Le rapport Le Rapport - Université de Lorraine

LES GERMES DANS
L’ALIMENTATION
HUMAINE
LE CAS DE LA
CHARCUTERIE
Membres du groupe : Audrey BUSER
Florine GERARD
Fanny LONGET
Amandine MENG
Clémence PADIOLEAU
Céline REMY
Arthur ROBIN
Orianne SIMONIN
Tuteur du projet : M. Christophe SCHMITT
Entreprise partenaire : Salaisons Bentz (M. J.-F. Antoine)

Les germes dans l’alimentation humaine – Le cas de la charcuterie
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SOMMAIRE
Sommaire ......................................................................................................................................................................... 2
REMERCIEMENTS ......................................................................................................................................................... 2
INTRODUCTION ........................................................................................................................................................... 3
I. Les germes dans l’agroalimentaire ............................................................................................................................ 3
A. Présentation des types de germes rencontrés ..................................................................................................... 3
B. Les germes pathogènes .......................................................................................................................................... 5
C. La flore utile ............................................................................................................................................................ 6
II. L’utilisation des microorganismes dans les industries ........................................................................................... 7
A. La production en bioréacteurs .............................................................................................................................. 7
B. L’énergie .................................................................................................................................................................. 8
C. Applications dans d’autres domaines ................................................................................................................ 10
III. Cas de l’alimentation : l’utilisation contrôlée des ferments ................................................................................ 13
A. Saccharomyces cerevisiae..................................................................................................................................... 13
B. Les bactéries lactiques .......................................................................................................................................... 15
IV. Les pistes de recherches .......................................................................................................................................... 17
A. La transglutaminase et sa production ................................................................................................................. 17
B. Les additifs employés à l’étranger ....................................................................................................................... 19
C. Ouverture : intérêt futur de l’utilisation des germes ........................................................................................ 20
CONCLUSION .............................................................................................................................................................. 22
BIBLIOGRAPHIE – SITOGRAPHIE ............................................................................................................................ 23
ANNEXES ...................................................................................................................................................................... 26
REMERCIEMENTS
Merci à Jean-François Antoine, pour son accueil chaleureux au sein de l’entreprise Salaisons Bentz, et pour sa
disponibilité.
Merci à notre tuteur, Christophe Schmitt, pour nous avoir accompagné tout au long de l’année.
Merci à Laurence Muneret pour son aide.

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INTRODUCTION
La présence de germes dans les aliments est immédiatement connotée de façon négative par la
majorité des personnes ; pourtant, il faut savoir faire la différence entre les agents néfastes et ceux qui sont,
bien au contraire, utiles et parfois même indispensables. Le suivi apporté à la fabrication et au
conditionnement des produits dans les industries alimentaires a pour but de limiter au maximum les risques
potentiels liés aux contaminations par des microorganismes néfastes ou par une mauvaise gestion de la flore
utile.
Dans le cadre du partenariat avec l’entreprise artisanale Salaisons Bentz, nous avons été amenés à nous
intéresser à de nombreux domaines, très variés et différents les uns des autres. Pour M. Jean-François
Antoine, directeur de l’entreprise, l’optimisation des additifs utilisés lors de la fabrication de charcuteries est
un enjeu, compte tenu de la tendance actuelle. En effet le consommateur est demandeur de produits
« naturels » c’est-à-dire dans lesquels on limite les additifs chimiques. Dans cette optique, l’utilisation de
ferments pourrait s’avérer être une bonne alternative.
Dans un premier temps, nous nous intéresserons aux germes dans leur globalité, en faisant la distinction
entre ceux qui sont pathogènes et ceux qui constituent la flore utile ; puis, nous présenterons les résultats de
nos différentes recherches sur les industries qui utilisent à l’heure actuelle des microorganismes ; par la suite,
nous nous intéresserons plus particulièrement à l’utilisation des ferments dans les industries alimentaires ;
enfin, dans un dernier point, nous présenterons les pistes de recherches spécifiques à la charcuterie et les
évolutions futures qui sont à espérer dans ces domaines.
I. LES GERMES DANS L’AGROALIMENTAIRE
Les microorganismes sont utilisés dans diverses industries et en particulier dans l’industrie
alimentaire dans des buts variés : obtention de produits fermentés, de cultures microbiennes ou de
métabolites utilisables comme additifs alimentaires. Avant de nous intéresser à des cas précis de leur
utilisation, une liste non exhaustive de germes, pathogènes ou utiles, est faite dans ce chapitre.
A. PRESENTATION DES TYPES DE GERMES RENCONTRES
Nos aliments sont rarement stériles. Ils constituent pour l’immense majorité des milieux favorables
au développement de différents germes. Toutefois, ce terme de germe (ou de microbe) est à nuancer ; en
effet, celui-ci est connoté négativement et est perçu en général comme néfaste ou pathogène. Pourtant, ce
terme recoupe une grande diversité d’agents, et tous ne sont pas dangereux ; bien au contraire, certains sont
utiles et même parfois indispensables, comme les ferments.
Toutefois, les règles sanitaires, parfois draconiennes, imposées aux industries alimentaires, ont pour but
d’empêcher la contamination des produits par certains microorganismes néfastes. Ceux-ci peuvent être à
l’origine de dégradations organoleptiques ou nutritionnelles (modification de l’apparence, de la texture et de
la saveur des aliments) ou bien d’infections et d’intoxications après ingestion par le consommateur.

