La présente étude concerne quatre ports représentatifs de la côte est algérienne (Alger Béjaïa, Ancien Port et Nouveau Port de Skikda), elle porte sur une analyse descriptive de la macrofaune benthique, de ses conditions du milieu et sur un certain nombre d’analyses de la structure des peuplements réalisés à partir de méthodes classiques et de méthodes récentes relativement peu utilisées en benthologie. Une description détaillée des quatre ports est présentée de même que la méthodologie classique adoptée pour le traitement des différents prélèvements de la macrofaune benthique. Ces prélèvements concernent un cycle annuel de 1983-1984, et d’autres prélèvements effectués en 1995, 1996, 1997 et 2000. L’analyse descriptive et la mise en oeuvre de technique d’analyse d’ordination classique et récente ont aidé à la connaissance de ces types de milieu perturbé. La charge polluante, l’oxygène dissous, la profondeur, la température et dans une moindre mesure la salinité sont les paramètres environnementaux qui interviennent dans l’organisation structurale des peuplements. L’analyse dynamique des peuplements des différents ports étudiés a permis de classer les 422 espèces rencontrées en cinq groupes écologiques : les indicatrices de pollution d’ordre 1 (IP1), les indicatrices de pollution d’ordre 2 (IP2), les espèces à large répartition écologique (Lre), les espèces indicatrices d'instabilité (ind inst) et les espèces sans signification écologique précise (Sspr). Par ailleurs les mêmes espèces ont été classées selon les quatre groupes trophiques suivants : les suspensivores (S), les déposivores de surface (DS), les déposivores de sub-surface (DSS) et les carnivores (C). La composition faunistique et la signification écologique de chaque espèce ou groupe d’espèce des peuplements du port d’Alger ont permis de déterminer sept zones de pollution suivant un gradient décroissant de pollution : pollution maximale (PM), transition 1 (T1), polluée (P), transition 2 (T2), déséquilibre (D), transition 3 (T3) et normal (N). Ce gradient met en évidence la spécificité de chaque bassin avec des régressions et transgressions des différentes zones, des secteurs les plus confinés vers la sortie des ports. Pour les ports de Béjaïa et Skikda, les trois dernières zones se retrouvent révélant une certaine similitude entre ces ports et le bassin du Vieux Port d’Alger. Deux périodes, l’une chaude (printemps, été) l’autre froide (automne, hiver), ont été constatées. La variabilité spatiale a révélé une diminution de la diversité des peuplements de l’entrée des ports vers les milieux confinés. L’ensemble des ces résultats a permis une modélisation synthétique des milieux perturbés ou anthropiques conforme aux modèles d’organisation générale des peuplements des milieux portuaires et perturbés. Ainsi après avoir déterminé quatre états d’équilibre (Fort déséquilibre, déséquilibre, léger déséquilibre et équilibre) et trois structures des peuplements (Non structuré, peu structuré et structuré), nous avons dégagé et défini à partir de la dynamique des peuplements et de la stratégie d’adaptation des espèces, deux types d’évolution des structures (Type 1 : de non structuré à peu structuré ; Type 2 : de peu structuré à structuré).