Thèse: Génétique des populations des parasites et vecteurs

UNIVERSITE POLYTECHNIQUE
DE BOBO-DIOULASSO
INSTITUT DU DÉVELOPPEMENT RURAL
N° d’ordre:042
THÈSE
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITE POLYTECHNIQUE DE BOBO-DIOULASSO
(DOCTORAT UNIQUE)
Doctorat Unique en Développement Rural
Par
SERE Modou
Soutenue publiquement le 16 Novembre 2015 devant le
jury composé de :
Président : Pr. Georges Anicet OUEDRAOGO, Université Polytechnique de Bobo-
Dioulasso
Membres : Pr. Adrien Marie Gaston BELEM, Université Polytechnique de Bobo-
Dioulasso;
Dr. Thierry LEFEVRE, Centre National pour la Recherche Scientifique
(CNRS), Montpellier, et Institut de Recherche pour le Développement (IRD),
Bobo Dioulasso;
Dr. Thierry DE MEEÛS, Institut de Recherche pour le Développement (IRD) ;
OUTILS D'IN
FERENCES EN GENETIQU
E DES POPULATIONS AP
PLIQUES AUX
PARASITES ET A LEURS VECTEURS: ALLELES MAL AMPLIFIES, CLONALITE,
DISTANCES GENETIQUES ET ISOLEMENT PAR LA DISTANCE

i
Avant propos
Cette thèse résume l’essentiel des travaux de recherche que j’ai entamés depuis mon DEA
sous la direction du Dr. Thierry De Meeûs et du Pr. Adrien Marie Gaston Belem. Ces travaux
ont été initialisés après un entretien avec le Dr Thierry De Meeûs qui est le concepteur des
différentes thématiques abordées dans ce Manuscrit. Pour ma part je me suis chargé
d’exécuter les simulations, de l’analyse des données et de rédiger les différents articles qui en
sont issus. Pour ce qui concerne sa forme, cette thèse comprend quatre parties: la première
partie est une synthèse bibliographique qui repose sur les bases théoriques nécessaires à la
compréhension des différents sujets abordés dans ce document. La deuxième partie concerne
les travaux de simulations. La troisième partie repose sur les activités de prise en compte des
résultats de simulation sur l’étude des trypanosomes africains. Enfin la quatrième partie
correspond aux annexes. Cette partie comporte les tableaux supplémentaires, les figures
supplémentaires et les articles publiés.

ii
Remerciements
Cette thèse a été financée par le projet PEERS (Programme d'Excellence pour l'Enseignement
et la Recherche au Sud)/TAO (Trypanosomes et tsétsés en Afrique de l'Ouest: apport de la
génétique des populations) de l'AIRD (Agence Inter-établissements de Recherche pour le
Développement). Elle a été entreprise dans le cadre du Lamivect (Laboratoire Mixte
International sur les maladies à vecteurs de Bobo-Dioulasso) qui est supporté par l'IRD
(Institut Recherche pour le Développement). J’ai aussi bénéficié d’une bourse de thèse du
programme d’appui au renforcement et à la consolidation des potentiels de recherche dans les
pays du Sud. Ce programme est mis en œuvre par l’Agence Inter-établissements de Recherche
pour le Développement (AIRD) pour le compte du Centre de coopération Internationale en
Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD). La thèse a été menée en
partenariat avec plusieurs centres et institutions de recherche, dont le Centre International de
Recherche-Développement sur l’Elevage en zone Subhumide (CIRDES), le Centre de
coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD) et
l’Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso (UPB).
L’élaboration d’une thèse n’est en rien le travail d’une personne. L’aboutissement de ce
projet eut été, à mon sens, impossible sans le soutien de ses proches, qu’ils soient issus du
monde scientifique ou d’autres horizons. Pour cela, je souhaite remercier sincèrement :
-Le Pr. Georges Anicet OUEDRAOGO, Président de l’Université Polytechnique de Bobo-
Dioulasso;
-Le Pr. Adrien Marie Gaston BELEM, mon directeur de thèse. Merci pour votre disponibilité,
et vos précieux conseils qui ont orienté mes choix de carrière. Quand besoin y était, vous
m’avez toujours apporté de l’aide, notamment dans l’obtention et la réalisation de mes

