Rapport d`activité de l`année d`exercice 2012 - École du Val-de

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Plan du rapport annuel
d’activité
2013
Centre de national de référence
des ARBOVIRUS
CNR coordonnateur
IRBA Marseille
Responsable : I. Leparc-Goffart
CNR Laboratoire associé
Région Antilles Guyane
Institut Pasteur de Guyane
Responsable : D. Rousset
CNR Laboratoire associé
Région Océan Indien
CHU Saint Denis Réunion
Responsable : M-C. Jaffar-Bandjee
Année d’exercice
2012

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Résumé analytique
Les maladies virales transmises par des arthropodes hématophages (arboviroses)
rassemblent un grand nombre de pathologies affectant différentes espèces animales et/ou
l’homme. Pour certaines de ces pathologies, l’impact en santé publique et les répercussions
économiques peuvent être conséquentes tant du point de vue santé humaine qu’animale.
Elles présentent un potentiel avéré d'émergence ou d'extension à de nouveaux territoires, y
compris en zone tempérée, du fait de la présence de vecteurs. Devant le peu de moyens
prophylactiques et l’absence de traitement spécifique, la lutte contre ces maladies repose sur
des dispositifs de surveillance et d’alerte associés à une gestion du risque vectoriel. Du point
de vue géographique, certaines de ces infections circulent de façon quasi-permanente dans
la zone inter-tropicale (Dengue), d’autres sont en progression lente mais continue (Fièvre de
la Vallée du Rift), d’autres encore ont émergées dans les pays de l’hémisphère Nord (West
Nile, Chikungunya), certaines s’y étant implantées de façon pérenne (Toscana dans le sud
de la France). La colonisation de nouvelles zones géographiques par les arthropodes
vecteurs soulève de nouvelles questions en termes d’évaluation de risque sanitaire.
Situation en France Métropolitaine :
A l’heure actuelle, trois arboviroses (West Nile, Encéphalite à Tique, Toscana) sont
reconnues comme endémiques en France métropolitaine. Cette année le premier cas mortel
d’infection par le virus de l’encéphalite à tique a été diagnostiqué dans le nord-est de la
France (publication en cours).
L’implantation du vecteur Aedes albopictus dans des départements du sud de la France a
justifié la mise en place d’un dispositif de surveillance des cas d’importation du chikungunya
et de la dengue depuis 2006. L’année 2012, de par l’augmentation du nombre de
département où Ae. albopictus est implanté (11 départements), a montré la limite de
faisabilité du plan, avec un engorgement des différents acteurs de la surveillance, dont le
CNR.
Hors métropole :
La situation épidémiologique de la Dengue aux Antilles est restée calme en 2012 comme en
2011, après une année 2010 marquée par deux épidémies majeures en Martinique et en
Guadeloupe. Le nombre de cas suspects de Dengue ainsi que le nombre de cas
biologiquement confirmés y sont restés tout au long de l’année en deçà des valeurs
maximales attendues même si une augmentation d’activité a été observée en fin d’année.
Les 4 sérotypes de Dengue ont été détectés en Guadeloupe sans prédominance de l’un
d’entre eux. Dans les Iles du Nord, Saint-Martin et Saint-Barthélemy, une augmentation des
indicateurs épidémiologiques a également été observée en fin d’année avec à Saint Martin le
dépassement des valeurs maximales attendues. Cette augmentation d’activité était associée
à une circulation majoritaire du sérotype DENV-4. Ce sérotype DENV-4 n’ayant pas circulé
depuis plusieurs années au sein de ces deux îles, sa réapparition incite à la vigilance.
En Guyane, l’année 2012 a été marquée par une augmentation d’activité de la Dengue au
second semestre avec une épidémie déclarée dans le secteur de Kourou à partir de la fin du
mois de septembre. Sur le plan virologique, 3 sérotypes de dengue (sérotypes 1, 2 et 4) ont
co-circulé tout au long de l’année avec toutefois une nette prédominance du sérotype 2
notamment impliqué dans l’épidémie sur le secteur de Kourou.
Situation dans l’Océan Indien
La surveillance des arbovirus dans cette région du monde est essentiellement focalisée sur
les virus Chikungunya, Dengue, West Nile et la Fièvre de la Vallée du Rift. Aucun cas
d’infection par le virus Chikungunya n’a été détecté à la Réunion, mais deux cas d’infection
ont été confirmés dans la région (1 à Mayotte et 1 à Madagascar). Pour la Fièvre de la
Vallée du Rift, un cas a été diagnostiqué en provenance des Comores (publication en cours).
Enfin pour le virus de la Dengue, une réémergence a eu lieu en 2012 avec 20 cas
autochtones et deux sérotypes circulants : sérotype 1 et sérotype 3. La mise en évidence de

