Abdullah Al-awadhi et George Samaan Mars 2013 Reconstruction de lignée cellulaire de bactéries à partir de l’analyse informatique d’images de microscope Responsable accompagnant : Virginie Uhlmann. Introduction Le projet que nous avons réalisé nous a été confié car il est censé apporter de l’aide aux chercheurs qui étudient la résistance aux antibiotiques de certaines bactéries, dans des colonies de bactéries de tuberculose. En effet, ces bactéries ont probablement une différence avec les autres qui leur permet de résister, mais malheureusement nous ne connaissons à ce jour toujours pas l’origine de cette résistance. Nous devons donc étudier le développement de ces cellules (croissance, divisions…) afin d’espérer trouver un lien qui pourrait être grandement utile pour l’élaboration d’antibiotiques plus performants, capable d’éradiquer la totalité de la colonie, sans quoi un nouveau repeuplement (et donc une reinfection) serait possible. Il y a par conséquent des programmeurs au Laboratoire d’Imagerie Biomédicale qui mettent en place des logiciels informatiques permettant de faciliter l’étude ainsi que l’analyse des populations de bactéries sur des images de microscope. En effet, avec un logiciel performant, l’analyse de nombreuses séquences d’images pourrait se faire automatiquement par ordinateur. Cependant, afin de mesurer l’efficacité de la méthode automatique, il faut tout de même qu’une vérification manuelle soit faite par des personnes. L’analyse effectuée par les humains et non par la machine fournit une référence aux développeurs et permet de prouver que le programme mis en place fonctionne réellement. C’est là que nous sommes intervenus. Le but de 1 Abdullah Al-awadhi et George Samaan Mars 2013 notre projet était donc de fournir une vérification manuelle pour un programme dont le but est d’analyser les stades de développement d’une colonie de cellules (divisions, nombre de cellules à un temps donné, leur taille...). Nous avons donc annoté les images à la main, puis produit l’arbre phylogénétique d’une colonie de bactéries afin de voir si les résultats obtenus avec le programme et les nôtres correspondaient. Matériel Pour ce faire, nous avons utilisé un ordinateur muni d’un programme nommé “ImageJ”, avec un plugin qui s’appelle “Interactive Spot Picker”. Les données étaient composées d’une suite d’images du développement d’une colonie de bactéries de tuberculose de 68 séquences, prises à l’aide d’un microscope (par des biologistes), ainsi qu’un logiciel permettant de créer des arbres phylogénétiques nommé PhyloWidget. Méthode Tout d’abord, à l’aide du logiciel “ImageJ” et du plugin “Interactive Spot Picker”, nous avons marqué les bactéries sur la suite d’images. Au tout début, il n’y avait qu’une seule cellule de petite taille en forme de bacille, que nous avons marquée en traçant un chemin allant d’un bout à l’autre de la bactérie. Ceci est une image de ce que nous faisions (tracer chaque chemin pour chaque cellule) 2 Abdullah Al-awadhi et George Samaan Mars 2013 Nous avons procédé de façon similaire pour les séquences suivantes (le traçage fut facilité par le logiciel). La cellule grandissait, donc le tracé aussi, puis, à un certain moment, elle se divisait, donc nous nous sommes retrouvés avec deux cellules avec deux tracés différents, et nous avons poursuivi ainsi jusqu’à la dernière séquence, au stade de 22 cellules. Ce protocole nous a simplement permis de pouvoir délimiter clairement chaque cellule et en connaître le nombre exacte à chaque séquence. Ensuite, grâce à ce travail réalisé méticuleusement, nous avons pu enfin réaliser l’arbre phylogénétique de cette colonie de bactéries de tuberculose. Résultats Les résultats que nous avons obtenus ont donc été le tracé complet de tous les chemins pour chaque bactéries de toutes les séquences de notre suite d’images ainsi qu’un arbre phylogénétique montrant la progression de ces bactéries. Image annotée de la séquence numéro 1 3 Abdullah Al-awadhi et George Samaan Mars 2013 Image annotée de la séquence numéro 2 ! Arbre phylogénétique de la séquence d’images numéro 1 Arbre phylogénétique de la séquence d’images numéro 2 Discussion et conclusion Nous avons donc enfin atteint notre objectif au bout de cette semaine d’étude assez captivante, et les chercheurs du Laboratoire d’Imagerie Biomédicale auront la possibilité d’utiliser notre travail en tant que référence pour mesurer l’efficacité de leur logiciel. Ce programme pourra lui-même fournir de l’aide aux biologistes qui étudient le développement de bactéries, par exemple afin de pouvoir déceler chez les bactéries résistantes aux antibiotiques utilisés cette différence tant recherchée qui permettrait de trouver un remède totalement efficace. 4 Abdullah Al-awadhi et George Samaan Mars 2013 Remerciements Nous souhaiterions remercier notre professeur encadrant mademoiselle Virginie Uhlmann qui nous a clairement expliqué avec précision le travail qu’on attendait de nous. Puis, nous voudrions également remercier madame Karin Buechler qui a organisé cette semaine d’étude des plus intéressantes, et enfin madame Alice Goodman qui nous a guidés pour nos premiers trajets entre l’EPFL et l’auberge de jeunesse. 5