Formation Unix pour les Biologistes

Introduction à BioPython et à la Programmation Web
Responsable
[email protected]
01 64 85 35 55
Intervenants : Claudine Devauchelle MCU UEVE
Franck Samson IR INRA
Objectifs de l’enseignement :
L’enseignement proposé vise à montrer les possibilités de BioPython pour analyser les
fichiers produits par la biologie à large échelle, ainsi que quelques notions de programmation
Web pour la mise à disposition du plus grand nombre des résultats produits par les études
génomiques ou autre. Cet enseignement laissera une large part aux exercices pratiques en
illustration du cours (avec manipulation de fichiers de données génomiques : séquences,
annotations, sorties blast …).
Dates : du 21 au 25 mai 2012.
Programme :
- Un petit tour d'horizon : BioPython pour quoi faire ?
- Les objets Sequences ou comment BioPython traite des séquences : traduction,
transcription, séquence reverse complémentaire...
- Les objets Sequences Record pour jouer avec les fichiers de séquences biologiques.
- Comment lancer BLAST automatiquement et récupérer l'information intéressante dans
les résultats retournés.
- Mettre en place une interface Web. Les notions de HTML, CSS et Javascript seront
abordées, pour plus de convivialité de vos pages.
- Programmation d'une interface web en python (pages dynamiques)
- Comment interfacer une base de données au web en utilisant python (consultation du
contenu, modification et insertion de nouvelles données dans la base au travers du
web)
Bibliographie :
 Biopython Tutorial et Cookbook :
http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html