TD Acides Aminés, Peptides et Protéines : Exercices

TRAVAUX DIRIGES TD ACIDES AMINES, PEPTIDES ET PROTEINES
EXERCICE 1
Citez-le ou les acide(s) aminé(s) correspondant à chacune des propriétés suivantes :
1. Sa chaîne latérale possède un atome de soufre, mais pas de groupement thiol
2. Possède un groupement α aminé substitué
3. Sa chaîne latérale est aromatique et phosphorylable
4. Joue un rôle important dans le maintien de la structure des protéines par la capacité
de sa chaîne latérale à établir des liaisons covalentes réversibles par oxydoréduction.
5. Est capable de former des liaisons H par l’intermédiaire de sa chaîne latérale
6. Est capable de former des liaisons ioniques par l’intermédiaire de sa chaîne latérale
7. Possède une chaîne latérale à fonction basique majoritairement non chargée à pH 7.
8. Sa chaîne latérale contient une fonction amide
9. Possède à pH7 un très fort excédent de charges (+).
10. Décrivez avec des mots la différence entre la leucine et l’isoleucine
EXERCICE 2
Nommez l'acide aminé qui contient cette structure et désignez la chaîne latérale R avec la
description la plus appropriée à ses propriétés.
a. Petit groupement R polaire contenant un groupe hydroxyle ; cet acide aminé est
important dans le site actif de certaines enzymes.
b. Provoque le plus petit encombrement stérique.
c. Son groupement R est chargé positivement à pH physiologique.
d. Groupement R contenant un sulfure; neutre à tous les pH.
e. Groupement R aromatique, hydrophobe et neutre à tous les pH.
f. Hydrocarbone saturé, important dans les interactions hydrophobes.
g. Groupement R avec un groupement imidazole; c'est un groupement important dans le site
actif de certaines enzymes.
h. Le seul acide aminé possédant un groupement substitué α-imine; il influence le
repliement protéique en formant un coude dans la chaîne.
i. Groupement R négativement chargé à pH 7.
j. Un groupement R aromatique capable de former des liaisons hydrogènes.
k. Il forme des ponts disulfures entre les chaînes polypeptidiques.
l. Quand ce groupement R polaire mais non chargé est hydrolysé, l'acide aminé est converti
en un autre acide aminé qui possède un groupement R chargé négativement à pH proche de
7.
EXERCICE 3
1.Dans une protéine globulaire hydrosoluble, quels acides aminés dans la liste suivante :
Histidine, phénylalanine, valine , glutamine, acide glutamique, arginine , Méthionine.
a. Sont à la surface de la protéine ?

b. Sont à l’intérieur de la protéine ?
2-Comment saurions-nous à quoi ressemble une protéine repliée ?
3-Quelle est l’interaction non covalente prédominante qui unit les hélices alpha et
les feuilles béta ?
4-Les chaînes latérales des acides aminés dans une hélice α sont-elles orientées vers
l'intérieur ou l'extérieur de l'élément structural ?
5-Nommez les quatre types d’interactions responsables de la création de structures
tertiaires dans les protéines.