Table des Matières

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Table des Matières
RESUME ............................................................................................................................................................... 5
SUMMARY........................................................................................................................................................... 6
REMERCIEMENTS ............................................................................................................................................ 7
TABLE DES MATIERES.................................................................................................................................... 9
LISTE DES MANUSCRITS.............................................................................................................................. 11
PREFACE............................................................................................................................................................ 13
INTRODUCTION GENERALE....................................................................................................................... 17
A. LES MALADIES EMERGENTES ..................................................................................................................... 17
1. Importance des maladies émergentes...................................................................................................... 17
2. Classification et étude des maladies émergentes..................................................................................... 19
3. L’éco-épidémiologie au service de l’étude des maladies émergentes ..................................................... 20
B. LES VIRUS INFLUENZA AVIAIRE.................................................................................................................. 23
1. Aspects moléculaires des virus influenza aviaires (IA)........................................................................... 23
2. Eco-épidémiologie des virus Influenza aviaires faiblement pathogènes ................................................. 23
3. Eco-épidémiologie des virus Influenza aviaire hautement pathogènes et du H5N1 HP.......................... 26
C. LE DELTA INTERIEUR DU NIGER AU MALI ET SA COMMUNAUTE D’OISEAUX SAUVAGES ........................ 32
1. Le Delta Intérieur du Niger (DIN) .......................................................................................................... 32
2. La communauté d’oiseaux sauvages du DIN........................................................................................... 34
3. Bilan des caractéristiques du DIN et de sa communauté d’oiseaux d’eau sauvages relatif à la
circulation des virus influenza aviaire ........................................................................................................ 37
D. QUESTIONS DE RECHERCHE, MATERIEL ET METHODE GENERAL, ET PLAN DE LA THESE ........................ 37
1. Questions de recherche de la thèse ......................................................................................................... 37
2. Matériels et méthodes généraux.............................................................................................................. 38
3. Hypothèses de travail et structure de la thèse......................................................................................... 43
CHAPITRE 1 - ETUDE DES VIRUS DE L’INFLUENZA AVIAIRE FAIBLEMENT PATHOGENE ET
DU VIRUS DE LA MALADIE DE NEWCASTLE COMME MODELES POUR LE H5N1 HP. .............. 51
A. ETUDE ECOLOGIQUE ET EPIDEMIOLOGIQUE DES VIRUS INFLUENZA AVIAIRES FAIBLEMENT PATHOGENES
CHEZ LES OISEAUX SAUVAGES DU DIN COMME MODELE DE CIRCULATION DU H5N1 HP........................... 51
1. Comparaison de l’éco-épidémiologie des virus Influenza aviaires faiblement pathogènes et du H5N1 HP
..................................................................................................................................................................... 51
2. Suivi éco-épidémiologique longitudinal des virus Influenza aviaires faiblement pathogènes dans le DIN
..................................................................................................................................................................... 53
3. Conclusions sur la circulation des virus Influenza aviaires faiblement pathogènes dans le DIN relatives
à la circulation potentielle du H5N1 HP..................................................................................................... 63

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B. ETUDE ECOLOGIQUE ET EPIDEMIOLOGIQUE DES VIRUS VIRULENTS DE LA MALADIE DE NEWCASTLE
CHEZ LES OISEAUX SAUVAGES DU DIN COMME MODELE DE CIRCULATION DU H5N1 HP........................... 65
1. Les virus de la Maladie de Newcastle ..................................................................................................... 65
2. Comparaison de l’éco-épidémiologie des virus virulents de la maladie de Newcastle et du H5N1 HP . 68
3. Suivi éco-épidémiologique longitudinal des virus virulents de la maladie de Newcastle dans le DIN ... 70
4. Conclusions sur la circulation des virus virulents de la maladie de Newcastle dans le DIN relatives à la
circulation potentielle du H5N1 HP............................................................................................................ 74
CHAPITRE 2 - ETUDE DE L’INTRODUCTION POTENTIELLE DU H5N1 VIA L’AVIFAUNE
SAUVAGE DU DIN............................................................................................................................................ 81
A. ROLE DE L’AVIFAUNE SAUVAGE DANS LA PROPAGATION DU H5N1 HP ................................................... 81
B. UN NOUVEL OUTIL EPIDEMIOLOGIQUE : LA TELEMETRIE SATELLITAIRE................................................ 82
1. Programme de suivi satellitaire d’anatidés sauvages en Afrique............................................................ 82
2. Premiers éléments de réponse issus de la télémétrie satellitaire........................................................... 101
C. EVALUATION DE LA PORTEE POTENTIELLE DE PROPAGATION DU H5N1 PAR L’AVIFAUNE SAUVAGE... 102
CHAPITRE 3 - SURVEILLANCE D’UNE CIRCULATION POTENTIELLE DU H5N1 DANS
L’AVIFAUNE SAUVAGE DU DIN................................................................................................................ 123
CHAPITRE 4 - INFECTION POTENTIELLE DE L’AVIFAUNE DOMESTIQUE PAR L’AVIFAUNE
SAUVAGE......................................................................................................................................................... 143
A. TRANSMISSION PAR CONTACT INDIRECT ................................................................................................. 143
B. TRANSMISSION VIA LA CHASSE TRADITIONNELLE................................................................................... 160
DISCUSSION GENERALE............................................................................................................................. 167
1. Bilan sur le risque d’émergence du H5N1 HP dans le DIN via la faune sauvage ................................ 168
2. Variabilité du risque d’émergence du H5N1 HP dans le DIN .............................................................. 169
3. De l’intérêt de travailler sur l’IA au Mali en comparaison de la MN................................................... 173
4. Apports à l’étude des maladies émergentes impliquant la faune sauvage............................................. 174
PERSPECTIVES .............................................................................................................................................. 177
1. L’écologie de la transmission................................................................................................................ 177
2. Application à l’étude d’un pathogène émergeant dans une communauté d’hôtes................................. 179
3. De nouvelles méthodes pour la mesure et la prise en compte des paramètres de transmission............ 181
POSTFACE....................................................................................................................................................... 183
BIBLIOGRAPHIE............................................................................................................................................ 185
ANNEXES ......................................................................................................................................................... 191