Le sang Hématies : Leucocytes (défense) : Plaquettes (coagulation) : 4500000 - 5000000 / mm³ 6000 - 8000 / mm³ 200000 - 300000 / mm³ La formule sanguine NFS : la Numération et Formule Sanguine : elle consiste à énumérer les cellules sanguines et les catégoriser à savoir : - Les Polynucléaires Neutrophiles : 55 a 75% - Les Polynucléaires Eosinophiles : 2 a 4% - Les Polynucléaires Basophiles : 0,5 a 1% - Les Lymphocytes (petits + grands) : 20 a 35% - Les Monocytes : 6 a 10% Les Hématies (globules rouges) : Ce sont des cellules biconcaves, le noyau est absent, le cytoplasme : acidophile gris-rose centre clair, il y a pas de granulations. Dans le cas anormal, les cellules sont crénelées (déchirées) Les Plaquettes (Thrombocytes, Globulines) : Leur taille est de 1 à 3 µm, il n’y a pas de noyau, le cytoplasme est basophile clair. Les Polynucléaires : Ce groupe de cellules possède des caractéristiques communes. Elles contiennent un noyau plurilobé. Les lobes sont reliés les uns aux autres par des ponts fins de chromatine. Les Polynucléaires Neutrophiles : Sont responsables de la défense contre les infections bactériennes. Leur activité et leur mort produit une grande variété de pus. - Sont caractérisés par leur noyau polylobé de 2 a 6 lobes (2 a 3 les plus nombreux), ils sont nettement différents des GR par la taille qui est grande (12 a 14 µm) arrondie. - Le cytoplasme est clair acidophile. - Elles sont les cellules majoritaires des polynucléaires. Les Polynucléaires Eosinophiles : Ils traitent en premier lieu les infections parasitaires. - Sont caractérisés par leur granulation et par le noyau en bissac (2 a 3 lobes). - La taille est de 12 à 14 µm arrondi. - Le cytoplasme : clair, acidophile presque pas visible recouvert par les granulations. Les Polynucléaires Basophiles : Ils sont les responsables des réponses allergiques et inflammatoires en libérant de l’Histamine. - Ces cellules sont les moins nombreuses des polynucléaires. - Les granulations sont très nombreuses pouvant recouvrir le noyau qui est très dense (2 à 4 lobes denses). - La taille est de 11 à 13 µm arrondie. - Le cytoplasme est acidophile clair. Les mononuclées : Les Lymphocytes (petits) : - Il n’y a pas de granulations, noyau rond et dense et visible dans le cytoplasme qui est basophile bleu clair. - taille de 9 a 11 µm arrondi. Les Grands Lymphocytes : - Il y a quelques rares granulations en paquet. Le noyau est rond, ovale ou en drapeau (il suit la forme du cytoplasme). - Le cytoplasme est bleu très clair et la taille est de 10 a 15 µm arrondi déformable (les bords épousent la forme des cellules mitoyennes). Les Monocytes : Ils ont une fonction de phagocytose avec élaboration d’une réponse par anticorps. - Ce sont de grandes cellules avec un grand noyau, et la forme des cellules est généralement étirée ou déformable : parce qu’elles vont vers les tissus pour devenir des macrophages. - Le noyau est rond ou encoché. - Le cytoplasme est basophile clair. - Les granulations sont très fines et très nombreuses. - La taille est de 18 à 21 µm arrondi très déformable. Les macrophages : Les monocytes sont aussi connus sous le nom de macrophage après qu’ils ont migré hors du flux sanguin vers les tissus. Lymphocytes : 25 a 40% : Les Lymphocytes B produisent des anticorps qui vont aller se lier avec les antigènes pathogènes pour permettre leur destruction via la formation d’immun-complexes. (Les lymphocytes B conservent la capacité de produire l’anticorps particulier utilisé afin de mémoire au système immunitaire). Il existe différents types de Lymphocytes T : - Les Lymphocytes T auxiliaires cordonnent la réponse immunitaire (ils deviennent déficients dans le cas d’une infection par le VIH) et primordiaux dans la défense contre les bactéries intracellulaires. - Les Lymphocytes T cytotoxiques sont capables d’éliminer des cellules du corps humain qui envoient un signal indiquant la