internat-ipr-projet-pedagogique-bioticla-2012-domaine

BIOTICLA
CEN T R E F R A N Ç O I S B A C L E S SE
D E M A N D E D ’ A G R E M E N T D E S S E R V I C E S P O U R L ’ A C C U E I L D ’ I N T E R N E S
D . E . S D E S P E C I A L I T E O U D E M E D E C I N E G E N E R ALE
A N N E E U N I V E R S I T A I R E 2012-2013
1
P ROJ E T P E DAG O G I QU E
INTERNE D.E.S. INNOVATION PHARMACEUTIQUE ET RECHERCHE
B I O T I L C A
I. COM PE TE NC E S E T E XP ERT ISE D U SE RVI C E D ’ AC C U E IL
Etablissement : Centre François Baclesse, 3 avenue du Général Harris, BP 5026, 14076 Caen Cedex 5
Nature de l’établissement : Centre de Lutte Contre le Cancer (CLCC) PSPH
Nom du service : EA4656 BioTICLA (Biologie et Thérapies Innovantes des Cancers Localement Agressifs)
Agrément demandé : D.E.S. d’innovation Pharmaceutique et Recherche
Spécialité : cancérologie [09], biologie cellulaire et moléculaire [06], génétique [23]
Responsable de service : L. Poulain
Lieu d’activité : CLCC F. Baclesse, Caen
L’ EA 4656 – Biologie et Thérapies Innovantes des Cancers Localement Agressifs (BioTICLA) est une équipe de
recherche de l’UFR des Sciences Pharmaceutiques de Caen associée au CLCC François Baclesse dans le cadre
d’une convention. Elle est reconnue par le Ministère de l'Education Nationale, de la Recherche et de la
Technologie depuis 2012. Elle regroupe des personnels issus de l'UFR des sciences pharmaceutiques, de l'UFR
de Médecine, de l'IUT, du Centre Hospitalier Universitaire et du Centre Régional de Lutte contre le Cancer
François Baclesse, de l’Inserm et du CNRS (Figure 1).
Figure 1 : Organigramme BioTICLA

BIOTICLA
C E N T R E F R A N Ç O I S B A C L E S S E
D E M A N D E D ’ A G R E M E N T D E S S E R V I C E S P O U R L ’ A C C U E I L D ’ I N T E R N E S
D . E . S D E S P E C I A L I T E O U D E M E D E C I N E G E N E R ALE
A N N E E U N I V E R S I T A I R E 2012-2013
2
L’Unité BioTICLA est laboratoire d’accueil du Master mention Sciences Bio-Médicales Caen-Rouen
(spécialités « Physiologie, Immunité, Différenciation, Génétique » (PIDG) et « Imagerie »). Elle accueille
également des étudiants en doctorat, en particulier dans le cadre de l'Ecole doctorale Normande de Biologie
Intégrative, Santé, Environnement (EdNBISE).
L’ensemble des travaux de recherche développés dans l’Unité BioTICLA vise à améliorer la prise en charge
thérapeutique des cancers de l’ovaire. Il s’agit d’une part de la définition de facteurs prédictifs de la réponse à
la chimiothérapie, et d’autre part de l’identification de cibles et de la validation préclinique d’outils thérapeutiques
adaptés. La notion de biomarqueurs de la réponse aux traitements (conventionnels comme innovants) est
présente dans l’ensemble des projets de l’Unité.
L’Unité BioTICLA est étroitement liée au Centre de Lutte Contre le Cancer F. Baclesse, et associe des
compétences variées (Biologie cellulaire et moléculaire, expérimentation animale, imagerie nucléaire, histo-
imagerie quantitative et anatomie-pathologique, génétique somatique des tumeurs et oncogénétique, recherche
clinique…) qui lui permettent d’offrir un continuum d’investigations entre la boîte de culture et les patientes,
dans le domaine des cancers de l’ovaire. Enfin, la présence d’une Unité de Phases Précoces labélisée par l’INCa
au sein de l’Unité de Recherche Clinique représente un atout considérable pour la mise en place d’essais cliniques
translationnels, nous permettant notamment d’envisager des essais cliniques basés sur les travaux de recherche de
l’Unité.
Elle est structurée autour de deux thèmes centraux et interconnectés, concernant (i) : le développement de
stratégies thérapeutiques basées sur la modulation pharmacologiques des voies de contrôle de l’apoptose ; (ii) :
l’étude de l’intérêt prédictif ou thérapeutique des ARN interférents (miRNA et siRNA).
Le projet de l’Unité s’inscrit dans l’axe 1 du cancéropôle Nord-Ouest « Du développement et de la validation de
biomarqueurs pronostiques et prédictifs à l’innovation thérapeutique ».
En outre, des membres du laboratoire de Biologie clinique et oncologique (LBCO) du CLCC F. Baclesse sont
rattachés à l’unité BioTICLA. Ils ont une activité hospitalière dans le domaine de la génétique somatique des
tumeurs (théranostic) et de l’oncogénétique. Ils ont une activité de recherche en oncogénétique en
collaboration avec l’unité INSERM U1076 du Pr Frebourg à Rouen. Le travail de recherche associé à ces
membres est l’étude de l’ARN des gènes impliqués dans les cancers héréditaires du sein et ou de l’ovaire, en vue
d’augmenter le nombre d’altérations moléculaires utilisables dans des tests pré-symptomatiques afin d’améliorer
la prise en charge (dépistage et prévention) des familles prédisposées.
Les domaines généraux de compétences sont :
- pour l’Unité BioTICLA :
Biologie moléculaire et cellulaire
Validation préclinique de stratégies thérapeutiques in vitro et in vivo
Evaluation préclinique ex vivo (culture de coupes tumorales humaines)
Mesure à haut débit de l’activité cellulaire en temps réel (plateforme xCELLigence)
Imagerie nucléaire chez le petit animal
Histo-imagerie quantitative (accueil du plateau d’Histo-Imagerie de la SFR ICORE)
Cytométrie en flux (accueil du plateau de Cytométrie en Flux de la SFR ICORE)
Recherche translationnelle (en association avec l’Unité de Recherche Clinique du Centre de Lutte Contre le
Cancer François Baclesse).
- pour le LBCO :
Biologie clinique
Biologie moléculaire (accueil de la Plateforme de Séquençage à haut-débit SéSAME – IFR146)
Les activités d’expertises nationales sont :
Expertises pour l’ANR, L’INCa, La Ligue Contre le Cancer, l’ARC…
pour BioTICLA : Consortium siRNA thérapeutique (Ligue Nationale contre le Cancer)
pour le LBCO : Groupe Génétique et Cancer (GGC) et Groupe épissage du GGC

