UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes : Génome et

UMR CNRS 6023 Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, Clermont Université (T.
SIME-NGANDO)
Directeur de thèse : David G. Biron (CR1, CNRS), Télesphore SIME-NGANDO (DR1, CNRS)
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Impact des activités humaines à l’échelle européenne sur la diversité et la dynamique des pathogènes
associés à l’abeille domestique.
L’abeille domestique est un habitat pour une multitude d'espèces microbiennes. Ces espèces constituent le
microbiote d’une espèce hôte. Plusieurs types de virus libres ou intégrés au génome des hôtes sous forme de
prophages font partie du microbiote et peuvent être sources de bénéfices pour leurs hôtes. La thèse consistera à
faire un suivi spatio-temporel de pathogènes (i .e. virus, Nosema, bacteries, Crithidia et Varroa) au sein de colonies
d’abeilles afin de décrypter et de comprendre la dynamique du spectre des organismes vivant dans deux sous
espèces de l’abeille domestique (i.e. l’abeille noire et l’abeille ibérique), pour identifier les viromes présents dans
les ruchers et microbiotes d’un gradient couvrant le Sud du Portugal au Nord de la France. La thèse sera réalisée à
l’aide d’approches (i.e. écologie moléculaire, microscopie et cytomètre de flux) maîtrisées au sein du LMGE pour
l’identification et la caractérisation des virus associés aux colonies d’abeilles. Ce projet s’inscrit dans le cadre d’un
projet européen BIODIVERSA (ERA-Nets), BEEHOPE, qui vient de débuter en janvier 2015 pour une période de
trois ans. Les deux équipes partenaires, IHP et VMM, sont les coordonnatrices du volet « parasitisme » dans le
cadre du projet BEEHOPE.
Fontbonne et al., 2013. Comparative susceptibility of three Western honeybee taxons to the microsporidian
parasite Nosema ceranae. Inf. Genet. Evolut. 17:188–194.
Bouvy et al., 2011. Trophic interactions between viruses, bacteria and nanoflagellates under various nutrient
conditions and simulated climate change. Environ. Microbiol. 13:1842-1857.