Chapitre 2.9.9. — Salmonelloses
Manuel terrestre de l’OIE 2008 1389
Dans ce chapitre, les abréviations des nouvelles conventions sont respectées, par exemple S. Typhimurium
plutôt que la nomenclature complète S. enterica, subsp. enterica sérovar Typhimurium. Par ailleurs, des
changements surviennent régulièrement à chaque fois que de nouveaux arguments sur la parenté génétique sont
disponibles, par ex. S. Pullorum est maintenant classé comme S. Gallinarum biovar Pullorum (42).
Les salmonelloses sont des maladies infectieuses humaines ou animales dont deux espèces de Salmonella sont
responsables (Salmonella enterica et S. bongori). Bien que la bactérie soit avant tout d'origine intestinale, les
salmonelles diffusent largement dans l'environnement et sont habituellement retrouvées dans les effluents
d'élevage, les eaux usées d’origine humaine et au niveau de matériels pouvant être sujet à une contamination
fécale. La salmonellose a été identifiée dans de nombreux pays, mais semble être plus fréquente dans les zones
d'élevage intensives, particulièrement dans les élevages de volaille et de porc.
La maladie peut atteindre toutes les espèces d'animaux domestiques ; les animaux jeunes et les femelles en
gestation sont les plus sensibles. La maladie entérique présentant souvent une diarrhée profuse aqueuse ou
sanglante avec hyperthermie est la manifestation clinique la plus fréquente, mais il est possible d'observer une
large variété de signes cliniques tels qu’une septicémie aiguë, des avortements, des arthrites, une nécrose des
extrémités et des signes respiratoires. Les signes et les lésions ne sont pas pathognomoniques. Beaucoup
d'animaux, particulièrement les volailles et les porcs peuvent aussi être infectés sans présenter de signes
cliniques (65). Ces animaux jouent un rôle important dans la diffusion de l'infection entre les différents élevages et
également en tant que source de toxi-infection alimentaire. Ces dernières apparaîtront lorsque ces animaux
entreront dans la chaîne alimentaire conduisant à des produits alimentaires contaminés (64, 65).
L'évolution de l'infection, les signes cliniques, les examens post mortem et les profils épidémiologiques varient
selon le sérovar et l'espèce animale atteinte. Certains sérovars n'affectent que certains hôtes, par exemple
S. Gallinarum pour les volailles ou S. Choleraesuis chez le porc, bien que la plupart des sérovars puissent être
responsables d'infections chez une grande variété d'espèces animales (51). Beaucoup de sérovars (incluant ceux
adaptés à l'hôte comme S. Choleraesuis et S. Dublin) ont été à l'origine d’une maladie chez l'homme ; les
vétérinaires et les personnels en abattoir peuvent être infectés directement au cours de leur travail, de même que
le personnel de laboratoire.
La maladie est couramment référencée comme une salmonellose, bien que le terme paratyphoïde puisse être
employé, comme par exemple, la paratyphoïde porcine. En volaille, les termes de pullorose ou diarrhée blanche
bacillaire et de typhose sont souvent utilisés pour décrire l'infection causée par S. Pullorum et S. Gallinarum,
respectivement (51). La typhose et la pullorose sont traitées en détails dans le Chapitre 2.3.11. de ce Manuel
terrestre.
Lors d’enquêtes épidémiologiques approfondies, l'identification de la souche est nécessaire et de telles enquêtes
sont classiquement basées sur les méthodes biochimiques et sérologiques, la lysotypie de certains sérovars et
l'antibiogramme. L'analyse génotypique de l'agent pathogène par des techniques d'amplification en chaîne par
polymérase en temps réel et d’empreintes moléculaire de l'ADN a été utilisée avec de bons résultats ces
dernières années. L'analyse des profils plasmidiques est une méthode rapide et relativement facile pour typer les
souches, et a été utilisée à la fois en médecine humaine et vétérinaire pour étudier la diffusion des Salmonella.
Cette technique a ses limites car toutes les souches de Salmonella ne portent pas de plasmides, et les plasmides
peuvent être facilement acquis ou être de taille identique bien que génétiquement différents. La technique s’est
cependant révélée utile lors d’enquêtes sur des foyers en complément d’autres techniques. D’autres méthodes
génétiques, telles que l'électrophorèse en champ pulsé, l’analyse du polymorphisme de longueur de fragments
amplifiés (AFLP pour amplified fragment length polymorphism), l’étude du nombre variable des tandems répétés
(VNTR pour variable number tandem repeat), l’analyse du polymorphisme d’un nucléotide simple (SNP pour
single nucleotide polymorphism) et le ribotypage automatisé sont de plus en plus utilisées (4, 32, 53, 56). Le
génotypage est un domaine qui s'est rapidement étendu et de nombreuses nouvelles techniques ont été
développées ces dernières années. Il importe de savoir qu'une seule méthode ne fonctionne pas pour tous les
isolats et qu'il peut être nécessaire d'évaluer un certain nombre de techniques différentes pour trouver une
méthode ou une combinaison de méthodes satisfaisantes et capables de différencier les clones d'un sérovar ou
d’un lysotype donné (45, 55). Les méthodes moléculaires sont souvent plus discriminantes et plus rapides que les
techniques phénotypiques, comme par ex. le sérotypage et la lysotypie, et sont en train de les supplanter dans
les recherches épidémiologiques. Cependant, ces techniques moléculaires peuvent ne pas être disponibles dans
tous les laboratoires ; elles ne sont pas non plus nécessairement normalisées en vue de donner des résultats
reproductibles dans des laboratoires différents. Il est donc possible que les isolats doivent être envoyés dans un
Laboratoire de référence pratiquant ce type d’épreuve.
Des techniques génétiques comme les analyses par micro-puces ou PCR multiplex visant autant à l’identification
des sérotypes spécifiques qu’à apporter des informations complémentaires sur le contenu des gènes, sont en
cours de développement (18, 19, 44).