2. Diagnostic virologique - Cours de DCEM1 2010/2011 à Amiens

Virologie.
Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011.
VIRUS ENTERIQUES
I. Picornaviridae
1. Fiche signalétique
- Pico : petit, RNA, viridae : virus. Famille des petits virus à ARN.
- Genres :
o Enterovirus.
o Rhinovirus.
o Hepatovirus.
o Parechovirus.
- Acide nucélique : ARN monocaténaire linéaire non segmenté polarité +.
- Capside icosaédrique (32 capsomères).
- Non enveloppé (car doivent résister à l’acidité du tube digestif).
- Diamètre du virion : 27nm.
- Schema d’un entérovirus :
o Capside icosédrique.
o Protéines disposées à la surface externe de la capside : VP1, VP2 et VP3.
o ARN situé au centre.
- Génome :
o Protéines de structure (VP1, VP2 et VP3).
o Protéines non structurale qui servent à la réplication du virus (polymérase virale).
Genre
Espèce
Nombre de sérotypes
Habitat
Entérovirus
Poliovirus
Coxsackievirus A
Coxsackievirus B
Echovirus
Entérovirus 69-71
3
24
6
34
4
SNC
Tractus digestif
SNC
Hépatovirus
Virus de l’hépatite A
Foie
Rhinovirus
Rhinovirus
100
Voies respiratoires
++QE : savoir différencier les différentes hépatites (A, B,C, D): mode de transmission, pathologies
associées (hépatites aigues et hépatites chroniques). SUR qu’il y aura au moins une question.

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2. Mode de transmission
- Voyages en pays d’endémie.
- Eau de boisson si hygiène ou circuit d’eau potable défaillants.
- Contamination fécale de l’environnement.
- Mais sales.
- Activité culinaire : fruits de mers, légumes.
II. Entérovirus
1. Définition et épidémiologie
- Espèces :
o Poliovirus (que l’on traitera à part).
o Coxsackievirus.
o ECHOvirus (Entérique Cytopathique Humain Orphelin).
- Petits virus nus très résistants en milieu extérieur : résistance à pH acide et se multiplient au
niveau de l’intestin.
- Réservoir de virus humain.
- Elimination dans les selles.
- Circulent toute l’année avec une préodminance en saison estivo-automnale.
- Facteurs socio-économiques : plus au niveau bas et plus infection précoce (car moins d’hygiène
en âge précoce).
2. Epidémiologie
- Âge :
o Les enfants sont le réservoir principal (hygiène).
o Plus les infections sont tardives, plus elles sont symptomatiques.
- Mode de transmission : oro-fécale.
- Majorité des infections sont inapparentes : expression clinique résulte d’une diffusion dans
l’organisme (polio que si le virus passe dans le SNC).
- Caractéristiques antigéniques :
o Tous antigéniquement distincts. Il n’y a pas de réaction de groupes différents des
adénovirus (difficulté pour le diagnostic indirect).
o Le regroupement est fonction du pouvoir pathogène animal.
3. Pouvoir pathogène
Pathologie
Stéréotypes en cause (--QE)
Caractéristiques
Méningites
Coxsackie A2, 4, 7, 9, 23
Coxsackie B 1 à 6
ECHOvirus
Plus fréquente % enfant
Bénigne
Paralysies
Poliovirus 1 à 3
Coxsackie A7
ECHO virus 4 et 6

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Exanthèmes fébriles
Coxsackie A4, 5, 6, 9, 23
Coxsackie B2, 3, 5
ECHOvirus 4
Bénins
Syndrome main-pied-bouche
Coxsackie A16
Jeune enfant.
Vésicules.
Myocardite - péricardite
Coxsackie A23 et B 1 à 5
ECHOvirus 1, 6, 8, 16
Tous âges
Grâce % nouveaux-nés
Affections respiratoires
Coxsackie A21
Coxsackie B1, 3, 4, 5 et 6
ECHovirus
Surtout dans l’enfance.
Bénignes.
Gastroentérites
ECHOvirus 6, 14, 18
Nouveau-né surtout
Conjonctivites
Enterovirus 68, 71
Epidémiques
4. Diagnostic
- Directes :
o Culture cellulaire : plupart sf certains sérotypes CVA.
o Amplification : plupart des sérotypes (région 5’ NC).
- Indirects, ELISA : nombres réactions croisées entre les différents sérotypes.
III. Poliovirus
1. Physiopathologie
- Réservoir : homme.
- Polio : gris (grec)  myélite de la substance grise.
- Poliomyélite : incubation de 1à à 14jours.
o Phase digestive :
o Virus ingéré ou inhalé.
o Multiplication dans les muqueuses intestinales ou pharyngées.
o Responsable d’une diarrhée initiale ou d’une angine.
o Phase de multiplication lymphatique :
o Plaque de peyer ou glanglions mésentériques ‘intestin.
o Amygdales.
o Ganglions cervicaux (gorge).
o Phase de virémie :
o Trajet vers le système monocytes-macrophages.
o Malaise fébrile (dure environ 3jours).
o Atteinte du SNC (1 à 2% des sujets infectés) : paralysies.