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 Les microorganismes rencontrés
 Les bactéries
Parmi les bactéries qui peuvent être rencontrées dans les aliments, seule une minorité est pathogène
et donc potentiellement néfaste pour l’homme. Celles-ci sont toutefois à l’origine d’environ 90% des toxi-
infections alimentaires. La contamination peut se faire à partir d’un grand nombre de produits : œufs et
produits à base d’œufs, lait et produits laitiers, produits de charcuterie, volailles, poissons et fruits de mer
pour la très grande majorité.
 Les virus
Les toxi-infections alimentaires transmises par les virus représentent environ 5 à 10% du total. Les
virus se transmettent à l’homme par l’intermédiaire d’aliments à la suite d’une contamination directe ou
indirecte (le plus souvent due à un manque d’hygiène) par des matières fécales. Les aliments incriminés sont
souvent des fruits de mer (en particulier des mollusques) provenant d’eaux contaminées mais aussi de
nombreux autres aliments contaminés par des personnes infectées. Les virus les plus fréquemment impliqués
dans les infections alimentaires sont les virus de l’hépatite A et des gastro-entérites. Ils peuvent être inactivés
par un chauffage suffisant.
 Les levures
Ce sont des champignons microscopiques. Elles sont très répandues dans la nature et sont très peu
responsables de toxi-infections alimentaires. Elles sont surtout utilisées dans l’industrie alimentaire afin
d’élaborer des produits comme le pain, la bière ou encore le vin. Elles peuvent toutefois provoquer des
contaminations au niveau des aliments et des boissons en détériorant l’aspect et la flaveur (agents
d’altération).
 Les moisissures
Tout comme les levures, les moisissures sont des champignons microscopiques, mais qui sont
repérables sur les aliments lors de l’établissement de colonies. Elles peuvent être soit bénéfiques, comme lors
de la transformation de matières premières dans les industries agro-alimentaires et pharmaceutiques
notamment (fromages par exemple), soit nuisibles, par l’altération des produits ou par la formation de
métabolites toxiques (mycotoxines).
 Les protistes et autres parasites rencontrés
 Les protozoaires
Ce sont des eucaryotes unicellulaires d’une taille souvent supérieure aux bactéries et levures ; en
majorité, ils se transforment en kystes pour survivre dans l’environnement et peuvent contaminer les
aliments par des matières fécales. Dans les pays industrialisés, ils représentent moins de 1% des toxi-
infections alimentaires d’origine microbiologique. En revanche, la situation est très différente dans les pays en
voie de développement et dans les pays tropicaux où des problèmes sérieux sont rencontrés après
contamination d’aliments ou de boissons par les protozoaires.
Le plus connu et répandu est Toxoplasma gondii, responsable, comme son nom l’indique, de la toxoplasmose.
Bénigne, voire même sans aucun symptôme apparent pour l’immense majorité des cas (on estime qu’un tiers
de la population mondiale est contaminée), elle ne présente de sérieux risques que pour les femmes enceintes
et les personnes ayant un système de défense immunitaire affaibli.

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 Les algues
Elles regroupent de nombreuses espèces qui se divisent entre procaryotes et eucaryotes de dimension
inférieure à 100 m. Les intoxications alimentaires dues aux algues sont très rares ; elles se font la plupart du
temps par consommation de produits marins. Par exemple, Alexandrium tamarense peut infecter des bivalves
comme les moules.
 Les vers
Les helminthes sont des vers parasites de l’homme dont les larves sont microscopiques. La taille des
vers adultes peut atteindre quelques mètres pour certaines espèces. Les intoxications alimentaires dues aux
vers sont peu nombreuses (<5%). Les plus fréquentes en France sont dues à l’ingestion de viande de bœuf
infestée par Tænia saginata, et par la viande de porc, infestée par Tænia solium.
B. LES GERMES PATHOGENES
Chaque jour, nous ingérons donc un grand nombre de microorganismes car nos aliments sont
rarement stériles et représentent un milieu de culture exceptionnel. On dénote les contaminations par des
microorganismes pathogènes et par des microorganismes d’altération. Ces microorganismes sont non désirés
dans l’industrie alimentaire, il est donc primordial de les connaître et de les contrôler.
Les microorganismes pathogènes présentent un risque pour la santé du consommateur. Ils peuvent causer
des maladies car les qualités organoleptiques de l’aliment contaminé ne sont pas altérées et donc en général
l’aliment est consommé sans aucune appréhension. Cette flore, essentiellement les bactéries, induit des toxi-
infections alimentaires.
De nos jours, il y a de nombreuses origines à la contamination et à la prolifération de cette flore. Les
principales sont : une mauvaise réfrigération, l’entreposage des aliments, la mauvaise hygiène des
manipulateurs, la consommation d’aliments crus ou le réchauffage insuffisant des aliments. L’industrie
alimentaire met donc en œuvre de nombreuses règles d’hygiènes et de sécurité tout au long des procédés de
fabrication.
Aujourd’hui en France, les principales bactéries pathogènes sont les salmonelles, mais beaucoup d’autres
peuvent aussi poser des problèmes dans l’industrie alimentaire.
Aliments et principales bactéries pathogènes
Bactéries incriminées
Aliments contaminés
Salmonelles
Œufs, produits à base d’oeufs
Staphylococcus aureus
Lait, produit laitiers
Listeria monocytogenes
Fromage, charcuterie
Escherichia coli
Viande, légumes
Campylobacter
Volaille
Clostridium botulinum
Conserves
Clostridium perfringens
Plats en sauce
La flore d'altération (bactéries, levures, moisissures) n'est pas dangereuse pour l'homme. En effet le produit
est vu comme non consommable donc le consommateur ne le mangera pas (exemple : moisissures sur les
fruits). Cette flore a l’inconvénient de pouvoir modifier un bon nombre de caractéristiques de l’aliment.