nécessite de leur élimination, soit en cas d’infection par un virus, soit en cas de cancer. - Les Lymphocytes T suppresseurs sont des régulateurs de l’immunité qui luttent contre les réactions auto-immunes. - Les Lymphocytes NK font partie d’un système immunitaire inné capable de reconnaître les cellules cancéreuses ou infectées par un virus. Elles sont équipées de granules sécrétoires qui contiennent des protéines permettant de tuer les cellules cibles. Relation Hôte-pathogène 1. L'infection C’est une maladie provoquée par des agents pathogènes vivants. On distingue deux types de bactéries responsables d'infections: 1.1 - Les bactéries pathogènes : Provoquent une maladie même chez le sujet « sain ». (Ex : Typhoïde, cholera, tuberculose, méningite…). Pouvoir pathogène : conditionne le type de maladie et va dépendre de l’espèce bactérienne responsable de l'infection: ex : le cholera dont l’agent est Vibrio cholerae est une maladie complètement différente de la méningite à méningocoque. Virulence bactérienne : ex : Shigella dysenteriae et Shigella flexneri sont toues les 2 responsables d’une dysenterie bacillaire, mais pas avec les mêmes doses. - La virulence est une notion quantitative alors que le pouvoir pathogène est une notion qualitative. 1.2 - Les bactéries opportunistes : Deviennent pathogènes chez les sujets aux défenses immunitaires altérées ou sous antibiothérapie (les bactéries contre-sélectionnées par des antibiotiques prolifèrent de matière sélective). Ces bactéries sont souvent des bactéries commensales qui vivent à la surface de la peau et des muqueuses de l’homme. (Pneumonie, infections urinaires, infections sur cathéter…). 2. Facteurs de défense contre les bactéries 2. 1 Facteurs non spécifiques 2.1.1 Les barrières Les barrières qui s’opposent à l’implantation des bactéries : - Facteurs mécaniques : desquamation, peristalisme intestinal, cellules ciliées. Flores saprophytes / commensales. Substances microbicides des revêtements cutanéo-muqueux : Défensines, NaCl, acides gras, HCl, sels biliaires, mucus… - Les barrières qui s’opposent à la croissance bactérienne : La disponibilité en nutriment pourrait être le facteur limitant. Le seul réel nutriment qui fait défaut in vivo est le Fe³+. 2.2 Immunité innée : L'immunité innée permet l'élimination du microorganisme lorsqu'il se trouve dans un tissu habituellement stérile. Il existe 2 types de cellules phagocytaires : les polynucléaires et les macrophages. a- une adhésion aux cellules épithéliales des muqueuses a l’aide d’adhésines. L’adhésine est située au sein de fimbriae de la bactérie. Une fois la porte d’entrée est colonisée, plusieurs types de pouvoir pathogène peuvent s’exprimer. b- Diffusion d’une toxine a distance de la porte d’entrée : La toxine cholérique qui va être responsable de la perte hydroélectrolytique. E.coli entérotoxinogène (diarrhée des voyageurs), même mécanisme que pour le choléra Cellule intestinale c- Le pouvoir pathogène résulte d’une inflammation au niveau de la porte d’entrée secondaire à la multiplication bactérienne : Beaucoup de bactéries pathogènes produisent des protéases, DNAses, collagénases vont participer à la formation des lésions au siège de la multiplication bactérienne. Cas des abcès cutanés, furoncles dus a une multiplication localisée de Staphylococcus aureus. Cas des angines, sinusites, otites, bronchites le plus souvent dues a des bactéries de la flore commensale du nasopharynx qui deviennent pathogènes (Streptocoques, pneumocoques, Haemophiles, anaérobies…). Infections urinaires, basses le plus souvent ou encore atteinte du rein dues à E.coli d- Le pouvoir pathogène résulte d’une dissémination du microorganisme à partir de la porte d’entrée : A/ Les bactéries à multiplication intra-cellulaire : Le plus souvent le compartiment dans lequel la multiplication prend place sont les macrophages. * Mycobacterium tuberculosis (tuberculose). * Salmonella typhi (typhoïde). Pour certaines bactéries, le type cellulaire dans lequel la multiplication a lieu sont les cellules endothéliales. * Rickettsia (fièvre boutonneuse). Pour les bactéries a multiplication intra-cellulaire, le plus important est d’éviter d’être dégradées par les macrophages. B/Les bactéries à multiplication extra-cellulaire : Ces bactéries a multiplication extra-cellulaire ont un tronc commun de facteurs de virulences qui sont : - La capsule polysaccharidique qui est essentielle dans la résistance à la bactéricidie sérique et/ou la phagocytose. - La chaîne latérale du lipopolysaccharide. - Les systèmes de captation du fer afin de se procurer le fer ferrique. - La production, inconstante, de certaines toxines. Diagnostic d’une Infection Bactérienne Le diagnostic bactériologique est un ensemble de moyens permettant de confirmer telle ou telle étiologie infectieuse d'origine bactérienne. Ces moyens diagnostiques sont variés et caractérisent soit le diagnostic direct soit celui indirect : Diagnostic direct : le plus souvent sérique. Diagnostique indirect : c’est la mise en évidence de la bactérie elle-même donc finalement de sa culture ou isolement qui permettra l’identification ultérieure et de préciser sa sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme). I- Diagnostic direct : C’est l’Examen cytobactériologique : d’une urine (ECBU), d’une expectoration (ECBC), d’un liquide pleural… ayant pour objectif de rechercher la mise en évidence de la bactérie responsable de l'infection. 1 - Examen macroscopique : Toute infection bactérienne s'accompagne, outre la présence de bactéries, de signes biologiques liés à l'inflammation avec l'éventuelle présence de leucocytes, notamment de polynucléaires. Ces éléments peuvent entrainer au delà d'un seuil, une modification visuelle, clairement perceptible à l'oeil nu, qui signe une anomalie patente. *Trouble : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire. *Hématurique : urine, LCR, liquide pleural ou articulaire. 2 - Examen microscopique : L’examen microscopique a un intérêt diagnostique au delà d'un certain seuil... Donc c’est la rechercher des bactéries et des éléments cellulaires de type polynucléaire au microscope optique. a- Etat frais (Grossissement x 400, en général): Une préparation est obtenue avec le dépôt d'une goutte entre lame et lamelle, puis on observe au microscope d'une part, la présence éventuelle de bactéries (coque, diplocoque, chainette, coccobacille, bacille...), le type de Par ailleurs, lors de cette observation, seront évaluées les cellules avec une appréciation semiquantitative ou mieux quantitative, exprimée par nombre d'éléments / mm3 ou ml ou par champs b- Examen après coloration (Grossissement x 1000, en général): Un frottis fin est obtenu à partir du produit pathologique, puis coloré permettant une meilleure visualisation des bactéries et/ou des éléments cellulaires. Coloration simple: Le frottis fin est traité par un seul colorant basique (bleu de méthylène). Coloration différentielle : Compte tenu des différences structurales de la paroi des bactéries, la coloration de Gram permet de distinguer les bactéries colorées en violet (G+) de celles en rose (G-) c- Autres types de coloration : Il existe en bactériologie, diverses autres techniques de coloration qui ne présentent qu'un intérêt anecdotique. Cependant il convient de ne pas les méconnaitre dans le cadre d'une nouvelle étiologie bactérienne comme la technique d'imprégnation argentique (intérêt historique) dans l'angiomatose bacillaire ou la maladie des griffes du chat. Les autres comme celle de visualisation de la capsule (coloration de Moeller) ou encore celle des cils ou flagelles (coloration de Leifson) sont quelquefois mises en oeuvre dans le cadre de diagnostic d'une espèce... 