Role du microbiota pulmonaire dans pulmonaire dans la
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29. März 2014 Role du microbiota pulmonaire dans la mucoviscidose Gaudenz Hafen, MD & MER1 Médecin assoicé Résponsable de l’unité pneumologie et mucoviscidose pédiatrique Table des matières • 1. Introduction du principe « microbiota » • 2. Etude pilote soutenu par la CFCH 1. Introduction: microbiota & muco Microbiota indique la totalité de tous les micro-organismes vivant normalement chez l’homme 1. Introduction: microbiota & muco Microbiota indique la totalité de tous les micro-organismes vivant normalement chez l’homme Seulement 10% des cellules d’un individu adulte sont des cellules humaines 1. Introduction: microbiota & muco Microbiota indique la totalité de tous les micro-organismes vivant normalement chez l’homme Seulement 10% des cellules d’un individu adulte sont des cellules humaines 90% de « nous » consiste du microbiota&. 1. Introduction: microbiota & muco Microbiota indique la totalité de tous les micro-organismes vivant normalement chez l’homme Seulement 10% des cellules d’un individu adulte sont des cellules humaines 90% de « nous » consiste du microbiota&. composée essentiellement de bactéries de virus des champignons 1. Introduction: microbiota & muco La colonisation microbienne varie selon les parties du corps 1. Introduction: microbiota & muco La colonisation microbienne varie selon les parties du corps. Exemples : • sur les mains : 10’000 – 100’000’000/ cm² 1. Introduction: microbiota & muco La colonisation microbienne varie selon les parties du corps. Exemples : • sur les mains : 10’000 – 100’000’000/ cm² • sur le visage : 100 000 / cm² 1. Introduction: microbiota & muco La colonisation microbienne varie selon les parties du corps. Exemples : • sur les mains : 10’000 – 100’000’000/ cm² • sur le visage : 100 000 / cm² • dans le nez : jusqu’à 1 milliard / ml 1. Introduction: microbiota & muco La colonisation microbienne varie selon les parties du corps. Exemples : • sur les mains : 10’000 – 100’000’000/ cm² • sur le visage : 100 000 / cm² • dans le nez : jusqu’à 1 milliard / ml • dans le gros intestin : plus de 10 milliards / ml 1. Introduction: microbiota & muco Voies aeriennes? 1. Introduction: microbiota & muco Voies aeriennes? En 2010, c‘était encore considéré comme stérile.... 1. Introduction: microbiota & muco Voies aeriennes? En 2010, c‘était encore considéré comme stérile.... ..en raison que les cultures restent „stérile“ 1. Introduction: microbiota & muco Voies aeriennes? En 2010, c‘était encore considéré comme stérile.... ..en raison que les cultures restent „stérile“ Particularité des poumons: Avec chaque respiration il y a un échange avec l‘environnement 1. Introduction: microbiota & muco Voies aeriennes? En 2010, c‘était encore considéré comme stérile.... ..en raison que les cultures restent „stérile“ Particularité des poumons: Avec chaque respiration il y a un échange avec l‘environnement 2014: Les voies aeriennes chez des personnes saint ne sont pas stérile, mais comporte un microbiota particulier ! 1. Introduction: microbiota & muco Voies aeriennes? En 2010, c‘était encore considéré comme stérile.... ..en raison que les cultures restent „stérile“ Particularité des poumons: Avec chaque respiration il y a un échange avec l‘environnement 2014: Les voies aeriennes chez des personnes saint ne sont pas stérile, mais comporte un microbiota particulier ! Egalement chez des enfants sain on trouve des champignons... 1. Introduction: microbiota & muco • Microbiota pulmonaire dans la mucoviscidose est comporté comme chez des personnes sain des • Bacteries • Champignons • Viruses 1. Introduction: microbiota & muco • Mais le focus est particulièrement sur; • Bacteries • Champignons • Viruses 1. Introduction: microbiota & muco • Mais il y des interactions connu entres... • Bacteries • Champignons • Viruses 1. Introduction: microbiota & muco Interactions sur un niveau cellulaire entre espèce dans un groupe (par exemple entre bactéries) - Pseudomonas aeruginosa and B.cepacia complex - Pseudomonas aeruginosa and S. maltophilia 1. Introduction: microbiota & muco • Mais également entres... • Bacteries & Champignons • Bacteries & Virus 1. Introduction: microbiota & muco Interactions entre espèce des groupes différents Bacteries et champignons: - Pseudomonas aeruginosa et C.albicans ou A. fumigatus Bacteries et viruses - Pseudomonas aeruginosa et Rhinovirus 1. Introduction: microbiota & muco • Jusque aujourd’hui: - principalement cultures classiques • Mais l'analyse microbiologique avec des méthodes de culture classiques reste incertaine Importance de micro-organisme « noncultivable »???? (voies aeriennes stériles) Probiotiques? 1. Introduction: microbiota & muco • Jusque aujourd’hui: - cultures classiques - analyses par PCR (Réaction en chaine par polymérase) PCR: méthode de biologie moléculaire -Séquence d’ADN ou d’ARN -Amplification à partir d’une faible quantité 1. Introduction: résume • Microbiota: bacteries, champignons, viruses • Mise en évidence: cultures ou PCR 2. Etude pilote: Méthode independent de la culture et PCR: >> Analyse des microbes directement dans les prélèvements sans amplification = whole genome sequencing WGS >> comparaison avec cultures et PCR 2. Etude pilote: • • • • 2 sputa 4 différentes méthodes d’extraction d’ADN Cultures PCR pour bactéries et champignons 2. Etude pilote: résultats WGS: whole genome sequencing 2. Etude pilote: résultats • WGS est plus quantitative et plus complete que les autres méthodes • WGS directement appliqué au niveau de l’AND pur a éliminé le problème de PCR et d’amplification • WGS suggère que champignon sont présent en très petites quantités (250 sur > 9’000’000 copies) >> cultures comme PCR sont trop sénsitive 2. Etude pilote: Prochaine étape: Étude prospective Collaboration Institute de microbiologie CHUV Philippe Hauser Katia Jaton Gilbert Greub Swiss Institute of Bioinformatics (Vital-IT group) Thomas Bernard Marco Pagni Soutien