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- Paralysies :
o Parfois précédées d’un syndrome méningé.
o Brutales et périphériques : FLASQUES avec avolition des réflexes ostéo-tendineux.
o Régression après deux emaines. Très lente et incomplète.
2. Diagnostic virologique
- Isolement en culture cellulaire.
- Amplification génique.
- Technique ELISA.
3. Prévention
- Hygiène et épuration des eaux.
- Vaccination : Vaccin trivalent (type 1, 2 et 3 du virus polio). Il a permis d’éradiquer la polio de la
France.
Type
Vaccin inactivé ( Slak/Lépine)
Vaccin vivant atténué (Sabin)
Voie
Injectable IM/SC
Orale
Souche
Neurovirulente
Atténué
Protection
10 à 15jours
Immédiate ?
Immunité
Humorale
Intestinale et humorale
Diffusion
Non
Possible
Usage
Primovaccination
Rappels
Administration
3 doses + rappels
2 mois, 3 mois, 4mois, 16-18mois, 6ans,
11ans, 18ans, etc.
- Virus inactivé : virus tué.
- Vaccin vivant atténué : virus n’étant pas à l’origine de pathologies sévères.
- Intérêt de la voie orale : le vaccin va surtout être à l’origine d’un développement du système
immunitaire au niveau du tractus digestif. Donc efficace car lieu d’attaque du virus.
- Le vaccin oral n’est plus commercialisé en France. Il peut être utilisé dans les situations d’urgence
dans les pays en voie développement car bonne diffusion du vaccin par voie orale.
IV. Virus responsables de gastro-entérites
1. Etiologies des syndromes gastro-entériques
- Rotavirus.
- Adenovirus.
- Autres virus : astrovirus, calcivirus, Norwalk, Coronvirus.

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Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011.
- Salmonelloses (non typiques).
- Campylobacter jejuni.
- Yersinia enterolitica.
- Escherichia coli entéropathogènes (EPEC).
- Escherichia coli entéro-hémorraqiues (EHEC).
2. Epidémiologie
- Problème de santé publique pour les pays en développement.
- Caractéristiques communes :
o Virus résistants (pH, enzymes, milieu extérieur).
o Contagiosité (épidémies).
o Atteinte préférentielle des enfants.
o Virus non cultivables le plus souvent.
- Gastroentérites : problème de santé publique.
o Maladie la plus commune après le « rhume ».
o 20% de mordibité.
o 10% des consultations.
o 140 millions de cas / 1 million de mort dans le monde.
o 30 à 40% des cas sont d’origine virale (chiffres reconnus par l’OMS).
o Enfants touchés en priorité : ils font des formes plus graves.
o OMS : programmes annuels de lutte (nutrition – allaitement – hygiène – réhydratation).
3. Transmission
- Voie féco-orale principalement.
- Voie aéroportée (aérosols de vomisseurs).
4. Traitement
- Pas de traitement curatif spécifique.
- Traitement symptomatique (réhydratation si nécessaire, surtout chez enfant).
5. Virus en cause
- Rotavirus : ARN bicaténaire linéaire à 11 segments.
- Calcivididae / Norovirus : ARN monocaténaire +.
- Astrovirus : Arn monocaténaire linéaire non segmenté.
- Coronavirus : ARN monocaténaire linéaire non segmenté.
- Adénovirus 40 et 41 : ADN (seul virus à ADN).