Thèse : Surveillance des hépatites virales B-C au Laos

THÈSE
En vue de l’obtention du
DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ DE
TOULOUSE
Délivré par l'Université Toulouse 3 - Paul Sabatier
Présentée et soutenue par
Phimpha PABORIBOUNE
Le 6 décembre 2018
Surveillance des hépatites virales B-C au Laos ;
De l'analyse de routine à la recherche de
biomarqueurs par métabolomique
Ecole doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies
Spécialité : PHYSIOPATHOLOGIE
Unité de recherche :
PHARMA-DEV-Laboratoire Pharmacochimie et Pharmacologie pour le
Développement
Thèse dirigée par
Eric DEHARO et Guillaume MARTI
Jury
Eric DEHARO
Chargé de Recherche IRD
Directeur de thèse
Guillaume MARTI
MC, UMR-152 IRD-UPS
Co-directeur de thèse
Pierre-Marie PREUX
Professeur à l'Université de Limoges
Rapporteur
Daniel AJZENBERG
MCU PH à l'Université de Limoges
Rapporteur
Françoise NEPVEU
Université Paul Sabatier, Toulouse
Examinatrice
Paul DÉNY
Professeur à l’Université Paris 13, Paris
Examinateur

P a g e ii
REMERCIEMENTS
A l'issue de la rédaction de cette recherche, je suis convaincue que la thèse est loin d'être un
travail solitaire. En effet, je n'aurais jamais pu réaliser ce travail doctoral sans le soutien d'un
grand nombre de personnes dont la générosité, la bonne humeur et l'intérêt manifestés à
l'égard de ma recherche m'ont permis de progresser jusqu’à au bout de ce travail. Merci aux personnes qui ont
cru en moi et qui m’ont permis d’arriver au bout de ce long chemin qu’a constitué la réalisation de cette thèse.
Je tiens tout d’abord à exprimer mes plus vifs remerciements à mon directeur de thèse, Eric Deharo pour la
confiance qu'il m'a accordée en acceptant d'encadrer ce travail doctoral, pour ses multiples conseils et pour
toutes les heures qu'il a consacrées à diriger cette recherche. Il fut pour moi un directeur de thèse attentif et
toujours disponible malgré ses nombreuses charges et m’a permis d’être toujours motivée, d’avoir le cœur léger
et l’esprit tranquille depuis le début de ma thèse. Enfin, j’ai été extrêmement sensible à ses qualités humaines
d'écoute et de compréhension tout au long de ce travail doctoral.
Merci, Eric, pour ton soutien permanent, pour tes multiples encouragements répétés pendant mes périodes de
doutes, pour ta relecture finale méticuleuse de chacun des chapitres.
Je remercie également mon co-directeur de thèse Guillaume Marti qui m’a chaleureusement accueilli au
laboratoire PHARMA-DEV à Toulouse et m’a appris la nouvelle technique de métabolomique. Sa compétence,
sa rigueur scientifique et sa clairvoyance m’ont beaucoup appris. Ils ont été et resteront des moteurs de mon
travail de chercheur dans ce domaine.
Un grand merci à Thomas Vial pour son aide technique précieuse et son enseignement pour l’interprétation des
résultats métabolomiques et à François Chassagne pour ses conseils pertinents et son enthousiasme
communicatif de la vie d’étudiant en thèse.
J’adresse toute ma gratitude à Farid Boumédiène pour sa participation à mon comité de suivi de thèse, pour ses
suggestions toujours avisées, qui m'ont permis de clarifier ma pensée parfois embrouillée et qui m’a souvent si
bien conseillée à l’égard de ma prose.
J’exprime tous mes remerciements aux rapporteurs : Pr Pierre-Marie PREUX et Pr Daniel AJZENBERG pour
le temps qu’ils ont consacré à la lecture de ma thèse et pour les suggestions très intéressantes qu’ils m’ont
prodiguées, et à l’ensemble des membres de mon jury : Pr Françoise NEPVEU, Pr Paul Dény, Dr François-
Xavier BABIN.
Ces remerciements seraient incomplets si je n'en adressais pas à tous mes amis et à toutes les personnes qui
m’ont aidé dans la réalisation de ce travail, particulièrement toutes ces personnes formidables que j’ai
rencontrées au laboratoire PHARMA-DEV, en particulier à M Franck MARIE-SAINTE pour son soutien
logistique et son humour.
Je remercie toute l’équipe du Centre d’Infectiologie Lao-Christophe Mérieux et de la Fondation Mérieux pour
le climat sympathique dans lequel ils m’ont permis de travailler. Les nombreuses discussions que j’ai pu avoir
avec chacun m’ont beaucoup apporté et ont été d’une aide précieuse.
Enfin, les mots les plus simples étant les plus forts, j’adresse toute mon affection à ma famille, et en particulier
à mon cher époux qui, non content d’avoir été le correcteur des fautes d'orthographes et grammaticales de cette
thèse, m’a toujours apporté son soutien indéfectible et ses encouragements.

