sujet 2014

Proposition de stage de master 2 : Analyse de la biodiversité des mammifères marins
dans l'écosystème particulièrement riche des côtes de la Mauritanie et du Sénégal.
Le laboratoire BioGeMME (Biologie et Génétique des Mammifères Marins) de l'Université
de Brest collabore avec le programme Biodiversité Gaz Pétrole de l'état Mauritanien (voir par
exemple http://www.notremerprofonde.org/) afin d'étudier la biodiversité des mammifères
marins le long des côtes de Mauritanie et dans l'avenir proche, du Sénégal.
Ces côtes, du fait de l'existence du courant des Canaries, possèdent un écosystème
extrêmement riche, dont le réseau trophique est "dopé" par un upwelling. La diversité
spécifique des prédateurs supérieurs y est particulièrement riche (au moins un trentaine
d'espèces de mammifères marins par exemple).
Dans le cadre du programme "BGP", des transects trimestriels permettent de récolter des
échantillons de mammifères marins échoués le long des côtes. Des accords "Cites" ont été
obtenus, afin que ces échantillons soient envoyés à Brest, au Laboratoire BioGeMME pour
détermination spécifique par des approches de type code-barre de l'ADN.
Le(la) Master 2 s'impliquera dans les techniques d'extraction, d'amplification et de
séquençage de l'ADN de ces échantillons. Il (elle) exploitera ces résultats en termes
d'identification d'espèces. Pour certaines espèces, notamment le marsouin commun, il (elle)
étudiera aussi les variations intra spécifiques, afin de déterminer l'existence éventuelle de
populations génétiquement distinctes.
Ces résultats se concrétiseront notamment sous la forme d'un catalogue de biodiversité des
mammifères marins, qui viendra s'ajouter à ceux dressés dans le cadre du programme BGP.
Ce catalogue servira à la conservation de cet écosystème riche, mais aussi particulièrement
menacé actuellement par les activités anthropiques.
Le laboratoire BioGeMME est un laboratoire de l'université de Brest, spécialisé dans les
approches d'écologie moléculaire pour étudier les mammifères marins.
Le(la) candidate souhaite réaliser un stage de Master 2 portant sur la génétique des
populations et la biodiversité des mammifères marins. Il(elle) souhaite mettre en oeuvre des
techniques de travail sur l'ADN, incluant le travail sur échantillons difficiles et les levées de
verrous techniques. Si possible, il(elle) aura déjà aune première expérience de travail en

laboratoire sur l'ADN. Il(elle) sera particulièrement motivé(e) la dimension appliquée à la
conservation du milieu marin de ce travail.
Quelques publications récentes en lien avec le sujet
Méheust E., Alfonsi E., Le Menec P., Hassani S. & Jung J.-L. (sous presse) DNA-barcoding identification of soft
remains of prey in the stomach contents of grey seals (Halichoerus grypus) and harbour porpoises (Phocoena
phocoena). Marine Biology Research.
Mullié, W. C., Wagné, M. M., Elmamy, C. A. A., Yahya, F. M., Venn, J. & Van Waerebeek, K. (2013). Large
number of stranded harbour porpoises Phocoena phocoena as by-catch victims in Mauritania. SC/65a/HIM03 1–
5.
Van Waerebeek K., Djiba A., Krakstad J.-O., Samba Ould Bilal A., Almeida A. and Mass Mbye E. (2013) New
evidence for a South Atlantic stock of humpback whales wintering on the Northwest African continental shelf.
African Zoology 48 (1): 177-186.
Alfonsi E.*, Méheust E.*, Fuchs S., Carpentier F.-G., Quillivic Y., Viricel A., Hassani S., & Jung J.-L. (2013)
The use of DNA barcoding to monitor the marine mammal biodiversity along the French Atlantic coast.
Zookeys, 365: 5–24.
Alfonsi E., Hassani S., Carpentier F.-G., Le Clec’h J.-Y., Dabin W., Van Canneyt O., Fontaine M.C., & Jung J.-
L. (2012) A European melting pot of harbour porpoise in the French Atlantic coasts inferred from mitochondrial
and nuclear data. PLoS ONE, 7: e44425. doi:10.1371/journal.pone.0044425.t001.
Contacts :
Laboratoire BioGeMME
Jean-Luc Jung, [email protected]
Programme BGP :
Wim C Mullié, [e-mail]
Frédéric Marret, [e-mail]
COREWAM
Koen Van Waerebeek, [email protected]