Stage proposé par « Prénom NOM

Stage proposé par Geneviève JOLIVET
CR1 INRA
UMR Biologie du Développement et Reproduction
78350 Jouy-en-Josas
Téléphone : 01 34 65 25 44
Mail : [email protected]
Directeur du Laboratoire : Jean Paul Renard
Titre : Étude de la structure chromatinienne d’un locus de gènes.
Projet de stage :
L’équipe de Différenciation Cellulaire appartient à l’Unité de Biologie du Développement et
Reproduction dont le principal sujet d’étude est le développement précoce de l’embryon de
mammifère. Dans ce cadre, l’équipe DC s’intéresse aux modifications de la structure chromatinienne
d’un locus de gènes au cours du développement embryonnaire. Le locus comprend un gène de
protéine du lait (la protéine WAP, Whey Acidic Protein) encadré par des gènes à expression ubiquiste.
L’organisation génomique de ce locus est très conservée chez tous les mammifères. La première
partie de cette étude consiste à caractériser le profil en histone acétylée H4, histone méthylée H3 et
ADN méthylé dans divers tissus chez l’adulte, ces critères permettant d’estimer le taux d’ouverture
local de la chromatine et donc l’accessibilité à la transcription des gènes. Ces profils ont été déjà
obtenus chez la truie, mais il est difficile d’envisager une étude plus approfondie chez cette espèce,
l’obtention d’embryons n’étant pas envisageable chez la truie dans l’Unité. Il est donc nécessaire
d’obtenir ces profils chez une autre espèce de mammifère comme la souris ou le lapin.
Le sujet proposé consiste à déterminer par immunoprécipitaion de chromatine (ChIP) et d’ADN
génomique (MeDIP) les profils d’histones acétylées, méthylées et d’ADN méthylé. Ces travaux seront
réalisés sur des tissus de souris ou des cellules de souris en culture (cellules indifférenciées type ES
ou carcinome embryonnaire). Les travaux sont actuellement en cours mais ne seront pas achevés
avant l’arrivée d’un stagiaire en avril 2008. Cette étude pourra donner lieu ultérieurement à un stage
de M2, au cours duquel seront étudiées les modifications de la structure chromatinienne induites sur
des cellules indifférenciées en culture par divers facteurs in vitro.
Techniques mises en œuvre par le stagiaire :
Immunoprecipitation de chromatine (ChIP) et d’ADN (MeDIP).
Cultures cellulaires.
Le stagiaire serait accueilli par une équipe de 7 personnes (3 scientifiques et 4 ingénieurs ou
techniciens).
Publications du responsable de stage au cours des 5 dernières années :
Jolivet G, Pantano T, Houdebine LM. 2005. Regulation by the extracellular matrix (ECM) of prolactin-induced as1-casein gene
expression in rabbit primary mammary cells: Role of STAT5, C/EBP, and chromatin structure. Journal of Cellular Biochemistry
95:313-327
Pantano T, Jolivet G, Prince S, Menck-Le Bourhis C, Maeder C, Viglietta C, Rival S, Houdebine LM. 2002. Effect of the Rabbit
alphas1-Casein Gene Distal Enhancer on the Expression of a Reporter Gene in Vitro and in Vivo. Biochem. Bioph. Res. Comm.
290:53-61.
Pantano T, Rival-Gervier S, Prince S, Bourhis CM, Maeder C, Viglietta C, Houdebine LM, Jolivet G. 2003. In vitro and in vivo
effects of a multimerized alphas1-casein enhancer on whey acidic protein gene promoter activity. Mol Reprod Dev 65:262-8.
Rival-Gervier S, Thepot D, Jolivet G, Houdebine LM. 2003. Pig whey acidic protein gene is surrounded by two ubiquitously
expressed genes. Biochim Biophys Acta 1627:7-14.
Rival-Gervier S, Pantano T, Viglietta Cl, Maeder C, Prince S, Attal J, Jolivet G, Houdebine L-M. 2003. The Insulator Effect of
the 5’HS4 Region from the globin Chicken Locus on the Rabbit WAP Gene Promoter Activity in Transgenic Mice. Transgenic
Res. 12:723-730.
Saidi S, Rival-Gervier S, Daniel-Carlier N, Thepot D, Morgenthaler C, Viglietta C, Prince S, Passet B, Houdebine LM and
Jolivet G. 2007. Distal control of the pig whey acidic protein locus in transgenic mice. Gene. 401 :97-107.