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deux chaines distinctes de transmission virale, montre bien que la situation de la Réunion
vis-à-vis de la Dengue est très sensible et que la surveillance et la lutte anti-vectorielle est
fondamentale.
Situation mondiale
La détection d’infection par des arbovirus chez des voyageurs et l’activité spécifique du CNR
coordonnateur dans le diagnostic des infections qui touchent les militaires en opération
extérieure nous permettent d’avoir une image assez représentative de la circulation des
arbovirus dans le monde et en particulier en Afrique où ils sont sous-diagnostiqués. Nous
avons ainsi pu détecter un cas d’infection par le virus de la Fièvre de la Vallée du Rift en
provenance des Comores, une infection par le virus West-Nile en provenance d’Algérie et
enfin la dynamique de circulation de la dengue à Djibouti avec l’émergence de la Dengue de
sérotype 3 en 2012 après une circulation active du sérotype 1.

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1 Mission & organisation du CNR et des laboratoires associés
1.1 Rappel des missions et objectifs majeurs du CNR et des laboratoires associés
Voir Annexe 1
1.2 Organisation des équipes du CNR et des laboratoires associés
Voir Annexe 1
1.3 Organisation et description des locaux et des équipements du CNR et des
laboratoires associés
Voir Annexe 1
1.4 Description de la démarche qualité du CNR et des laboratoires associés
Tous les laboratoires du CNR des arbovirus sont rentrés dans le processus d’accréditation
selon la norme des laboratoires de biologie médicale NF EN ISO 15189. Ce processus
représente un challenge économique tout d’abord, car le coût d’un audit COFRAC par
exemple est très élevé, et humain d’autre part, car toutes les techniques de diagnostic pour
les arbovirus utilisées sont des techniques dites « maison », à accréditer en portée B. Pour
rappel, les techniques CNR sont des techniques uniques afin d’adapter au mieux le
diagnostic des arbovirus aux souches circulantes et à leurs mutations, exigence qui ne peut
être remplie par des kits commerciaux.
1.4.1 Laboratoire coordonnateur CNR arbovirus, IRBA Marseille
Accréditation 15189 :
Nous sommes engagés avec la Fédération des Laboratoires de l’Hôpital d’Instruction des
Armées Laveran dans l’accréditation selon la norme NF EN ISO 15189. En 2013, le CNR
des Arbovirus rejoindra la fédération des laboratoires de l’hôpital d’instruction des armées
Laveran à Marseille, au sein de l’unité de l’IRBA-ERRIT (Equipe Résidante de Recherche en
Infectiologie Tropicale). Le CNR est inscrit dans le calendrier d’accréditation de la fédération
des laboratoires de l’hôpital, avec pour objectif l’accréditation des techniques de RT-PCR en
temps réel en 2014, et des techniques de sérologie en 2015. Dans cet objectif, en 2012, le
CNR a réalisé les travaux suivants : évaluation d’un contrôle interne d’extraction de l’ARN,
changement de la procédure de validation des antigènes utilisés en sérologie, étude de la
stabilité des antigènes aux changements en température.
Contrôles qualités externes :
1. ENIVD
Le laboratoire a participé au contrôle qualité externe organisé par l’ENIVD (European
Network for Diagnostic of Imported Viral Diseases) portant sur la PCR en temps réel pour le
virus de la fièvre de la vallée du Rift (RVFV). Nous avons détecté toutes les souches de
RVFV de cette étude collaborative quelle que soit la concentration et nous n’avons eu aucun
faux positif sur le virus Sand Fly et les contrôles négatifs.
2. SEGA
Le réseau SEGA est le réseau de Surveillance Epidémiologique et de Gestion des Alertes de
l’Océan Indien. Nous avons été invités à être laboratoire référent de ce réseau, et à
participer en plus à un contrôle qualité pour la RT-PCR chikungunya et dengue à partir de
sang sur buvard. Les résultats sont en cours d’analyse (résultats dans le rapport d’activité
2013).
3. Exercice international GHSAG
En 2001, à la suite des attentats du 11 septembre, les pays du G7 (Allemagne, Canada,
France, Royaume-Uni (RU), Japon, Italie et USA), en partenariat avec le Mexique, la

