Titre : Conséquences écologiques et évolutives des changements globaux sur les interactions hôtes-parasites. Directeurs de recherche : Géraldine LOOT ([email protected]; http://geraldine.loot.free.fr/) et Simon BLANCHET ([email protected]; http://simon.blanchet1.free.fr/) Ecole doctorale : SEVAB (ED 458) Unité de recherche : Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB) – Groupe GECCO – UMR UPS-CNRS 5174, 118 route de Narbonne 31062 Toulouse. Les applications :CV détaillé, adresses de deux personnes référents, lettre synthétisant les travaux de recherche (une page max) et une lettre de motivation (une page max) sont à rendre avant le 30 avril auprès de Géraldine Loot ([email protected]) et Simon Blanchet ([email protected]). Description du projet : Les parasites jouent un rôle essentiel dans la régulation des populations hôtes (Torchin et al. 2003). Il est désormais admis qu’ils permettent le maintien et l’évolution de la biodiversité (Hudson et al. 2006). Une des préoccupations majeures des parasitologues est de savoir comment ces relations hôte-parasite vont évoluer face aux changements globaux (Lebarbenchon et al. 2008). Ces changements se produisent de manière imprévisible et peuvent affecter la dynamique et l’évolution des systèmes hôtes-parasites. Il est donc crucial de comprendre l’écologie des parasites à large échelle spatiale afin de prédire les conséquences des changements globaux sur leur dynamique (Guernier et al. 2004). La répartition spatiale des pathogènes dépend des conditions environnementales du milieu, de la disponibilité en hôte (Hudson et al. 1999) et de la dispersion de l’hôte (Criscione & Blouin 2004). Les modifications environnementales pressenties suite au changement climatique pourraient donc modifier significativement la répartition spatiale des parasites (Cattadori et al. 2005, Olsfeld et al. 2005) et ainsi être à l’origine de nouvelles pressions de sélection. Le modèle d’étude qui sera utilisé est le parasite copépode Tracheliastes polycolpus et son hôte la vandoise rostrée (Leuciscus leuciscus burdigalensis). Cet ectoparasite est hautement pathogène pour les populations de vandoises. T. polycolpus est un ectoparasite qui vit sur les nageoires du poisson, se nourrit de mucus et de cellules épithéliales provoquant ainsi des lésions inflammatoires et la dégradation partielle ou totale des nageoires (Loot et al. 2004, Blanchet et al. 2009a, 2009b). Dans la première partie de la thèse, le candidat étudiera l’importance relative des variables environnementales abiotiques et des variables liées à l’hôte sur la répartition spatiale du parasite T. polycolpus à l’échelle nationale. Il s’agira de décrire les patrons actuels de distribution des parasites en prenant en compte la structure hiérarchique de l’échantillonnage (McMahon & Diez 2007). Le candidat réalisera pour ce faire un suivi épidémiologique de ce parasite à l’échelle nationale en collaboration avec l’Office National de l'Eau et des Milieux Aquatiques (ONEMA). Dans la deuxième partie de la thèse, il s’agira de construire des modèles statistiques afin de prédire la distribution de ce pathogène sous divers scénarios de changement climatique (Buisson et al. 2008). La modélisation de la niche écologique de la vandoise permettra, dans un premier temps, de prédire la distribution de cette espèce hôte sous différents scénarios de changement climatique. Dans un second temps, les scénarios de changement climatique et les modifications d’abondance de l’hôte projetées lors de la première étape permettront alors d’appréhender les impacts du réchauffement planétaire sur la modification de l’aire de répartition du parasite. Dans la troisième partie de la thèse, le candidat établira une comparaison entre la structure génétique du parasite T. polycolpus et la structure génétique de la vandoise à l’échelle régionale. La comparaison de ces deux structures génétiques permettra d’examiner les flux de gènes entre les individus donc les capacités de dispersion des parasites en fonction de la dispersion de l’hôte (Banks et al. 2006). Des marqueurs microsatellites seront utilisés (McCoy et al. 2005). Ce type d’approche permettra de discuter des possibilités d’adaptations locales (Gandon & Michalakis 2002) et donc d’en déduire le potentiel évolutif de cette interaction face aux actuels changements globaux (Criscione et al. 2005). Des expériences complémentaires visant à (i) déterminer les effets pathogènes de ce parasite sous diverses conditions environnementales (expériences en laboratoires) et (ii) évaluer les relations entre diversité génétique (CMH, microsatellites) et la résistance à ce parasite pourront également être considérés dans le cadre de cette thèse. (N.B. : les références citées ci-dessus sont disponibles sur demande) Connaissances et compétences requises : Ce travail de thèse requiert des compétences en traitement de données, analyses statistiques, et utilisation de logiciel statistiques (R, SAS…). Les candidats ayant une expérience dans les techniques de biologie moléculaire (PCR, génotypage, séquençage) seront particulièrement appréciés. Durée : 2 ans renouvelable à partir du 1ier Octobre 2009 Montant de la rémunération : 1757 Euros brut mensuel