Séquençage de novo du génome d`Ostrinia scapulalis par

TEXTE DE LA PUBLICITE
Titre :
Séquençage de novo du génome d’Ostrinia scapulalis par technique haut-débit – pour le CBGP
Objet détaillé :
Séquençage de novo du génome d’Ostrinia scapulalis (Lepidoptera) par technique haut-débit – UMR CBGP du centre
de Montpellier
Unité administrative :
UMR 1062 CBGP
Code référentiel inter EPST :
52 GAZ POUR LA CHIMIE, LA BIOCHIMIE, LA BIOLOGIE ET SERVICES CONNEXES
Caractéristiques du besoin (description, lieu d’exécution, durée, volume, etc.) :
L'UMR CBGP du centre Inra de Montpellier souhaite, dans le cadre de ses recherches, faire effectuer des
prestations de séquençages haut débit de novo du génome d’une espèce de pyrale (Ostrinia scapulalis,
Lepidoptera).
Le séquençage du génome total d’un individu hétérozygote d’Ostrinia scapulalis sera réalisé par a) séquençage
Illumina pour une couverture minimale de 120X sur deux banques génomiques, l’une de type shotgun de 300bp et
l’autre de type ‘mate pairs’ de longueur ≥ 3kb ; et b) séquençage pour une couverture ≥ 1X de type SMRT par
‘strobe sequencing’ ou de type 454 sur banque ‘mate-paired’ de 3kb (minimum). L’analyse informatique sera
réalisée par le prestataire et comprendra le nettoyage qualité, l’assemblage des données Illumina et le scaffolding
des contigs obtenus par le mapping des données SMRT ou 454.
La description des prestations et les détails techniques sont indiqués dans le cahier des charges.
Montant :
Minimum 30 000 € HT,
Maximum 35 000 € HT.
Le marché sera conclu pour une durée maximum de 1an.
Conditions de participation :
Critères de sélection des candidatures : références identiques : prestations de même type.
Capacité économique et financière - références requises : références équivalentes en volume de chiffre d'affaires
dans le secteur public ou privé.
En matière de fournitures et services, une description de l'équipement technique, des mesures employées par le
prestataire pour s'assurer de la qualité et des moyens d'étude et de recherche de son entreprise.
Justifications à produire quant aux qualités et capacités du candidat :
- DC1 (lettre de candidature),
- DC 2 (Déclaration du candidat),
- Copie du ou des jugements prononcés, si le candidat est en redressement judiciaire.
Les candidatures et les offres seront entièrement rédigées en langue française ou anglaise.
Unité monétaire utilisée : l’euro, la livre sterling ou l’US dollar.
Le candidat devra produire à l’appui de son offre :
- la présentation de l’organisation spécifique qui sera mise en place pour assurer la gestion administrative et la
réalisation technique des prestations (moyens humains et techniques) ;
- les prix unitaires (ces prix tiendront compte de la prise en charge des échantillons par le prestataire) ;
- les délais de prise en charge des échantillons après réception et les délais d’exécution ;
- et tous les documents que le candidat jugera utile à la compréhension de son offre.
Lieu de livraison : INRA - UMR1062 CBGP - Campus International de Baillarguet, CS30016, F-34988 Montferrier-
sur-Lez cedex, France
Date souhaitée pour la livraison : novembre-décembre 2011
Négociation : NON
Adresse où l’on peut retirer un dossier (le cas échéant) :

Le cahier des charges, le texte de la publicité, la lettre de candidature (DC1) et la déclaration du candidat (DC2) - à
remplir et à joindre à l’offre - sont joints à la présente.
Remise des candidatures/offres (à préciser) et date limite de remise :
L'adresse où doivent parvenir les offres est la suivante :
INRA Baillarguet – Réjane Streiff - Campus International de Baillarguet, CS30016, F-34988 Montferrier-sur-Lez
cedex, France
Date limite de remise des offres : 02 septembre 2011 avant 16 H 00.
Critères de sélection :
-Valeur technique 60% - note sur 20
-Prix 20% - note sur 20
-Délai de livraison 20% - note sur 20
Contact principal :
D’ordre technique : STREIFF Réjane - Tél : [phone] – Fax : [phone] – Courriel :
[e-mail]
Autre contact (nom, prénom, adresse, tel, fax, courriel) :
D’ordre administratif : Annie DEMICHEL – Tél : [phone] – Fax : [phone] – Courriel : marches-
[email protected].fr