Proposition de stage de master 2 : Analyse de la biodiversité des mammifères marins dans l'écosystème particulièrement riche des côtes de la Mauritanie et du Sénégal. Le laboratoire BioGeMME (Biologie et Génétique des Mammifères Marins) de l'Université de Brest collabore avec le programme Biodiversité Gaz Pétrole de l'état Mauritanien (voir par exemple http://www.notremerprofonde.org/) afin d'étudier la biodiversité des mammifères marins le long des côtes de Mauritanie et dans l'avenir proche, du Sénégal. Ces côtes, du fait de l'existence du courant des Canaries, possèdent un écosystème extrêmement riche, dont le réseau trophique est "dopé" par un upwelling. La diversité spécifique des prédateurs supérieurs y est particulièrement riche (au moins un trentaine d'espèces de mammifères marins par exemple). Dans le cadre du programme "BGP", des transects trimestriels permettent de récolter des échantillons de mammifères marins échoués le long des côtes. Des accords "Cites" ont été obtenus, afin que ces échantillons soient envoyés à Brest, au Laboratoire BioGeMME pour détermination spécifique par des approches de type code-barre de l'ADN. Le(la) Master 2 s'impliquera dans les techniques d'extraction, d'amplification et de séquençage de l'ADN de ces échantillons. Il (elle) exploitera ces résultats en termes d'identification d'espèces. Pour certaines espèces, notamment le marsouin commun, il (elle) étudiera aussi les variations intra spécifiques, afin de déterminer l'existence éventuelle de populations génétiquement distinctes. Ces résultats se concrétiseront notamment sous la forme d'un catalogue de biodiversité des mammifères marins, qui viendra s'ajouter à ceux dressés dans le cadre du programme BGP. Ce catalogue servira à la conservation de cet écosystème riche, mais aussi particulièrement menacé actuellement par les activités anthropiques. Le laboratoire BioGeMME est un laboratoire de l'université de Brest, spécialisé dans les approches d'écologie moléculaire pour étudier les mammifères marins. Le(la) candidate souhaite réaliser un stage de Master 2 portant sur la génétique des populations et la biodiversité des mammifères marins. Il(elle) souhaite mettre en oeuvre des techniques de travail sur l'ADN, incluant le travail sur échantillons difficiles et les levées de verrous techniques. Si possible, il(elle) aura déjà aune première expérience de travail en laboratoire sur l'ADN. Il(elle) sera particulièrement motivé(e) la dimension appliquée à la conservation du milieu marin de ce travail. Quelques publications récentes en lien avec le sujet Méheust E., Alfonsi E., Le Menec P., Hassani S. & Jung J.-L. (sous presse) DNA-barcoding identification of soft remains of prey in the stomach contents of grey seals (Halichoerus grypus) and harbour porpoises (Phocoena phocoena). Marine Biology Research. Mullié, W. C., Wagné, M. M., Elmamy, C. A. A., Yahya, F. M., Venn, J. & Van Waerebeek, K. (2013). Large number of stranded harbour porpoises Phocoena phocoena as by-catch victims in Mauritania. SC/65a/HIM03 1– 5. Van Waerebeek K., Djiba A., Krakstad J.-O., Samba Ould Bilal A., Almeida A. and Mass Mbye E. (2013) New evidence for a South Atlantic stock of humpback whales wintering on the Northwest African continental shelf. African Zoology 48 (1): 177-186. Alfonsi E.*, Méheust E.*, Fuchs S., Carpentier F.-G., Quillivic Y., Viricel A., Hassani S., & Jung J.-L. (2013) The use of DNA barcoding to monitor the marine mammal biodiversity along the French Atlantic coast. Zookeys, 365: 5–24. Alfonsi E., Hassani S., Carpentier F.-G., Le Clec’h J.-Y., Dabin W., Van Canneyt O., Fontaine M.C., & Jung J.L. (2012) A European melting pot of harbour porpoise in the French Atlantic coasts inferred from mitochondrial and nuclear data. PLoS ONE, 7: e44425. doi:10.1371/journal.pone.0044425.t001. Contacts : Laboratoire BioGeMME Jean-Luc Jung, [email protected] Programme BGP : Wim C Mullié, [email protected] Frédéric Marret, [email protected] COREWAM Koen Van Waerebeek, [email protected]