Acquisition d`un microscope pour la réalisation d`expériences

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Eléments de justification en préparation d'une acquisition
d'équipement
Acquisition d’un microscope pour la réalisation d’expériences d’imagerie par
spectrométrie de masse histo-guidée:
Descriptif du besoin :
La Plate-forme Protéomique OUEST-genopole® est une plate-forme labellisée IBiSA
et a pour objectif de mettre à disposition son savoir-faire en protéomique. Elle offre un large
éventail de prestations d’analyse protéomique et est équipée des instruments les plus
modernes pour l’identification et la quantification des protéines à partir d’échantillons
biologiques. Au cours de l’année 2008, la plate-forme a ajouté la technologie d’Imagerie par
Spectrométrie de Masse (IMS) à ses compétences grâce à la mise à jour complète de son
spectromètre de masse AutoFlex (Bruker Daltonics) de type MALDI-TOF et à l’acquisition
d’un cryostat (RC3050S, Leica), d’un robot de micro-dépôt piézo-électrique (Chip-1000,
Shimadzu Biotech) et du logiciel FlexImaging (Bruker Daltonics) pour l’acquisition
automatique des images par spectrométrie de masse. L’IMS est une nouvelle technique qui
permet de localiser simultanément plusieurs composés biologiques d’intérêt (protéines,
peptides, métabolites ou petites molécules), directement sur une coupe de tissu.
La première étape d’une expérience d’IMS consiste à réaliser des coupes de tissus
congelés de 8 à 12 μm d’épaisseur à l’aide d’un cryostat. Ces coupes sont ensuite déposées
sur une lame de verre conductrice spécialement conçue pour l’IMS, puis lavées selon un
protocole adapté au type de composés biologiques à étudier. Une matrice nécessaire au
processus d’analyse par spectrométrie de masse est déposée sur les coupes de tissu de
manière automatisée. Deux techniques de dépôt de matrice qui conduisent à deux
applications différentes et complémentaires de l’IMS appelées « imaging » et « profiling »
sont réalisables sur la plate-forme. Pour les expériences de type « profiling », la matrice est
déposée par le robot Chip-1000 sous forme de microgouttes sur des zones spécifiques de la
coupe de tissu et précisément déterminées par l’opérateur. La lame est finalement introduite
dans la chambre d’ionisation sous vide du spectromètre de masse. Un faisceau laser UV
irradie l’échantillon durant quelques secondes définissant ainsi une zone ablatée, appelée «
spot ». Un spectre de masse affichant le rapport masse/charge des espèces ionisées est
ainsi enregistré. Lors d’une expérience de type « imaging », l’expérience est répétée à des
pas réguliers sur la coupe. Chaque spot correspond à un pixel de l’image et la distance entre
chaque spot, de l’ordre de 50 μm, à la résolution spatiale. Une fois la totalité de la zone
d’analyse irradiée, le logiciel de retraitement FlexImaging permet de sélectionner différentes
gammes de masse et de reconstituer, pour chacun des signaux sélectionnés, une carte de
densité ionique (ou image) permettant de visualiser leur localisation sur la coupe. L’approche
« profiling » permet de détecter très rapidement un grand nombre de composés car l’analyse
est limitée à quelques zones d’intérêt de la coupe.
L’IMS a rapidement pris un essor important et ouvre de nouvelles perspectives
intéressantes pour de nombreux sujets de recherche, l’exploration fonctionnelle, la
compréhension du fonctionnement de maladies et le domaine pharmaceutique. L’IMS donne
notamment l’opportunité de corréler la distribution spatiale des composés avec des images
optiques annotées par des anatomopathologistes et de pouvoir ainsi mettre en évidence des
protéines spécifiques d’une zone malade qui pourraient aider à la classification ou au
pronostique d’une maladie. Cette nouvelle application, appelée IMS histo-guidée, connaît un
engouement important depuis les deux dernières années.

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Dans le but de développer l’IMS histo-guidée, la plate-forme souhaite acquérir un
microscope permettant d’obtenir des images de coupes non-colorées (destinées à l’IMS) ou
colorées (destinées à l’analyse histologique) de qualité adaptée à l’anatomopathologie avec
des grossissements allant de 2X à 20X. Le logiciel FlexImaging utilisé par notre équipe
nécessite de travailler avec des images issues de coupes entières. Le système de
microscopie devra donc impérativement permettre la reconstruction d’images de coupes
entières à partir de mosaïques d’images, ce qui implique de disposer d’une platine motorisée
en axes X et Y. Des outils d’annotation des images sont indispensables pour guider l’analyse
par IMS. Les images acquises doivent notamment pouvoir être enregistrées avec les
annotations apparentes au format TIFF de manière à pouvoir être utilisées par FlexImaging.
Il sera ainsi possible de corréler les signaux obtenus en IMS avec les zones d’intérêts
annotées sur l’image optique et de limiter l’analyse aux zones annotées.
Dans le cadre d’expériences d’IMS de type « profiling », il sera très utile de pouvoir
placer les microdépôts de matrice sur les coupes aux coordonnées définies sur l’image
optique. Les coordonnées des zones d’intérêt (définies dans un fichier type Excel) seront
utilisées par le robot Chip-1000 pour déposer la matrice sur la coupe de tissu
correspondante.
Enfin, en raison des projets très différents qui seront gérés par la plate-forme, il serait
très apprécié de pourvoir disposer d’outils permettant de tracer les images acquises (par
projet, par client, par type de tissu etc.) et de pouvoir faciliter la rédaction des rapports
d’analyse.
Caractéristiques techniques du besoin :
Le système dont nous disposerons devra comporter les éléments suivants :
- Microscope trinoculaire en lumière transmise
- Caméra Couleur 1,45 Mpixels refroidie, avec adaptation vidéo 1X.
- Oculaire avec un indice de champ de 22 au minimum
- Objectifs de différents grossissements :
o Objectif 2X ou 2,5 X plan
o Objectif 4X ou 5X qualité Fluorite (ou équivalent)
o Objectif 10x qualité Fluorite (ou équivalent)
o Objectif 20x qualité Fluorite (ou équivalent)
- Platine motorisée en axes X et Y
- PC de configuration adaptée
- Logiciels permettant :
o l’acquisition des images
o l’annotation des images
o le pilotage de la platine motorisée pour réaliser des mosaïques d’images de
manière automatisée
o le partage de l’image avec un correspondant extérieur via « Internet Explorer » ou
un système équivalent
o la traçabilité des images acquises (archivage dans une base de données)
o l’édition de rapports pré-formatés compatibles avec Word (ou équivalent)

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Adresse où l’on peut retirer le dossier :
Mme Annabel Le Lidec
Juriste et Responsable des Achats
INSERM ADR Grand Ouest
63 quai Magellan 3eme étage Hall B
BP 32116
44021 NANTES Cedex 1
Tel : [phone]
Fax : [phone]
Date limite : (15 jours à compter de la date de publication)
Critères de sélection :
- Caractéristiques techniques
- Prix
- Délai de livraison
- Frais de livraison et de mise en service
Délai de validité des offres :
Contact :
Mélanie LAGARRIGUE-REBOUTIER
Ingénieur Spectrométrie de Masse
Plate-forme protéomique OUEST-genopole®
Inserm U625
Bâtiment 24 - 4e étage
Campus de Beaulieu
35042 Rennes cedex France
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Email : [email protected]