BIOTICLA
CEN T R E F R A N Ç O I S B A C L E S SE
D E M A N D E D ’ A G R E M E N T D E S S E R V I C E S P O U R L ’ A C C U E I L D ’ I N T E R N E S
D . E . S D E S P E C I A L I T E O U D E M E D E C I N E G E N E R ALE
A N N E E U N I V E R S I T A I R E 2012-2013
3
II . PR INC IPES PE DAG O G IQ UE S
Le Centre François BACLESSE, centre de lutte contre le cancer pour la Basse Normandie assume des
missions de prévention, de diagnostic, de soins et de suivi des patients pour les pathologies cancéreuses. Il fait
notamment partie du réseau régional de cancérologie.
En outre, le Centre participe à l’enseignement des futurs professionnels de la santé et à la formation
permanente. Centre agréé pour la formation continue, il a également conclu depuis de nombreuses années une
convention avec l’Université et le CHU de Caen.
Tout interne affecté dans un service du Centre François BACLESSE est placé sous la responsabilité du
Responsable de service. Par ailleurs, un médecin est désigné au sein de l’établissement pour assurer la
coordination de l’enseignement des internes dans leur ensemble (accueil, réunions d’enseignement exclusives,
respect des procédures durant la garde) et peut assurer également un rôle de médiation. Le suivi administratif des
internes est centralisé auprès du Service Enseignement-Formation du Centre François BACLESSE.
Contractuellement, des objectifs pédagogiques sont fixés avec l’interne lors de son affectation à un service.
Ils sont gradués tout au long des six mois de stage afin de lui conférer une autonomie de plus en plus croissante
en fonction de ses connaissances et compétences acquises et de son ancienneté. Ces acquis de l’interne sont
périodiquement évalués et validés par son Responsable de service.
Enfin, le Centre a une forte activité de recherche qu’il souhaite transmettre aux internes qu’il accueille. C’est
sur cette mission particulière que s’appuient les principes pédagogiques propres de l’Unité BioTICLA pour
l’accueil d’internes en pharmacie spécialisée. En effet, l’objectif professionnel de ce stage est de permettre à
l’interne d’accéder par la suite à des postes d’assistants hospitalo-universitaires puis d’envisager une carrière
universitaire ou hospitalo-universitaire dans le cadre de l’intégration progressive des UFR des Sciences
Pharmaceutiques au sein des CHU. A ce titre, ce stage a pour objectif pédagogique d’intégrer l’interne dans un
programme de recherche pluridisciplinaire afin de lui permettre la validation d’un Master Recherche et si possible
de débuter la réalisation d’une thèse d’Université, pré-requis indispensable pour une carrière hospitalo-
universitaire.

BIOTICLA
C E N T R E F R A N Ç O I S B A C L E S S E
D E M A N D E D ’ A G R E M E N T D E S S E R V I C E S P O U R L ’ A C C U E I L D ’ I N T E R N E S
D . E . S D E S P E C I A L I T E O U D E M E D E C I N E G E N E R ALE
A N N E E U N I V E R S I T A I R E 2012-2013
4
II I. SU PPORT D E LA F O RM AT ION
Moyens de formation
Encadrement et moyens humains du Service d’affectation
Dans le respect de leur domaine de compétence, l’ensemble des personnels du service concourt à cette
formation. Chacun fournit explication, exemple, démonstration dans sa sphère de compétence et participe en ce
sens à la formation de l’interne. L’interne est supervisé par un biologiste senior de référence.
ETP 2010
Figure 2 : Composition de l’Unité BioTICLA
Equipements :
BioTICLA :
Culture cellulaire : hottes à flux laminaire, postes de sécurité microbiologique de classe II, Incubateurs à
atmosphère contrôlée, compteurs de cellules (Cedex xs, Roche), bains-marie, microscope à platine inversée,
centrifugeuse, agitateur de microplaques, bloc chauffant pour microplaques, containers à azote liquide, vibratome
(dédié à la culture de coupes tumorales ex vivo), Cell Dissociator GentleMACS (préparation de suspensions
cellulaires à partir de fragments tissulaires).
Plateforme xCELLigence Roche dédiée à la mesure à haut débit de l’activité cellulaire en temps réel