iii
travaux d’ingénieur et de DEA, ce qui a finalement abouti à cette thèse. Merci Pr, je vous en
suis infiniment reconnaissant;
-Le Dr. Yapi Gnaoré Valentine et Le Dr Bengaly Zakaria, respectivement Directrice Générale
et Directeur Scientifique du CIRDES qui ont bien voulu m’accueillir au sein de cette
institution qui m’a offert un cadre idéal tant humain que logistique pour mener cette étude;
-Le Dr. Jean Marc LEBLANC, Représentant de l’IRD au Burkina Faso;
-Les Dr. Gérard CUNY et Philippe SOLANO, successivement responsable (sortant et entrant)
de l’UMR IRD/CIRAD 177, Interactions hôtes - vecteurs – parasites-environnement dans les
maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatidae (INTERTRYP);
-Le Dr. David Berthier, Directeur adjoint de l’UMR IRD/CIRAD 177, Interactions hôtes -
vecteurs – parasites-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux
trypanosomatidae (INTERTRYP).
Je tiens aussi à exprimer ma profonde gratitude, pour leur présence à ce jury au:
-Pr. Georges Anicet OUEDRAOGO, Enseignant chercheur à l’Institut du Développement Rural
(IDR), Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso (UPB);
-Pr. Adrien Marie Gaston BELEM, Enseignant chercheur à l’Institut du Développement Rural
(IDR), Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso (UPB);
-Dr. Thierry LEFEVRE, Chercheur au CNRS basé à l’Institut de Recherche en Sciences de la
Santé (IRSS), Bobo-Dioulasso, Burkina Faso; MIVEGEC Lab: Maladies Infectieuses et
Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle, UMR IRD 224-CNRS 5290-Université
de Montpellier, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), 911, Avenue Agropolis,
BP 64501, 34394 Montpellier Cedex 5, France;
-Dr. Thierry DE MEEÛS, Chercheur à l'IRD basé à l'UMR IRD/CIRAD 177 (INTERTRYP),
TA A-17/G, Campus International de Baillarguet, 34398, Montpellier Cedex 5, France;
Au CIRDES/ IRD / CIRAD où j’ai eu à effectuer mon stage de DEA et mon Doctorat, je
tiens à remercier vivement:

iv
-Le Dr. Issa SIDIBE, Coordonnateur de la PATTEC et ex-directeur scientifique du CIRDES,
pour m’avoir ouvert les portes de la recherche en m’accueillant à la PATTEC dans le cadre de
mon ingéniorat. Merci Dr, je vous en suis infiniment reconnaissant;
-Le Dr. DAYO Guiguigbaza-Kossigan, Chef de l’Unité de Recherche sur les Bases
biologiques de la lutte Intégrée (URBIO) du CIRDES, pour vos conseils, encouragements et
aussi pour votre disponibilité à mon égard;
-Le Dr. Thierry DE MEEÛS, Chercheur IRD basé au CIRDES jusqu'au 31/07/2015, mon
directeur de thèse, pour tous les efforts et sacrifices consentis à mon égard. Tu as dirigé cette
thèse de bout en bout. Merci pour la formation de qualité que j’ai reçue, en témoignent les
cours en anglais, les formations aux logiciels d’analyse de données et la participation aux
nombreux congrès internationaux. Merci pour tes qualités humaines, ton sens de l’écoute et de
la compréhension;
-Le Dr. Sophie Thévenon, Chercheuse CIRAD, ma co-directrice de thèse qui a largement
contribué à l’aboutissement de cette thèse. Merci pour tes différentes aides dans les analyses
de données, la recherche de financement et enfin pour tes divers et précieux conseils;
-Le Dr. Sophie Ravel, Chercheuse IRD, pour sa contribution dans la réalisation de mes
travaux de génotypage de glossines. Merci pour les différents enseignements que tu m’as
donnés;
-Le Dr. Jacques Kaboré, enseignant chercheur de l’UPB, basé au CIRDES, pour m’avoir initié
aux techniques de PCR, de génotypage et à l’analyse des données génétiques. Merci pour ta
franche collaboration, tes précieux conseils et ta disponibilité à mon égard;
-Les Dr. Vincent JAMONNEAU et Bruno BUCHETON, Chercheurs IRD basés au CIRDES,
qui ont largement contribué à cette thèse par leur encadrement et les divers précieux conseils.
Merci pour votre aide dans le codage des allèles et dans la collaboration initiée avec
l’Université de Glasgow;