Agents infectieux - CHU de Saint
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Journée inter‐hospitalière de formation des correspondants paramédicaux 22 novembre 2012 LES BACTERIES Définition • Bactérie= cellule • Cellule: la plus petite unité de matière vivante qui mène une existence indépendante et qui peut se reproduire. Structure d’une bactérie Taille De 0,3 à 200 μm , en moyenne 2 μm Structures constantes • Chromosome : ADN circulaire • Cytoplasme contenant les ribosomes, vacuoles... • Membrane cytoplasmique • Paroi externe rigide qui confère la forme Structures facultatives • Flagelles • Pili • Plasmides • Capsule • Spores Structure d’une bactérie flagelle Pili autour d ’une entérobactérie Pneumocoque (diplocoque) capsulé Deux formes de bactéries cocci bacille Identification par la coloration de Gram (forme et couleur) et la mise en culture (besoins en nutriments, en oxygène…) Coloration simple (ex bleu de méthylène) Gonocoques dans un pus uréthral Coloration différentielle: coloration de Gram bactéries Gram + colorées en violet bactéries Gram - en rose Différents aspects de cocci à la coloration de Gram Cocci à Gram + en amas Cocci à Gram + en chainette Cocci à Gram + en diplocoques Cocci à Gram en diplocoques, en grains de café (staphylocoques) (streptocoques) (pneumocoque = streptocoque) (Neisseria spp.) Représentation schématique de la paroi des bactéries à Gram positif, négatif et des mycobactéries Porine Autres lipides Porine Acides mycoliques Lipopolysaccharides Phospholipides Peptidoglycane Périplasme Membrane cytoplasmique (bicouche de phospholipides) Cytoplasme Gram positif (ex S. aureus) Gram négatif (ex E. coli) Mycobactérie (ex M. tuberculosis) Au total • Cocci Gram + – Ex : staphylocoque, streptocoque, pneumocoque, etc… • Cocci Gram – – Ex : méningocoque, gonocoque • Bacille Gram + – Ex : corynebacterie, clostridium, bacillus, listeria, etc… • Bacille Gram – – Ex : entérobactéries, pseudomonas, Bactéries et corps humain • Peau: Staph coag ‐, Corynebactérium,Propionibacterium acnes • Tube digestif: Entérobactéries, Entérocoques ,Anaérobies (ex: clostridium) • Gorge: Strepto A, Haemophilus, méningocoque • Nez: Staph aureus Mise en culture (besoins en nutriments, en oxygène…) Différentes techniques diagnostiques • Cultures – Technique classique – Clinique oriente la recherche : on trouve plus facilement quand on sait ce que l’on cherche (ex : coqueluche) – Savoir ce que l’on peut attendre de la bactériologie (ex : prescription d’une coproculture et C.difficile) • Antigène – Recherche de partie de la bactérie • Anticorps – Recherche d’Ac dirigés contre la bactérie • Mise en évidence du génome – PCR EX : légionellose • Culture : – Milieu spécifique BCYE => permet de comparer la souche clinique à une souche environnementale • Antigènémie urinaire – Spécifique de L.pneumophila de type1 • Sérologie – Recherche d’Ac dirigés contre la bactérie, permet de diagnostiquer les autres L.pneumophila (ex : type6) – mais diagnostique rétrospectif • PCR – Mise en évidence du génome de la bactérie sur des prélèvements cliniques et environnementaux LES ANTIBIOTIQUES Définitions Antibiotique : substance d’origine naturelle, hémi‐synthétique ou synthétique, ayant la capacité d’arrêter la multiplication ou de détruire des bactéries …. Familles d’antibiotiques • Beta lactamines – Penicillines => PeniG, Peni M, Peni A… – Cephalosporines => C1G, C2G, C3G – Penèmes => Imipénème, ertapénème, doripénème • Aminosides (gentamicine, amikacine, etc…) • Macrolides et apparentés – Macrolides – Lincosamides – streptogramines • Glycopeptides • Quinolones • Autres – Rifampicine – Fosfomycine – cyclines Mode d’action des Antibiotiques • Paroi – B lactamine, Glycopeptide, fosfomycine • Ribosome – Macrolides, Aminosides, cyclines • ADN – Quinolones (réplication), rifampicine (transcription), sulfamides (synthèse) Inhibition de la synthèse de la paroi bactérienne : B-lactamines, glycopeptides, fosfomycine Inhibition de la synthèse protéique : tétracyclines, aminosides, chloramphénicol, macrolides, acide fucidique, linézolide Action sur la membrane plasmique : polymyxines Inhibition de la synthèse ou du fonctionnement des acides nucléiques : quinolones, sulfamides, rifampicine, 5-nitroimidazolés, nitrofuranes Mode d’action des Antibiotiques Résistance aux antibiotiques • Résistance naturelle ou constitutionnelle Il s'agit d'une résistance qui touche toutes les bactéries d'une même espèce. Ces résistances définissent les spectres d'activité des antibiotiques. ex : bactéries anaérobies et aminosides. • Résistance acquise C'est la survenue dans une espèce naturellement sensible aux antibiotiques d'une souche résistante. ex : E. coli normalement sensible à l'Amoxicilline, mais 20‐25% sont résistants. Mécanismes de résistance aux antibiotiques • • • • Enzymatique (penicillinase, BLSE, carbapenemase) Modification de cible (PLP2a) Efflux actif Imperméabilité – Porines (porine D2) – Épaississement de paroi Mécanismes de résistance Pompes d ’efflux actifs Imperméabilité de la membrane ATB Porine ATB Topoisomérase ATB Sécrétion d ’enzyme qui va détruire l ’antibiotique ADN gyrase Modification de la cible Origine des mécanismes de résistance acquise 1. Résistance chromosomique : ‐ elle se fait par mutation au niveau du chromosome ‐ phénomène rare 2. Résistance plasmidique : ‐ en pratique : la plus fréquente ‐ d'autant plus dangereuse qu'elle est épidémique, transférable de bactéries en bactéries. L’Antibiogramme Antibiogramme par diffusion en gélose Antibiogramme automatisé La Pression de sélection • Ensemble des conditions de l'environnement qui favorisent l'émergence des bactéries possédant des gènes de résistance. – en pratique liée directement à l'utilisation des antibiotiques. • Sélection des mutants spontanés • Sélection des bactéries qui ont reçu un gène de résistance par transfert Effet de la pression de sélection sur l’émergence de mutants Antibiotique 2h Antibiotique 4j Paradoxe des antibiotiques • Plus on utilise les ATB moins ils sont efficaces. • Les antibiotiques sélectionnent les souches qui leurs résistent dans une population de bactéries • Avoir une utilisation raisonnée des ATB Les bactéries multi résistantes Les « BMR » • SARM : Cf. USA augmentation +++ – apparition de souches de sensibilité diminuée aux glycopeptides : GISA et de souches totalement résistantes à la vancomycine = VRSA (2002) – Apparition de souches plus virulentes (SASM et SARM): leucocidine de Panton‐Valentine Vandenesch Emerging infect 2003 • Entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) • Augmentation des entérobactéries résistantes aux ATB : résistances aux carbapénèmes , ex : imipénème TIENAM® Augmentation de la résistance aux antibiotiques Grundmann Lancet 2006 Ex : Entérobactéries productrices de NDM1 Kumarasamy Lancet Infect Dis 2010 LES VIRUS QU'EST‐CE QU'UN VIRUS ? • virus non vivants, à la différence des bactéries et des parasites • 1 virus = 1 génome avec une protection, dans le milieu extérieur • contient un seul type d’acide nucléique : ADN ou ARN • reproduction par réplication à partir de son seul matériel génétique • le virus nécessite pour son développement