Informatique Médicale (CERIM)

Lille, le 25 Janvier 2010
Centre de Recherche en Statistique et Informatique Médicale (CERIM)
Unité de Biostatistique
CHRU Lille et Université de Lille 2
Contact : Jean-Baptiste Beuscart ([email protected])
Alain Duhamel ([email protected])
SUJET DE STAGE
Titre : Application des modèles multi-états aux analyses de survie en dialyse.
Description :
L’insuffisance rénale chronique est une maladie mortelle à court terme en l’absence de
traitement. Celui-ci fait appel à la dialyse ou à la transplantation rénale. Il existe deux modalités
de dialyse : la dialyse péritonéale et l’hémodialyse. Au cours du traitement par dialyse
péritonéale, trois évènements peuvent donc mettre fin au traitement : le décès du patient, le
transfert en hémodialyse, et la transplantation rénale. Si nous nous intéressons à la probabilité de
décès en dialyse péritonéale, nous sommes donc confrontés à un problème méthodologique : le
transfert en hémodialyse et la transplantation rénale empêchent l’observation du décès en dialyse
péritonéale et, de manière générale, modifient la probabilité de décès du patient. Dans les
analyses de survie, cette problématique correspond aux Risques Concurrents. Le problème se
pose dans les mêmes termes en cas de traitement initial par hémodialyse.
En présence de risques concurrents, les estimateurs et les modèles de régression classiquement
utilisés dans les analyses de survie sont souvent biaisés. Il convient donc de faire appel à une
méthodologie spécifique dont le cadre général est celui des modèles multi-états. Ces modèles
prennent en compte les états intermédiaires observés avant d’atteindre l’état absorbant final (le
décès) en faisant appel à un modèle de Markov. L’intensité de transition d’un état à un autre est
souvent modélisée de manière semi-paramétrique.
Les objectifs du stage sont :
-
le développement d’un script R qui implémente les modèles multi-états dans le cadre
de la dialyse (scripts déjà développés dans d’autres domaines)
-
applications à l’analyse statistique d’une base de données nationale de plus de 10000
patients traités par dialyse et greffe rénale (registre REIN, Agence de la Biomédecine
www.agence-biomedecine.fr/professionnels/le-programme-rein.html)
-
comparaison des estimations obtenues par l’utilisation de la méthode des modèles
multi-états par rapport aux méthodes classiques (modèle de Cox, Kaplan-Meier)
Environnement informatique : Windows/Linux, R, SAS.
Lieu et durée du stage : CERIM (CHRU Lille) – 2 à 4 mois – Rémunéré.
Encadrants :
Alain Duhamel ([email protected])
Jean-Baptiste Beuscart ([email protected])