P a g e iii
SOMMAIRE
REMERCIEMENTS .................................................................................................................................................. ii
SOMMAIRE .............................................................................................................................................................. iii
ABRÉVIATIONS ...................................................................................................................................................... vi
TABLE DES ILLUSTRATIONS ............................................................................................................................ vii
PRÉAMBULE ........................................................................................................................................................... viii
INTRODUCTION GENERALE DU PAYS ............................................................................................................... 9
1. Le Laos ........................................................................................................................................................... 1
1.1) Données socio-économiques ...................................................................................................... 1
1.2) L’état sanitaire du Laos ............................................................................................................. 3
2. Le centre d’Infectiologie Lao-Christophe Mérieux (CILM) ..................................................................... 6
CHAPITRES ............................................................................................................................................................... 8
CHAPITRE-I : EPIDEMIOLOGIE DE L’HEPATITE B ........................................................................................... 1
1. Introduction ................................................................................................................................................... 2
2. Au niveau mondial ........................................................................................................................................ 3
3. En Asie du Sud-Est........................................................................................................................................ 5
4. Au Laos .......................................................................................................................................................... 6
ETUDE-1 : ETUDE EPIDEMIOLOGIQUE, RETROSPECTIVE DE LA SURVEILLANCE DE L’HEPATITE B
AU LAOS .................................................................................................................................................................... 7
1. Contexte et objectifs ...................................................................................................................................... 8
2. Matériels et Méthodes ................................................................................................................................... 8
3. Principaux résultats ...................................................................................................................................... 8
4. Discussion et conclusion ................................................................................................................................ 9
Article 1: « A Seven-Year Retrospective Study on the Surveillance of Hepatitis B in Laos » ............. 9
ETUDE-2 : ETUDE PROSPECTIVE, TRANSVERSALE SUR LA PERFORMANCE DE TROIS TESTS
RAPIDES COMMERCIAUX POUR LA DETECTION DE L’AGHBs A VIENTIANE, LAOS ........................... 21
1. Contexte et objectifs .................................................................................................................................... 22
2. Matériels et Méthodes ................................................................................................................................. 22
3. Principaux résultats .................................................................................................................................... 22
4. Discussion et conclusion .............................................................................................................................. 23
Article 2. « Performance of three commercial rapid diagnostic tests for the detection of hepatitis B surface
antigen (HBs Ag) in Lao PDR »........................................................................................................... 23
CHAPITRE-II : EPIDEMIOLOGIE DE L’HEPATITE C ........................................................................................ 28
1. Introduction ................................................................................................................................................. 29
2. Au niveau mondial ...................................................................................................................................... 32

P a g e iv
3. En Asie du Sud-Est...................................................................................................................................... 33
4. Conclusion .................................................................................................................................................... 34
ÉTUDE-3 : ETUDE EPIDEMIOLOGIQUE, RETROSPECTIVE DE LA SURVEILLANCE DE L’HEPATITE C
AU LAOS .................................................................................................................................................................. 37
1. Contexte et objectifs .................................................................................................................................... 38
2. Matériels et Méthodes ................................................................................................................................. 38
3. Principaux résultats .................................................................................................................................... 39
4. Discussion et conclusion .............................................................................................................................. 39
Article 3. "Hepatitis C in Laos: A Seven-Year Retrospective Study on 1765 Patients " .................... 39
CHAPITRE-3 : RECHERCHE DE BIOMARQUEURS DE L’EVOLUTION DES HEPATITES VIRALES PAR
METABOLOMIQUE ................................................................................................................................................ 49
I. Partie-1 : Cancer du foie ................................................................................................................................. 50
1. Introduction .................................................................................................................................. 50
2. Epidémiologie ............................................................................................................................... 50
3. Principaux facteurs de risque ...................................................................................................... 52
4. Pathogénèse du cancer du foie .................................................................................................... 52
5. Dépistage et diagnostic ................................................................................................................. 54
6. Traitements ................................................................................................................................... 55
II. Partie-2 : Recherche par l’analyse métabolomique de marqueurs plasmatiques chez les patients
porteurs de VHB ou VHC chronique ..................................................................................................................... 56
1. Principe de la métabolomique .................................................................................................................... 56
1.1) Traitement de l’échantillon ........................................................................................................... 57
1.2) Traitement des données ................................................................................................................. 57
2. Contexte et objectifs : .................................................................................................................................. 59
3. Matériels et Méthodes ................................................................................................................................. 60
3.1) Population étudiée ......................................................................................................................... 60
3.2) Prélèvements .................................................................................................................................. 60
3.3) Echographie abdominale .............................................................................................................. 61
3.4) Techniques utilisées au laboratoire du Laos ................................................................................ 61
3.5) Analyse métabolomique au Laboratoire PHARMA-DEV, Toulouse, France ............................ 62
4. Résultats ....................................................................................................................................................... 63
4.1) Résultats descriptifs des patients VHB et VHC ............................................................................ 63
i. Caractéristiques Sociodémographiques de la cohorte sélectionnée ........................................... 63
ii. Facteurs influençant l’évolution des hépatites VHB/VHC ........................................................ 64
4.2) Données biologiques ...................................................................................................................... 66
i. La charge virale (CV) .................................................................................................................. 66
ii. Le bilan hépatique (dosage des aminotransferases, ALAT/ASAT) ............................................ 66

P a g e v
iii. Le marqueur tumoral : Alpha-foetoProtein ................................................................................ 66
4.3) Résultats préliminaires de métabolomique sur le plasma des patients VHB et VHC ................. 67
DISCUSSION GENERALE ET PERSPECTIVES ................................................................................................... 73
1. Les hépatites virales .................................................................................................................................... 74
2. Mise en évidence de profils métabolomiques spécifiques ........................................................................ 76
3. Conclusion et perspectives .......................................................................................................................... 78
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ................................................................................................................... 80
Annexe-1: Questionnaire ........................................................................................................................................... 87