un parasitisme intracellulaire absolu • Absence de croissance, structure définitivement organisée • Ne sont pas sensibles aux antibiotiques Structure générale A. Génome ‐Acide nucléique des virus : ARN ou ADN B. Capside protéique 2 types de nucléocapsides (= capsides) : C. Enveloppe Certains virus sont enveloppés, d’autres non. L’enveloppe s’acquiert au détriment de la membrane plasmique. CLASSIFICATION 38 Principaux virus rencontrés A‐ Virus respiratoire Grippe, VRS (virus respiratoire syncytial), Varicelle, Oreillons, Rubéole, Rougeole... B‐ Virus entériques Rotavirus, Adenovirus, Entérovirus, Hépatite A… C‐ virus cutanés Herpes, Varicelle … D‐ Virus du sang et des tissus Hépatite B, Hépatite C, HIV… Ex: Virus de la Grippe • Virus H1N1 • H = Hémagglutinine – Permet au virus de la grippe de se fixer aux cellules respiratoires et de penétrer à cellules • N = Neuraminidase – Permet aux nouveaux virions de sortir des cellules infectées – Cible des nouveaux traitements => anti‐ neuraminidase (tamiflu, relenza) LES CHAMPIGNONS Les champignons • Infections dues à des champignons microscopiques : mycoses bénignes le plus souvent et graves chez les immunodéprimés • Principales mycoses rencontrées : ‐ Candidoses : C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis ... ‐ Cryptococcoses ‐ Aspergilloses • Mycoses superficielles : cutanées ou muqueuses • Mycoses profondes : un organe touché ou disséminées. Les champignons • Champignons filamenteux : structure filamenteuse : ex : Aspergillus fumigatus • Levures : unicellulaire : ex: Candida albicans CHAMPIGNONS LEVURES DIMORPHIQUES Unicellulaires Bourgeonnantes Levures à 37°C Filaments à 25°C Candida Histoplasme capsulatum duboisii FILAMENTEUX Dermatophytes Moisissures Pathogènes Superficiels Opportunistes Profonds Cryptococcus neoformans M icrosporum canis audouini Aspergillus fumigatus niger Trichosporon cutaneum beigelii Trichophyton rubrum soudanense Fusarium sp Geotrichum candidum capitatum Epidermophyton floccosum Scedosporium apiospermum albicans tropicalis Saccharomyces cerevisiae boulardii M ucorales Mucor sp. Rhizopus sp. Absidia sp. Pathologies immunosuppressives Traitements immunosuppresseurs Cathéter et sondes Chirurgie digestive ou chimiothérapie ABT large spectre Risque lié à l’alitement (chaleur et humidité) Autres patients porteurs ou infectés, personnel soignant Surfaces, matériel, solutés.. Traitement antifongique inadapté Facteurs favorisant les infections à levures Différences entre Infections Nosocomiales (IN) virales et IN bactériennes et fongiques IN bactériennes et fongiques IN virales Incubation habituellement < 48-72H très variable selon les agents (quelques heures à quelques mois) Principales manifestations cliniques (en termes de fréquence) infections urinaires infections du site opératoire infections sur cathéters bactériémies pneumonies infections gastro-intestinales infections du tractus respiratoire hépatites infections cutanéo-muqueuses Populations à risque patients soumis à des traitements invasifs (intubation-ventilation, sondages, explorations endoscopiques, implantation de matériel étranger...) opérés immunodéprimés sujets âgés nouveau-nés et jeunes enfants sujets hospitalisés en service de long séjour immunodéprimés transplantés hémodialysés hémophiles hémodialysés personnel soignant Prise en compte dans les enquêtes de surveillance très correcte fortement sous-estimée Principaux éléments de prévention et de traitement spécifiques antibioprophylaxie antibiothérapie curative traitements antifongiques vaccination traitements antiviraux
