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TEXTE DE LA PUBLICITE
Titre :
Demande accès à un séquenceur Illumina HiSeq2000 ou HiSeq1000 pour AGAP DAVEM
Objet détaillé :
Accès à un séquenceur Illumina HiSeq2000 (ou HiSeq1000) pour AGAP-DAVEM du centre de Montpellier
Séquençage haut-débit en lecture "Paired-End" de 2 fois 75 nucléotides (minimum) pour 7 canaux de "Flow Cell" selon la
technologie Illumina/Solexa.
Analyse de séquences de cDNA obtenus à partir de 70 génotypes de plantes herbacées (10 génotypes /Lane).
Unité administrative :
Equipe DAVEM, UMR 1334 AGAP
Code référentiel inter EPST :
52.54 : services de séquençage
Caractéristiques du besoin (description, lieu d’exécution, durée, volume, etc.) :
Accès à un séquenceur Illumina HiSeq2000 (ou HiSeq1000)
Séquençage haut-débit en lecture "Paired-End" de 2 fois 75 nucléotides (minimum) pour 7 canaux de "Flow Cell"
selon la technologie Illumina/Solexa.
Analyse de séquences de cDNA obtenus à partir de 70 génotypes de plantes herbacées (10 génotypes /Lane).
L’équipe DAVEM de l’UMR AGAP souhaite avoir accès à un séquenceur Illumina HiSeq2000 (ou HiSeq1000) pour réaliser
une expérience de séquençage de fragments d’ADN selon la technologie Illumina/Solexa
Le laboratoire de biologie moléculaire de l’équipe DAVEM réalisera les banques de cDNA selon la technologie Illumina
TruSeq à partir de 70 génotypes de plantes herbacées.
Ces banques seront indexées par séries de 10.
Ces banques devront être pris en charge par la société de prestation de service de séquençage et déposées sur 7 lanes (10 banques/Lane) d’un séquenceur
Illumina Hiseq2000 (ou HiSeq1000). Les séquences produites seront en lecture Paired-End de 2 fois 75 bases minimum
Prise en charges des banques de cDNA
Cette étape concerne 70 génoypes de plantes herbacées. Les 70 banques de cDNA produites sont réparties en 7 lots de 10
banques. Chaque lot concerne une espèce végétale particulière.
Pour chaque lot de 10 banques :
Envoi par l’équipe DAVEM de l’UMR AGAP à la société de prestation de séquençage de 10 banques de cDNA produite selon
la technologie Illumina TruSeq, indexées et mélangées en équi-proportions. Chaque lot de 10 banques est transmis en colis
carboglace, fournis avec données de quantification, profil Bioanalyzer et toute informations utiles.
Séquençage
Pour chaque mélange de 10 banques
Séquençage de la banque totale de cDNA obtenue par mélange en équi-proportion des 10 banques de cDNA indexées.
Utilisation d’1 canal de Flow Cell Illumina
Utilisation d’un séquenceur HiSeq2000 (ou HiSeq1000) Illumina.
Lecture « Paired-End » de 2 fois 75 nucléotides (minimum)
Quantité de séquences lues garantie : 80 millions (40 millions de paires).
Les 7 mélanges de 10 banques devront être traités en simultanés, sur le même run de séquenceur
Prestations de Bio-Informatique
Analyse des données à l’aide du pipeline bioinformatique Illumina (ou similaire) incluant obligatoirement le base calling.
Démultiplexage des banques en 70 fichiers (7 x 10) fastq séparés, un par banque initiale.
Livraison des données brutes et analysées (sauf fichiers images) sur disque dur externe ou liaison Internet sécurisée
Lieu de livraison : Equipe DAVEM, UMR 1334 AGAP, Bat.33, Centre INRA de Montpellier, 2 place Viala, 34060 Montpellier Cedex 1
Date souhaitée pour la livraison : Juin/Juillet 2011
Négociation : NON
Adresse où l’on peut retirer un dossier (le cas échéant) :
Le texte de la publicité, la lettre de candidature (DC1) et la déclaration du candidat (DC2) - à remplir et à joindre à l’offre sont joints à la présente.
Remise des candidatures/offres (à préciser) et date limite de remise :
L'adresse où doivent parvenir les offres est la suivante :
Equipe DAVEM, UMR 1334 AGAP, Centre INRA de Montpellier, 2 place Viala, 34060 Montpellier Cedex 1
Date limite de remise des offres : 6 juin 2011 avant 16 H 00.
Critères de sélection :
- Valeur technique (10%) - note sur 20
- Délai de livraison ou d’exécution (15%) - note sur 20
- Prix (75%) - note sur 20
Contact principal :
D’ordre technique : Sylvain SANTONI - Tél : 04.99.61.27.45 – Fax : 04.67.04.54.15 – Courriel :
[email protected]
Autre contact (nom, prénom, adresse, tel, fax, courriel) :
D’ordre administratif : Annie DEMICHEL – Tél : 04.99.61.20.03 – Fax : 04.99.61.30.48 – Courriel : [email protected]