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Commission Européenne (CE) et l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), ont initié une
collaboration portant sur la détection précoce des menaces dans les domaines biologique,
chimique, radio-nucléaire (NRBC) et de la grippe pandémique, la "Global Health Security
Initiative". Un groupe de travail, le "Global Health Security Action Group" (GHSAG), a été
institué.
Dans le cadre de ce groupe, l’Institut de Recherche Biomédicale des Armées a représenté la
France pour un exercice biologique. Il s’agissait d’identifier l’agent pathogène présent dans
un échantillon accompagné d’un scénario. Nous avons réussi totalement cet exercice avec la
détection dans les différents échantillons animaux et humains du virus de la fièvre de la
Vallée du Rift (RVFV). Nous avons pu aussi déterminer que la souche utilisée pour cet
exercice était la souche vaccinale MP12 du RVFV.
1.4.2 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Antilles Guyane, Institut Pasteur de
Guyane
En 1996, les Centres Nationaux de Référence (CNR) de l’Institut Pasteur ont entrepris une
démarche qualité pour suivre le référentiel GBEA et, depuis 2008, dans le cadre des
inspections ANSM, les exigences des arrêtés du 30 juillet 2004 et du 16 juillet 2007 liés aux
Micro-Organismes et Toxines (MOT). Conformément à l’ordonnance n°2010-49 du 13 janvier
2010 relative aux activités de biologie médicale, le laboratoire s’est engagé dans le
processus d’accréditation au référentiel NF EN ISO 15189, avec pour objectif une
accréditation partielle en 2014 et quasi complète avant le 1er novembre 2016. Le laboratoire
associé bénéficie de l’accompagnement méthodologique et technique du service Hygiène,
Sécurité, Qualité et Environnement de l’Institut Pasteur à Paris et d’un prestataire de service,
PREISO qui suit les avancées du laboratoire dans ce processus d’accréditation.
1.4.3 Laboratoire associé CNR arbovirus, région Océan Indien, CHU Saint Denis Réunion
Le laboratoire du CNR associé de la Réunion fait partie intégrante du laboratoire de
microbiologie du l’hôpital Félix Guyon du CHU de la Réunion. Le laboratoire du CHU a mis
en place une politique Qualité depuis 2008. Il vient d’obtenir l’Attestation de Qualification le
18 février 2013 par BioQualité, lui permettant de respecter la première échéance
réglementaire de "preuve d'entrée dans la démarche d'accréditation" fixée au 1er novembre
2013. Concernant l’activité de CNR, des contrôles de qualité externes ont été mis en place
avec le CNR de Marseille, et il a aussi participé à un contrôle de qualité organisé par le
groupe SEGA « Réseau de Surveillance et d’Investigation des Epidémies ».
2 Activités d’expertise
2.1 Capacités techniques du CNR et des laboratoires associés
Voir Annexe 1
o Techniques développées en 2012
- Développement et validation de la détection de l’ARN des arbovirus à partir de sang sur
buvard. Cette technique est utilisée en routine pour la surveillance de la dengue à Saint
Barthélémy et Saint Martin.
- Développement et validation d’un nouveau système de RT-PCR de sérotypage pour les
virus de la dengue 4 pour permettre la détection de toutes les souches de virus de dengue
de sérotype 4 circulant dans le monde actuellement. La publication de nombreuses
séquences de virus de la dengue sérotype 4 sur genbank montrait que le système développé
en 2008 ne permettait pas la détection d’un certain nombre de souches circulant
actuellement dans le monde.