2. Diagnostic virologique - Cours de DCEM1 2010/2011 à Amiens
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Virologie. VIRUS ENTERIQUES I. Picornaviridae 1. Fiche signalétique - - - Pico : petit, RNA, viridae : virus. Famille des petits virus à ARN. Genres : o Enterovirus. o Rhinovirus. o Hepatovirus. o Parechovirus. Acide nucélique : ARN monocaténaire linéaire non segmenté polarité +. Capside icosaédrique (32 capsomères). Non enveloppé (car doivent résister à l’acidité du tube digestif). Diamètre du virion : 27nm. Schema d’un entérovirus : o Capside icosédrique. o Protéines disposées à la surface externe de la capside : VP1, VP2 et VP3. o ARN situé au centre. Génome : o Protéines de structure (VP1, VP2 et VP3). o Protéines non structurale qui servent à la réplication du virus (polymérase virale). Genre Entérovirus Espèce Nombre de sérotypes Habitat Poliovirus 3 SNC Coxsackievirus A 24 Tractus digestif Coxsackievirus B 6 Echovirus 34 SNC Entérovirus 69-71 4 Hépatovirus Virus de l’hépatite A Foie Rhinovirus Rhinovirus 100 Voies respiratoires ++QE : savoir différencier les différentes hépatites (A, B,C, D): mode de transmission, pathologies associées (hépatites aigues et hépatites chroniques). SUR qu’il y aura au moins une question. Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011. Virologie. 2. Mode de transmission - Voyages en pays d’endémie. Eau de boisson si hygiène ou circuit d’eau potable défaillants. Contamination fécale de l’environnement. Mais sales. Activité culinaire : fruits de mers, légumes. II. Entérovirus 1. Définition et épidémiologie - - Espèces : o Poliovirus (que l’on traitera à part). o Coxsackievirus. o ECHOvirus (Entérique Cytopathique Humain Orphelin). Petits virus nus très résistants en milieu extérieur : résistance à pH acide et se multiplient au niveau de l’intestin. Réservoir de virus humain. Elimination dans les selles. Circulent toute l’année avec une préodminance en saison estivo-automnale. Facteurs socio-économiques : plus au niveau bas et plus infection précoce (car moins d’hygiène en âge précoce). 2. Epidémiologie - - Âge : o Les enfants sont le réservoir principal (hygiène). o Plus les infections sont tardives, plus elles sont symptomatiques. Mode de transmission : oro-fécale. Majorité des infections sont inapparentes : expression clinique résulte d’une diffusion dans l’organisme (polio que si le virus passe dans le SNC). Caractéristiques antigéniques : o Tous antigéniquement distincts. Il n’y a pas de réaction de groupes différents des adénovirus (difficulté pour le diagnostic indirect). o Le regroupement est fonction du pouvoir pathogène animal. 3. Pouvoir pathogène Pathologie Méningites Paralysies Stéréotypes en cause (--QE) Coxsackie A2, 4, 7, 9, 23 Coxsackie B 1 à 6 ECHOvirus Poliovirus 1 à 3 Coxsackie A7 ECHO virus 4 et 6 Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011. Caractéristiques Plus fréquente % enfant Bénigne Virologie. Exanthèmes fébriles Syndrome main-pied-bouche Myocardite - péricardite Affections respiratoires Gastroentérites Conjonctivites Coxsackie A4, 5, 6, 9, 23 Coxsackie B2, 3, 5 ECHOvirus 4 Coxsackie A16 Coxsackie A23 et B 1 à 5 ECHOvirus 1, 6, 8, 16 Coxsackie A21 Coxsackie B1, 3, 4, 5 et 6 ECHovirus ECHOvirus 6, 14, 18 Enterovirus 68, 71 Bénins Jeune enfant. Vésicules. Tous âges Grâce % nouveaux-nés Surtout dans l’enfance. Bénignes. Nouveau-né surtout Epidémiques 4. Diagnostic - - Directes : o Culture cellulaire : plupart sf certains sérotypes CVA. o Amplification : plupart des sérotypes (région 5’ NC). Indirects, ELISA : nombres réactions croisées entre les différents sérotypes. III. Poliovirus 1. Physiopathologie - Réservoir : homme. Polio : gris (grec) myélite de la substance grise. Poliomyélite : incubation de 1à à 14jours. o Phase digestive : o Virus ingéré ou inhalé. o Multiplication dans les muqueuses intestinales ou pharyngées. o Responsable d’une diarrhée initiale ou d’une angine. o Phase de multiplication lymphatique : o Plaque de peyer ou glanglions mésentériques ‘intestin. o Amygdales. o Ganglions cervicaux (gorge). o Phase de virémie : o Trajet vers le système monocytes-macrophages. o Malaise fébrile (dure environ 3jours). o Atteinte du SNC (1 à 2% des sujets infectés) : paralysies. Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011. Virologie. - Paralysies : o Parfois précédées d’un syndrome méningé. o Brutales et périphériques : FLASQUES avec avolition des réflexes ostéo-tendineux. o Régression après deux emaines. Très lente et incomplète. 2. Diagnostic virologique - Isolement en culture cellulaire. Amplification génique. Technique ELISA. 3. Prévention Hygiène et épuration des eaux. Vaccination : Vaccin trivalent (type 1, 2 et 3 du virus polio). Il a permis d’éradiquer la polio de la France. Type Voie Souche Protection Immunité Diffusion Usage Administration - Vaccin inactivé ( Slak/Lépine) Injectable IM/SC Neurovirulente 10 à 15jours Humorale Non Primovaccination 3 doses + rappels Vaccin vivant atténué (Sabin) Orale Atténué Immédiate ? Intestinale et humorale Possible Rappels 2 mois, 3 mois, 4mois, 16-18mois, 6ans, 11ans, 18ans, etc. Virus inactivé : virus tué. Vaccin vivant atténué : virus n’étant pas à l’origine de pathologies sévères. Intérêt de la voie orale : le vaccin va surtout être à l’origine d’un développement du système immunitaire au niveau du tractus digestif. Donc efficace car lieu d’attaque du virus. Le vaccin oral n’est plus commercialisé en France. Il peut être utilisé dans les situations d’urgence dans les pays en voie développement car bonne diffusion du vaccin par voie orale. IV. Virus responsables de gastro-entérites 1. Etiologies des syndromes gastro-entériques - Rotavirus. Adenovirus. Autres virus : astrovirus, calcivirus, Norwalk, Coronvirus. Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011. Virologie. - Salmonelloses (non typiques). Campylobacter jejuni. Yersinia enterolitica. Escherichia coli entéropathogènes (EPEC). Escherichia coli entéro-hémorraqiues (EHEC). 2. Epidémiologie - - Problème de santé publique pour les pays en développement. Caractéristiques communes : o Virus résistants (pH, enzymes, milieu extérieur). o Contagiosité (épidémies). o Atteinte préférentielle des enfants. o Virus non cultivables le plus souvent. Gastroentérites : problème de santé publique. o Maladie la plus commune après le « rhume ». o 20% de mordibité. o 10% des consultations. o 140 millions de cas / 1 million de mort dans le monde. o 30 à 40% des cas sont d’origine virale (chiffres reconnus par l’OMS). o Enfants touchés en priorité : ils font des formes plus graves. o OMS : programmes annuels de lutte (nutrition – allaitement – hygiène – réhydratation). 3. Transmission - Voie féco-orale principalement. Voie aéroportée (aérosols de vomisseurs). 4. Traitement - Pas de traitement curatif spécifique. Traitement symptomatique (réhydratation si nécessaire, surtout chez enfant). 5. Virus en cause - Rotavirus : ARN bicaténaire linéaire à 11 segments. Calcivididae / Norovirus : ARN monocaténaire +. Astrovirus : Arn monocaténaire linéaire non segmenté. Coronavirus : ARN monocaténaire linéaire non segmenté. Adénovirus 40 et 41 : ADN (seul virus à ADN). Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011. Virologie. 