Le développement d`un médicament est un processus où toutes les

Caractérisation in silico des interactions substrats – cytochrome 3A4
Lorsqu’un médicament est administré dans un organisme, des enzymes interviennent pour
éliminer ce xénobiotique, en particulier au niveau du foie. Ce sont les cytochromes P450, et
principalement le Cyp 3A4 chez l’homme, qui sont responsables de l’élimination des
médicaments et par là même impliqués dans les phénomènes d’interactions médicamenteuses.
La connaissance des sites d’interaction entre le 3A4 et les médicaments potentiels est
important à la fois pour caractériser la reconnaissance enzymes-substrats, les différents
phénomènes d’inhibition et ainsi analyser les risques d’interactions médicamenteuses.
Cette approche peut être menée au niveau moléculaire par une approche combinée soit à partir
du 3A4 (structure based, sur les structures de la protéine disponibles dans la PBD) soit à partir
de ses substrats (ligands based). L’application FLAP permet ces deux stratégies.
Cette approche devrait permettre de disposer d’une procédure permettant :
-
d’analyser et caractériser les différents sites d’interaction des drugs avec le 3A4
-
de caractériser le comportement des composés (substrats, inhibiteurs)
-
d’être utilisé en criblage virtuel afin de trouver des composés interagissant moins
avec le 3A4
Ce sujet demande une bonne connaissance en modélisation moléculaire afin de permettre de
faire le lien entre une approche basée sur la description de la protéine (cyp3A4) et/ou celle de
ses substrats. Le candidat devra être familiarisé avec les techniques de chemoinfomatique et
au moins un langage de script (java, perl, python).