BIOTICLA
CEN T R E F R A N Ç O I S B A C L E S SE
D E M A N D E D ’ A G R E M E N T D E S S E R V I C E S P O U R L ’ A C C U E I L D ’ I N T E R N E S
D . E . S D E S P E C I A L I T E O U D E M E D E C I N E G E N E R ALE
A N N E E U N I V E R S I T A I R E 2012-2013
5
Biologie cellulaire et moléculaire : microscopes conventionnels et à fluorescence, microscope à platine
automatisée, spectrophotomètre et lecteur de microplaque, thermocycleurs, cuves à électrophorèses verticales et
horizontales, cuve de transfert, bloc réfrigérant, cuves de séquençage, centrifugeuses, ultracentrifugeuse,
congélateurs à –80°C, chambres froides (4°C et –20°C), containers à azote liquide, Cytospin (centrifugation sur
lame), Tissue LyserTM (préparation de lysat tissulaires), microtome et plaque chauffante, fours micro-ondes à
température contrôlée, automate de coloration immunohistochimique, luminomètre.
Animalerie placée en ambiance contrôlée (accueil de souris immunodéprimées) : postes de sécurité
microbiologique, hotte à flux laminaire horizontal (changement des litières), portoirs ventilés «MICE» (capacité
d’accueil environ 1000 souris), lave-cages, autoclave, pied à coulisse à transmission de données, postes
d’anesthésie/euthanasie gazeuse.
Imagerie : caméra haute définition pour microscope à platine inversée, appareil photo automatique pour
microscopie conventionnelle et à fluorescence, système d’acquisition d’image par caméra à haute sensibilité,
scanner conventionnel et scanner à lames histologiques, table lumineuse et rampe UV, imageur de
chimioluminescence (Image Quant LAS4000).
LBCO :
Robot de distribution (Beckman Coulter), extracteurs d’acide nucléique (Qiagen), sonicateur, bioanalyseur de
fragments d’acides nucléiques (Agilent ), thermocycleurs, High Resolution Melting (HRM) (Roche), Denaturing
High Performance Liquid Chromtography (DHPLC) (2 Variants Transgenomics), pyroséquenceur (Qiagen),
séquenceur 16 capillaires (Life Technologie), PCR quantitative (Roche et Life technologie), séquenceur à haut
débit GaIIX (Illumina).
Moyens matériels mis à disposition des internes
Conditions d’enseignement : un amphithéâtre 130 places avec équipement vidéo et audio, PC fixe et tableau
interactif, trois salles de formation équipée de vidéo projecteur et tableau interactif, une bibliothèque médicale,
deux salles de réunion de concertation pluridisciplinaire équipées pour la visioconférence multipoints, deux salles
de réunion avec vidéo projecteur au sein du service. Ces visioconférences, destinées prioritairement aux internes
en Oncologie, sont ouvertes à tous les internes qui souhaitent y participer.
Conditions de travail : Chaque interne, dispose au sein de BioTICLA, d’un accès à l’Internet et l’Intranet du
Centre, à des logiciels de traitement de texte et tableur, de statistiques, bases de données et bioinformatique. Le
Centre François BACLESSE met à disposition des internes quatre chambres, dont une réservée à l’interne de
garde, avec sanitaire et douche. Le salon commun est équipé d’un bureau avec ordinateur et imprimante, et un
téléphone avec ligne extérieure.
IV. P LACE D E L’ IN TE R NE
Responsabilité de l’interne dans l’activité hospitalière
L’interne se verra confier un projet de recherche dans un des domaines de l’activité de l’équipe
(innovation thérapeutique, oncogénétique), projet qui pourra constituer le support d’un stage de Master
pour lequel l’Unité BioTICLA est laboratoire d’accueil. Il sera proposé à l’interne une poursuite du projet
de recherche en doctorat. L’encadrement sera assuré par un enseignant-chercheur de l’UFR des Sciences
Pharmaceutiques qui n’encadrera qu’un seul interne, sous la responsabilité conjointe du directeur de
l’Unité BioTICLA et du chef du département concerné de l’UFR des Sciences Pharmaceutiques ou du
chef de service concerné du CLCC. L’interne aura accès à l’activité hospitalière de diagnostic moléculaire
en génétique somatique des tumeurs et oncogénétique au sein du LBCO sous la responsabilité d’un
biologiste référent.