Approche populationnelle des interactions entre contrôle des
publicité
Stage M2 Approche populationnelle des interactions entre contrôle des rétrovirus endogènes et résistance aux pathogènes. Laboratoire d'accueil : UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie Biologie Évolutive 43 bv 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne Cedex Équipe d'accueil : Éléments transposables, Évolution, Populations Direction : Cristina Vieira Encadrant scientifique : Marie Fablet [email protected] 04 72 43 29 16 Les rétrovirus endogènes sont des séquences virales intégrées au génome de leur hôte, vestiges d'infections passées. Leur intégration dans le génome engendre des mutations, qui sont le plus souvent neutres ou délétères. Différents systèmes de régulation par le génome hôte contrôlent les effets délétères de ces séquences, au niveau transcriptionnel ou post-transcriptionnel. En particulier, les travaux de recherche des dernières années ont mis en évidence un mécanisme d'interférence ARN impliquant de petits ARN appelés « piwi interacting RNAs » (piRNA), responsables de la dégradation des transcrits des éléments transposables et des rétrovirus endogènes (Siomi et al., 2011). Nous savons depuis longtemps que la proportion du génome occupée par les rétrovirus endogènes ainsi que l'activité de ces séquences sont très variables d'une espèce à l'autre, et même entre populations d'une même espèce. Ainsi, le rétrovirus endogène tirant chez Drosophila simulans est totalement inactif dans certaines populations, tandis qu'il est fortement transcrit dans certaines lignées dépourvues des piRNA correspondants (Akkouche et al., 2012). Différents modèles sont proposés pour expliquer cette variabilité, dont une variabilité des systèmes de régulation mis en place par les génomes hôte. Nous avons en effet récemment montré que l'activité des gènes de biogenèse des piRNA est très variable entre lignées de D. simulans (Fablet et al., 2014). Ce mécanisme de régulation des rétrovirus endogènes par piRNA s'apparente à un processus immunitaire, dont le champ d'action serait le génome. D'autres voies de régulation par ARN interférence ont été décrites, comme la voie des siRNA, impliquée dans la défense contre les infections virales. Des éléments de plus en plus nombreux suggèrent l'existence d'interactions entre ces différentes voies d'ARN interférence. Ainsi, nous souhaitons tester l'hypothèse d'interactions entre l'immunité au sens large et l'immunité génomique dirigée contre les rétrovirus endogènes. L'étudiant/e aura à sa disposition différentes lignées naturelles de deux espèces de drosophile, pour lesquelles nous avons mis en évidence une grande variabilité dans l'activité des rétrovirus endogènes et dans la voie de biosynthèse des piRNA qui les régulent. Il/elle les soumettra à des infections par différentes souches de levure du genre Candida, afin de caractériser la variabilité naturelle dans la réponse à l'infection. Dans les différentes conditions, l'étudiant/e mesurera par RTqPCR l'activité de gènes impliqués dans l'immunité (au sens large et génomique) et des rétrovirus endogènes, dans le but d'identifier des interactions entre les différentes voies de l'immunité. Références Akkouche et al., 2012. tirant, a newly discovered active endogenous retrovirus in Drosophila simulans. J Virol. 86 : 3675-81. Fablet et al., 2014. Variable expression levels detected in the Drosophila effectors of piRNA biogenesis. Gene 537 : 149-53. Siomi et al., 2011. PIWI-interacting small RNAs the vanguard of genome defence. Nat Rev Mol Cell Biol. 12 : 246-58.
