FormaSciences

Lieu : Carry-le-Rouet (13)
Dates : 12-14 décembre 2006
Coûts
Personnels INRA (y compris doctorants) : frais pédagogiques et d'hébergement
pris en charge à hauteur de 65% par la formation permanente nationale INRA et
35% par le programme agroBI et les DS APA et PPV ; seuls les frais de transport
sont à la charge des unités.
Autres : (Nous faire parvenir un bon de commande) participation aux frais de
séjour et pédagogiques : 400 € Personnels non INRA rattachés à une UMR
INRA ; 600€ Personnels Universités, autres EPST, et partenaires AGENAE ;
1000 € autres.
Comité d’organisation
Comité scientifique :
M. Douaire ([email protected]),
C. Christophe ([email protected]),
P. Monget ([email protected]),
F. Martin ([email protected]),
P. Pontarotti ([email protected])
Ingénierie de formation :
Sandra Desaint-Arrault ([email protected])
Dany Hoch ([email protected])
Modalités d'inscription
La fiche de pré-inscription est disponible sur les 2 sites :
http://www.inra.fr/agroBI/forma.html
http://www.inra.fr/agenae/formations.html
ou sur demande par mèl à : [email protected] (02 40 67 52 00).
La date limite d'inscription est fixée au 22 septembre.
Le nombre de places étant limité (100 personnes), le comité d’organisation se
laisse la possibilité de sélectionner les participants en fonction des
renseignements portés sur la fiche de pré-inscription.
FORMASCIENCES
AGENAE1 et agroBI2
LA PHYLOGENOMIQUE :
UNE AIDE A L’ETUDE
DES GRANDES FONCTIONS DU VIVANT
ECOLE-CHERCHEURS :
12-14 DECEMBRE 2006,
CARRY-LE-ROUET (13)
avec le soutien des Directions Scientifiques :
APA (Animal et Produits Animaux) et PPV (Plantes et Produits du Végétal)
1 http://www.inra.fr/agenae
2 http://www.inra.fr/agroBI

Contexte et enjeux
Les méthodes de la génomique permettent d’obtenir en masse des données
relatives aux génomes (structure et expression). Les connaissances nouvelles qui en
résultent découlent de la pertinence des interprétations qui en sont faites. Une
des voies ouvertes est de tirer partie des comparaisons entre espèces pour inférer
des structures et des fonctions de génomes et gènes d’espèces peu connues à
partir d’espèces mieux connues. Classiquement, les comparaisons de séquences
nucléiques ou protéiques servent de fondement à cette inférence biologique.
Les méthodes de la phylogénomique permettent de dresser l’histoire évolutive des
génomes et des gènes qui les constituent en identifiant les conservations et les
changements de structures et de fonctions au cours de l’évolution des espèces.
L’intégration de l’ensemble de ces méthodes permet d’améliorer l’interprétation
biologique des données de la génomique, en particulier dans le domaine de l’analyse
des grandes fonctions du vivant.
Objectifs de l’école
Les objectifs de l’école-chercheurs sont de proposer aux chercheurs une
formation de qualité en phylogénomique leur permettant :
 d’acquérir du vocabulaire et des concepts de base en phylogénie
 d’identifier les contributions de la phylogénomique à l’étude des grandes
fonctions biologiques
 de découvrir des outils et méthodes de phylogénomique
 de favoriser les collaborations entre chercheurs des différentes
disciplines
Public
L’école-chercheurs vise en priorité les scientifiques de tous les
départements INRA souhaitant utiliser la phylogénomique dans leur propre
discipline. L’école est également ouverte aux chercheurs d’autres
organismes.
Programme prévisionnel de l’école
1. Les concepts de base : pour découvrir la phylogénomique, avec des exemples
d’apports à l’annotation des génomes
 Histoire et épistomologie de l'arbre de la vie : P.H. Gouyon (Museum Paris)
 La phylogénie, ses concepts et ses applications à la génomique : V. Laudet
(ENS Lyon)
 Les concepts de l’évolution pour l’annotation des génomes : P. Pontarotti
(CNRS Marseille)
 Exemples : apports de la phylogénomique à l’annotation des génomes :
F. Martin (INRA Nancy), P. Monget (INRA Tours), P. Simonet (CNRS
Lyon)
2. Les outils et méthodes de la phylogénie : pour connaître les concepts et la
philosophie des outils et méthodes utilisés
 L'alignement de séquences : O. Poch (CNRS Strasbourg)
 Les modèles de reconstruction phylogénomique : M. Gouy (CNRS Lyon)
 Algorithmes: O. Gascuel (CNRS Montpellier)
 Detection de changements fonctionnels : N. Galtier (CNRS Montpellier)
3. La gestion de la connaissance : pour mieux comprendre les données
phylogénomiques et leurs structures
 Annotation des génomes et réalité biologique (qualité des données) : P.
Rouzé (INRA Gand)
 Ontologies et annotation : C.Froidevaux (CNRS Orsay)
 Une revue des sites nationaux/internationaux : JL Risler (CNRS Evry)
 Exemples de sites nationaux : T. Faraut (INRA Toulouse), G. Perrière
(CNRS Lyon), …
4. De l’arbre à l’annotation fonctionnelle : pour découvrir comment la
phylogénomique contribue à la compréhension des génomes
 Régions codantes : P. Coutinho (Univ. Aix-Marseille), E. Danchin (CNRS
Marseille), J.-P. Jacquot (Univ. Nancy1), A. Levasseur (INRA MArseille),
J. Reboul (INSERM Marseille)
 Régions non codantes : E. Bonnet (Univ. Gand), M.-J. Daboussi (CNRS
Orsay), J. Imbert (INSERM Marseille)
5. Conclusion et perspectives