2. La classification des organismes vivants et des virus

Microbiologie en Santé et l’Agriculture: Un Cours de Microbiologie Générale
Guy R. Knudsen, Ph.D., J.D., et Louise-Marie Dandurand, Ph.D., Université d’Idaho, USA
2. La classification des organismes vivants et des
virus
2a. La classification des organismes vivants
Dans la taxonomie moderne, il y a « 3 domaines » du vivant: Eubactéries, Archées,
Eucaryotes.
Dans une classification taxonomique précédente mais encore couramment utilisée, on parle
de « 6 royaumes » du vivant (taxonomie classique) : Archées, Eubactéries, Protistes,
Champignons, Animaux, et Plantes.
La cellule est une structure physique qu'on retrouve chez tous les êtres vivants.
Procaryotes : Archées, Eubactéries (2 royaumes, cellule sans noyau)
Les procaryotes (les Archées, les Eubactéries) sont des organismes unicellulaires dont les
dimensions sont de l'ordre du micromètre; on doit donc utiliser un microscope pour les
observer.
Les cellules procaryotes sont formés d'une cellule unique dépourvue de noyau.
Les formes des procaryotes, en particulier les bactéries, variées. On distingue des formes
rondes ou coques (coccus en latin, au pluriel cocci), des formes allongées en bâtonnet ou
bacilles, des formes intermédiaires ou coccobacilles, ou des formes plus ou moins spiralées.
Eucaryotes : Protistes, Plantes, Champignons, Animaux (4 règnes).

Microbiologie en Santé et l’Agriculture: Un Cours de Microbiologie Générale
Guy R. Knudsen, Ph.D., J.D., et Louise-Marie Dandurand, Ph.D., Université d’Idaho, USA
Les cellules eucaryotes possèdent une organisation cellulaire complexe caractérisée
principalement par l'existence d'un noyau.
Les Virus : Nous allons étudier aussi les virus : ils sont microscopique (Figure 1. Des
particules de virus de l'hépatite B. Photo: CDC/Dr. Erskine Palmer), et causent
plusieurs maladies. Mais, ils n’ont pas de cellule, et peuvent reproduire seulement avec
l’aide d’un hôte, alors on dit qu’ils sont non-vivant.
L’ arbre phylogénétique
Les premières classifications des formes de vie étaient basées sur beaucoup de choses, y
compris les philosophies religieuses et parfois sur des observations du monde qui nous
entoure.
Aristote, il ya plus de 2000 ans, a arrangé les choses vivantes seulement en deux grands
groupes: les animaux et les plantes
Alors que les scientifiques ont amélioré leurs capacités d'observation et découvert le sens
de fossiles, nos vues anciennes de l'arbre de vie ont été secoués, et un nouvel arbre est
émergé.
Charles Darwin pensait que la phylogénie, c'est-à-dire l'étude de l'évolution des organismes
vivants en vue d'établir leur parenté et leurs relations, pouvait être représentée sous la
Figure 1. Des particules de virus de
l'hépatite B. Photo: CDC/Dr. Erskine
Palmer

Microbiologie en Santé et l’Agriculture: Un Cours de Microbiologie Générale
Guy R. Knudsen, Ph.D., J.D., et Louise-Marie Dandurand, Ph.D., Université d’Idaho, USA
forme d'un arbre de vie, ou arbre évolutif ; donc nous nommons cette arbre <<l'arbre
phylogénétique>> (Figure 2).
2b. La diversité métabolique des procaryotes
Nous pouvons distinguer certaines caractéristiques métaboliques des organismes :
(S'il vous plaît apprenez ces termes, ils sont très importants !)
- autotrophes : obtiennent leur carbone de CO2 (avec la
photosynthèse, d’autres méthodes)
vs.
- hétérotrophes : doivent obtenir leur carbone des autres organismes
Figure 2. L’arbre phylogénétique montre les relations génétiques (les
ancêtres et descendants) des organismes vivants. (NASA Astrobiology
Institute).

Microbiologie en Santé et l’Agriculture: Un Cours de Microbiologie Générale
Guy R. Knudsen, Ph.D., J.D., et Louise-Marie Dandurand, Ph.D., Université d’Idaho, USA
- phototrophes : obtiennent leur énergie avec photosynthèses
vs.
- chimiotrophes : obtiennent leur énergie de les chimiques
-aérobies : ont besoin de l’oxygène, O2
vs.
-anaérobies : n’ont pas besoin de l’oxygène parce qu’ils respirent les autres chimiques.
Les animaux, les champignons, et les plantes, ont moins de diversité métabolique :
Par exemple, les animaux sont tous des organismes hétérotrophes, et ils sont tous des
organismes chimiotrophes, et ils sont tous des organismes aerobies.
Les champignons, comme les animaux, sont tous des organismes hétérotrophes, et ils sont
tous des organismes chimiotrophes, et ils sont presque tous des organismes aerobies.
Par contraste, les plantes sont tous des organismes autotrophes, et ils sont (presque) tous
des organismes phototrophes, mais comme les animaux ils sont tous des organismes
aerobies.
Les procaryotes se distinguent les uns des autres, parfois par leur formes et leur tailles,
mais pour la plupart par leur modes de vie
Alors, on peut dire que les procaryotes ont échangé la diversité métabolique de la diversité
morphologique.
2c. La taille des microbes
(S'il vous plaît, apprenez ça !)
virus : 30-300 nm
bactérie : 1-3 µm

Microbiologie en Santé et l’Agriculture: Un Cours de Microbiologie Générale
Guy R. Knudsen, Ph.D., J.D., et Louise-Marie Dandurand, Ph.D., Université d’Idaho, USA
champignon : spore 3-20 µm, hyphe 5 µm x ??,
algue ~50 µm
nématode ~1 mm (nématodes phytopathogènes)
(quelques nématodes pathogènes des animaux sont plus grandes)
2d. Questions pour vous aider étudier
Q2-1. (Vrai/Faux) Toutes les animaux sont hétérotrophes
Q2-2. Les microbes ont besoin d'une source d'énergie. Pour les chimiotrophes, elle
provient de/du...
a CO2 atmosphérique
b de la lumière
c la dégradation de composés chimiques (par exemple du glucose)
d décomposition des plantes
Q2-3. (Vrai/Faux) Il y a des virus non-parasitiques
Q2-4. (Vrai/Faux) La plupart (la majorité) des plantes sont hétérotrophes
Q2-5. Les microbes ont besoin d'une source d'énergie. Pour les phototrophes, elle
provient de/du...
a CO2 atmosphérique
b la lumière
c la dégradation de composés chimiques (par exemple du glucose)
d décomposition des plantes