3 - Premières conclusions : Les éléments récoltés de l'examen macroscopique et surtout microscopique fournissent souvent des arguments diagnostiques de très forte présomption qui vont permettre la mise en route d'une thérapeutique adaptée. La culture ou l'isolement de l'agent causal sera, cependant, essentielle. Elle permettra l'identification ultérieure mais aussi de préciser sa sensibilité aux antibiotiques (Antibiogramme). Le diagnostic indirect sera quelquefois le seul recours diagnostique possible dans quelques rares maladies comme la syphilis II- Culture, Isolement et Identification : Exemples des milieux solides coulés en boites pétri selon le produit pathologique et la demande : Pus, liquide de ponction : milieu enrichis au sang (frais, cuit =chocolat), milieu sélectif (Chapman). Expectoration : milieu enrichis au sang (frais, cuit), milieu sélectif (Chapman, Drygalski). Urines : milieu sélectif (Drygalski), milieu polyvalent pour les bactéries G+ et G(CPS, uricult, chromagar…). Selles (coproculture) : milieux sélectifs (Drygalski et SS pour entérobactéries telles Salmonella et Schigella, quelquefois Chapman pour les Staphylocoques. Exemples de milieux liquides : L’usage des milieux liquides est limité en raison de l’absence possible d’isolement : Sang, pus, liquides de ponction : milieu enrichis (flacons pour hémoculture, cœurcervelle, trypticase…). Selles (coproculture) : milieu sélectif (Muller-Kaufman). Exemples d’isolement : - Urine en milieu CPS. - Urine avec de nombreuses colonies de 2 types d’entérobactéries Lactose+ (milieu de Drygalski) : colonie muqueuses et colonies irrégulières. III- Le système de codage API : (Nom commercial de galeries miniaturisées) utilise un codage particulier en découpant les résultats des tests par « triplets » et en affectant au résultat positif du premier test la valeur 1, au 2eme la valeur 2 et au 3eme, la valeur 4. Les résultats négatifs sont codés 0. On obtient ainsi un code à 7 chiffres (pour une galerie de 21 tests) qui est répertorié dans une table de codage ou un logiciel informatique. Exemple : 1 2 4 + + 1+ 0 + 4 = 5 1 + 2 1 4 - 1 - 2 4 4 + 1 - 2 4 4 + 1 + 2 5 4 + 1 + 2 1 4 - 1 - 2 + 2 Le code API = 5144512 = Escherichia coli. IV- Antibiogramme : Antibiogramme par diffusion : on mesure les inhibitions de la croissance pour classer les bactéries en S / I / R : (Sensible / Intermédiaire / Résistante). Pour avoir un bon antibiogramme, il faut que les colonies soient jointives mais non condensées (il ne faut pas avoir une formation d’une masse de colonies les unes sur les autres). 4 - Diagnostic indirect ou sérologique : (on cherche l’antigène) : réaction d’agglutination en tubes (sérodiagnostic en Widal-Félix Wright…) avec des dilutions du sérum. V- ECBU : Examen Cytobactériologique des Urines : 1- Conditions de prélèvement : urines de la 1ere miction du matin : le prélèvement doit être effectué avant la prise de l’antibiotique. 2- Examen macroscopique : - pH : normalement il est légèrement acide. - Aspect : limpide, louche, trouble. - Couleur : jaune paille, ambrée, ictérique, hématique. - Présence de sédiment et son abondance : floconneux, cristallin (au microscope). 3- Examen microscopique : Résultat normal : - Cytologie (<10 éléments/mm3) -Bactériologie (<103 germes/ ml) Résultats pathologiques : -Cytologie : présence de leucocytes parfois très nombreux, altérés. -Bactériologie : quantité >105 germes/ml L’infection urinaire pose un grand problème quand à la montée vers les reins, elle touche fréquemment les filles (cystite). La cystite : le germe à l’origine de cette infection est un colibacille (E. coli) qui se trouve d’une façon habituelle dans les intestins. Au microscope on fait la numération des éléments : - Présence des bactéries. - Leucocytes (<10/ mm3). - GR = hématies (<10/ mm3). - Les cellules épithéliales. - Les cellules vaginales. - Les cylindres - Les cristaux Numération bactérienne des bactéries pour toutes les urines. CFU : colonie formant l’unité.