6. Pouvoir pathogène - - - Rotavirus : o Infection inapparentes > 2ans. o Infections gastro-intestinales. o Fromes extra-intestinales rares. Coronovirus : o Infections intestinales : gastroentérites et entérocolites (plus graves). o Infections respiratoires : rhume, aggravation pathologies respiratoires (tel que asthme et bronchite). Astrovirus : gastroentérites. Calciviridae (novorirus et sapovirus) : gastroentérite. Signes cliniques Variations saisonnières Epidémiologie Populations cibles Calciviridae Diarrhées Vomissements Rotavirus Diarrhées Vomissements Fièvres Surtout hiver Pic hivernal Epidémique majoritaire Tout âge Sporadique et saisonnière Enfant < 2ans Personnes âgées Incubation Durée des signes Excrétion Taux d’attaque - Astrovirus Diarrhée modérée Vomissements Fièvre Hiver et printemps Epidémique ou sporadique Jeune enfant Personnes âgées Immunodéprimé 1 à 2 jours 2 à 4 jours 12 jours Elevé Adeno 40/41 Diarrhée modérée Vomissements Fièvre Toute l’année Epidémique ou sporadique Enfant < 2ans 1 à 3 jours 1 à 4 jours 8 à 10jours 0 à 8 jours 2 à 9 jours 5 à 12 jours Jusqu’à 18jours 10 jours 10 à 14 jours Très élevé 10 à Elevé Inconnu 100 particules virales Taux d’attaque : élevé car besoin de peu de particules virales pour apporter des signes cliniques. 7. Diagnostic virologique - - Directs : o Rotavirus et adénovirus : agglutination de particules de latex sensibilisées ou immunochromatographie. o Coronavirus : immunofluorescence, ELISA, amplification génique. o Astrovirus : ELISA, amplification génique. o Calicivirus : amplification génique. Indirects : o Rotavirus : sérologie (études épidémiologiques). o Coronavirus : RFC ? IHA, ELISA. o Astrovirus : immunofluorescence, ELISA (laboratoires spécialisés). o Calicivirus : ELISA (laboratoires spécialisés). Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011. Virologie. 8. Rotavirus - - - Famille : réoviridae. Genre : rotavirus. Especes : o Rotavirus A (répartition mondial, retrouvé en France). o Rotavirus B (chine et adultes). o Rotavirus C. o Rotavirus D à G (chez l’animal). ARN bicaténaire linéaire segmenté en 11 segments (chaque segment code pour une protéine du virus). 70nm, cpaside icosaédrique double. Nu. Transmission oro-fécale (1012/mL de fèces). Résistance dans l’environnement. Epidémies hivernales (novembre à mars). Incubation courte de 48heures. Clinique : o Asymptomatique ++ (si >2ans, adultes). o Gastroentérite avec diarrhée généralement non glairo-sanglante. o Vomissements et fièvre chez l’enfant (6mois à 2ans). o Invaginations intestinales aigues ? Infections nosocomiales à rotavirus Définition d’une infection nosocomiale à rotavirus : déclaration > 72heures après l’entée à l’hôpital (incubation de 1 à 3jours). Source : selles des enfants diarrhéiques (jusqu’à 1012 particules/mL). Contamination croisée par les mains du personnel soignant : lavage prolongé des mains, gants à usage unique, surblouse, isolement, etc. Maintien du pouvoir infectieux en atmosphère sèche sur les surfaces inertes (plans de travail, tables à langer, etc.). La charge virale est de 57%, 43% et 7% après 20, 60 et 260 mn de dépôt sur un doigt (Ansari et coll., 1988). Période épidémique à Rotavirus - Diagnostic Immuno-diffusion ou agglutination sur selles (anticorps anti VP6 groupe A). Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011. Virologie. - Microscpie electronique. Culture difficile. Pas de traitement spécifique : réhydratation. Vaccins : o Rotarix® : rotavirus humai n(souche RIX4414 vivante atténuée). 2 doses à 4 semaines d’intervalle, voie orale, pour le nourrisson de plus de 6 semaines. o Rotateq® : rotavirus réassortant humain-bovin humain. 3 doses à 4 semaine d’intervalle, voie orale, pour le nourrisson de plus de 6 semaines. o Non remboursé par la sécurité sociale. Cours d’Inès Masmoudi. DCEM1 2010-2011.
