FONCTIONNEMENT DES ÉCOSYSTÈMES MICROBIENS

FONCTIONNEMENT DES ÉCOSYSTÈMES MICROBIENS
RIDIGE PAR
ZAKARYAE KABBOU

FONCTIONNEMENT DES ÉCOSYSTÈMES MICROBIENS
•communautés microbiennes en général et sur divers cycles biogéochimiques
les sols et les
sédiments
sont les
biotopes
les plus
riches en
taxons
microbiens

•les taxons les plus adaptés peuvent se multiplier sans
éliminer les moins adaptés
[maintenir àdes niveaux très faibles].
•L'ADN des microorganismes morts peut aussi se
maintenir sur les constituants comme l'argile du sol
pendant des années.
•jusqu'à ce qu'une bactérie compétente l'intégre à son
génome et modifie ses capacités métaboliques.
•Un inventaire par PCR-séquençage des bactéries présentes
dans un sol typique montre une abondance de
protéobactéries (alpha, gamma), d'actinobactéries et
d'acidobactéries ce dernier groupe taxonomique étant
essentiellement constitué de bactéries non-isolées donc
non-caractérisées.
•Cette repartition change en fonction de l'état du sol et un
ajout de nickel par exemple comme dans les sols autour des
sites minlers de Nouvelle-Calédonie va diminuer la
proportion relative des alphaprotéobactéries et
augmenter celle des bétaprotéobactéries.
Alphaprotéobactéries
<<
>>
bétaprotéobactéries.

•Les tapis microbiens
•Les tapis microbiens, structures stratifiées de microorganismes, se développent dans les
zones côtières particulièrement exposées aux pollutions par des hydrocarbures.
•les tapis de Camargue et tapis de l'Etang de Berre ont été étudiés.
Le tapis de Camargue
•considéré comme non pollué, est
localisé dans un bassin de pré-
concentration d'eau de mer dans les
marais salants.
Le tapis de l'Etang de Berre
•localisé dans une station de
traitement des eaux de
ruissellement d'une raffinerie
pétrolière et est par conséquent
considéré comme étant fortement
contaminé.
•une contamination chronique.
•Leur structure verticale.
•ces tapis ont été maintenus en microcosmes au laboratoire afin d'évaluer l'impact du pétrole sur les
communautés bactériennes et leur capacité de dégradation puisqu'ils sont en première ligne en cas de
pollution marine.
•les analyses par DGGE et RISA ont montré que deux sites, exposés à différents niveaux de contamination,
possédaient des communauté bactériennes spécifiques mais des indices de diversité similaires la
comparaison de la composition des communautés montre que les gamma- et les alphaprotéobactéries sont
abondantes dans les deux sites .

•La structure de la communauté bactérienne est modifiée après plus d'un mois de
contamination.
•Toutefois l'analyse de la communauté active (analyse de TARN) montre que la
modification intervient des l'ajout du polluant. Les gammaproteobacleries dominent la
communauté dans un premier temps puis les alphaprotéobactéries et les Bacilliaceae
prennent le relais.
•Ces évolutions confirment que les communautés bactériennes s'adaptent àla présence
du polluant, puis que le tapis microbien retrouve sa structure originale un an après la
contamination.
•Des études fonctionnelles ont été entreprises afin de mètre en évidence les mécanismes
d'adaptation à la présence de pétrole.
•alors que les phylotypes associés aux deltaprotéobactéries et au groupe WS3 sont
détectées dans le site le plus pollué. Des consortiums capables de dégrader des
hydrocarbures ont été obtenus sur des milieux d'enrichissement.
L'identification des espèces bactériennes présentes dans ces consortiums montre que les
espèces impliquées dans la dégradation appartiennent àl'ordre des Rhodobacterales.