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TEXTE DE LA PUBLICITE
Titre :
Accès à un séquenceur Illumina HiSeq2000 (ou HiSeq1000) pour AGAP DAVEM
Objet détaillé :
Demande d’accès à un séquenceur Illumina HiSeq2000 (ou HiSeq1000) pour l’UMR AGAP (équipe DAVEM) du centre de
Montpellier
Séquençage haut-débit en lecture « Paired-End » de 2 fois 100 nucléotides (minimum) pour 8 canaux de Flow Cell selon la
technologie Illumina/Solexa V 3.0. Prestation en « Ready to load »
Analyse de séquences de cDNA obtenus à partir de 80 génotypes de plantes cultivées et spontanées (10 génotypes /Lane).
Unité administrative :
Equipe DAVEM, UMR 1334 AGAP
Code référentiel inter EPST :
52.54 : services de séquençage
Caractéristiques du besoin (description, lieu d’exécution, durée, volume, etc.) :
Description :
Séquençage haut-débit en lecture « Paired-End » de 2 fois 100 nucléotides (minimum) pour 8 canaux de Flow Cell selon la
technologie Illumina/Solexa V 3.0. Prestation en « Ready to load »
Analyse de séquences de cDNA obtenus à partir de 80 génotypes de plantes cultivées et spontanées (10 génotypes /Lane).
L’équipe DAVEM de l’UMR AGAP souhaite avoir accès à un séquenceur Illumina HiSeq2000 (ou HiSeq1000) pour réaliser
une expérience de séquençage de fragments d’ADN selon la technologie Illumina/Solexa.
Le laboratoire de biologie moléculaire de l’équipe DAVEM réalisera les banques de cDNA selon un protocole propriétaire
dérivé de la technologie Illumina TruSeq à partir de 80 génotypes de plantes cultivées et spontanées.
Ces banques seront indexées par séries de 10.
Ces banques devront être pris en charge par la société de prestation de service de séquençage et déposées sur 8 lanes (10
banques/Lane) d’un séquenceur Illumina Hiseq2000 (ou HiSeq1000). Les séquences produites seront en lecture Paired-End de
2 fois 100 bases minimum et indexées selon les index officiels Illumina.
Il s’agit d’une prestation en « Ready to load ».
Prise en charges des banques de cDNA :
Cette étape concerne 80 génotypes de plantes cultivées et spontanées. Les 80 banques de cDNA produites sont réparties en 8
lots de 10 banques. Chaque lot concerne une espèce végétale particulière.
Pour chaque lot de 10 banques :
Envoi par l’équipe DAVEM de l’UMR AGAP à la société de prestation de séquençage de 10 banques de cDNA produite selon
un protocole propriétaire dérivé de la technologie Illumina TruSeq, indexées et mélangées en équi-proportions. Chaque lot de
10 banques est transmis en colis carboglace, fournis avec données de quantification, profil Bioanalyzer et toute informations
utiles.
Séquençage :
Pour chaque mélange de 10 banques :
-Séquençage de la banque totale de cDNA obtenue par mélange en équi-proportion des 10 banques de cDNA indexées,
-Utilisation d’1 canal de Flow Cell Illumina,
-Utilisation d’un séquenceur HiSeq2000 (ou HiSeq1000) Illumina,
-Lecture « Paired-End » de 2 fois 100 nucléotides (minimum),
-Lecture des index officiels Illumina
-Utilisation de la technologie Illumina/Solexa V 3.0
-Quantité de séquences lues garantie : 200 millions (100 millions de paires).
Les 8 mélanges de 10 banques devront être traités en simultanés, sur le même run de séquenceur.
Prestations de Bio-Informatique :
-Analyse des données à l’aide du pipeline bioinformatique Illumina (ou similaire) incluant obligatoirement le base calling,
-Démultiplexage des banques en 80 fichiers (8 x 10) fastq séparés, un par banque initiale,
-Livraison des données brutes et analysées (sauf fichiers images) sur disque dur externe ou liaison Internet sécurisée
Lieu de livraison : Equipe DAVEM, UMR 1334 AGAP, Bat.33, Centre INRA de Montpellier, 2 place Viala, 34060 Montpellier Cedex 1
Date souhaitée pour la livraison : Novembre/Décembre 2011
Négociation : NON
Adresse où l’on peut retirer un dossier (le cas échéant) :
Le texte de la publicité, la lettre de candidature (DC1) et la déclaration du candidat (DC2) - à remplir et à joindre à l’offre sont joints à la présente.
Remise des candidatures/offres (à préciser) et date limite de remise :
L'adresse où doivent parvenir les offres est la suivante :
Equipe DAVEM, UMR 1334 AGAP, Centre INRA de Montpellier, 2 place Viala, 34060 Montpellier Cedex 1
Date limite de remise des offres : 7 octobre 2011 avant 16 H 00.
Critères de sélection :
- Prix : 75% (note sur 20)
- Délai de livraison ou d’exécution : 15% (note sur 20)
- Valeur technique : 10% (note sur 20)
Contact principal :
D’ordre technique : Sylvain SANTONI - Tél : 04.99.61.27.45 – Fax : 04.67.04.54.15 – Courriel :
[email protected]
Autre contact (nom, prénom, adresse, tel, fax, courriel) :
D’ordre administratif : Annie DEMICHEL – Tél : 04.99.61.20.03 – Fax : 04.99.61.30.48 – Courriel : [email protected]