Bactériologie des : - Infections ORL - Infections respiratoires Dr N. DEGAND Laboratoire de Bactériologie 09/01/2012 I- Infections ORL • Angines bactériennes – – – – Rappels: Streptocoques angine à S. pyogenes angine à C. diphtheriae (diphthérie) angine à association fuso-spirillaire (Angine de Vincent) • Otites et sinusites bactériennes – Otites – Sinusites – principales bactéries en cause: • S. pneumoniae • H. influenzae • M. catarrhalis II- Infections respiratoires • Infections respiratoires: – généralités / prélèvements • Pneumonies bactériennes – – – – – Pneumonie à Streptococcus pneumoniae Legionellose (Legionella pneumophila) Pneumonie à Mycoplasma pneumoniae Pneumonie à Chlamydophila pneumoniae Coqueluche (Bordetella pertussis) Infections O.R.L Rappel: Streptocoques • Genre: Streptococcus – cocci Gram positif en chaînettes – Catalase: NEGATIVE Rappel: Streptocoques β-hémolyse = hémolyse complète (translucide) Groupe A, B, C, G, F, etc… α –hémolyse = hémolyse verdâtre = Streptocoques « viridans » = Streptocoques « oraux » Rappel: Streptocoques • Streptocoques α–hémolytiques = hémolyse verdâtre = Streptocoques « viridans » = Streptocoques « oraux » = appartiennent à flore commensale de l’oropharynx Habituellement peu ou pas pathogènes Nb: Exception+++: S. pneumoniae (Pneumocoque) Rappel: Streptocoques • Streptocoques β–hémolytiques = hémolyse complète (translucide) = Streptocoques « pathogènes » – Différenciés en fonction de leur antigène de surface (antigène de Lancefield) – Detécté par groupage (agglutination de particules de latex) • Groupe « A » = S. pyogenes • Groupe « B »= S. agalactiae Angine à S. pyogenes • Diagnostic clinique: – Douleur pharyngée – +/- fièvre – Angine érythémateuse (amygdale rouge) Ou érythémato-pultacée (rouge + points blanchâtres) • Nb: Étiologie virale (= 60 à 90%) Étiologie bactérienne: S. pyogenes +++ (surtout 5-15 ans) Angine à S. pyogenes Forme « érythémato-pultacée » Angine à S. pyogenes • Diagnostic biologique direct: – TDR (Test de Diagnostic Rapide): • Lors de l’examen clinique • Par écouvillon pharyngé • Détection en qq minutes d’antigènes spécifiques de S. pyogenes (Se= 95% Sp=95%) http://www.ameli.fr/fileadmin/user_upload/docu ments/tdr-depliant.pdf – Culture bactério sur écouvillon pharyngé Angine à S. pyogenes • Culture: milieux enrichis (gélose au sang) mise en évidence β-hémolyse Angine à S. pyogenes • Groupage Lancefield « A »: =détection de l’antigène A (agglutination de billes de latex) A= S. pyogenes • Tests complémentaires – Bacitracine: Sensible (1) – Optochine: Résistant (2) 1 2 Angine à S. pyogenes • Diagnostic biologique indirect =Sérologie: recherche d’anticorps anti- Streptococcus pyogenes • Anticorps anti-streptolysine (ASLO) • Anticorps anti-Streptodornase • Anticorps anti-Streptokinase Nb: rétrospectif (délai de positivité=3 semaines) Angine à S. pyogenes • ttt: – Sensible aux β-lactamines • Ttt par amoxicilline p.o – En cas d’allergie: utilisation des macrolides ou pristinamycine C. diphtheriae • Genre corynebacterium • Bacilles Gram positif « corynéformes » • Immobile • Non sporulé • Non capsulé • Virulence = toxine (anatoxine diphtérique) Angine à C. diphtheriae = la diphthérie(adolescent et adulte jeune) • Angine pseudomembraneuse (Fausses membranes) • Adénopathies cervicales • Altération de l’état général • Diagnostic: écouvillon pharyngé (examen direct et culture) • Diagnostic différentiel+++= Mononucléose infectieuse (due au virus EBV) Angine à C. diphtheriae • Diagnostic: culture bactério écouvillon pharyngé – Examen direct: très nombreux BGP corynéformes (=aspect en massue, lettres de l’alphabet, hyéroglyphes) Angine à C. diphtheriae – Culture: • gélose au sang • Culture monomorphe à Corynebacterium • Catalase + • Aéro-anaérobie Identification = C. diphtheriae Confirmation caractère toxinogène: recherche de la toxine sur colonie par PCR Angine à C. diphtheriae • Ttt= urgence médicale – sérothérapie (sérum anti-diphtérique) – antibiothérapie (pénicillines, macrolides) – vaccination (patient et entourage) Angine de Vincent • • • • Haleine fétide Ulcération nécrotique de l’amygdale Mauvaise hygiène bucco-dentaire Diagnostic: examen direct+++: association fusospirillaire (F. necrophorum + B. vincentii) Nb: diagnostic différentiel: syphilis (Treponema pallidum) peut aussi donner angine ulcéro-nécrotique (chancre) Angine de Vincent F. necrophorum B. vincentii Examen direct: Bacille Gram négatif anaérobie strict « fusiformes » = F. necrophorum Spirochètes (bactéries spiralées)= B. vincentii Angine de Vincent • Ttt antibiotique: – Pénicilline – ou métronidazole (si allergie) B. vincentii F. necrophorum Sinusite bactérienne • Diagnostic clinique: – Douleur sinusienne (maxillaire ou frontale) – Unilatérale – Pulsatile – Rhinorrhée purulente – Obstruction nasale – Fièvre • Agents bactériens: – H. influenzae, S. pneumoniae, M. catarrhalis Sinusite bactérienne • Diagnostic bactério: – Rarement effectué – Prélèvements bactério: • Aspiration directe pus au niveau méat moyen • Pour examen direct et culture Otite bactérienne • Forme la plus fréquente: otite moyenne aigue • Diagnostic clinique: – Otalgie – Fièvre – Examen otoscopique+++ (opacité tympanique) • Agents bactériens: – H. influenzae, S. pneumoniae, M. catarrhalis (S. pyogenes et S. aureus: <5%) Otite bactérienne • Diagnostic bactério (examen direct et culture): – Par paracentèse • Si forme hyperalgique nourrisson <3 mois • Si échec de ttt antibiotique S. pneumoniae • • • • • Gram: diplocoque Gram + Immobile Capsulé Aéro-anaérobie (ana préférentiel) Caractères biochimiques: – Catalase négative (Streptocoque) – Sensibilité à l’optochine S. pneumoniae S. pneumoniae = diplocoques à Gram positif polynucléaires neutrophiles S. pneumoniae • Culture: milieux enrichis (gélose au sang) – α-hémolytique – Aspect mucoide possible (production d’une capsule polysaccharidique = sucre) S. pneumoniae • Tests complémentaires: – Sensibilité à l’Optochine +++ S. pneumoniae • antibiogramme – β-lactamines: sensible • Sensibiltié diminuée possible (=« PSDP ») Pneumocoque de Sensibiltié Diminuée à la Pénicilline G – aminosides: bas niveau résistance naturelle (comme tous les strepto) mais synergie bactéricide conservée avec β-lactamines Haemophilus influenzae • Petit bacille Gram – polymorphe ou coccobacille Gram • Immobile • Catalase + oxydase + • Souches capsulées (plus virulentes) ou non capsulées • Respiration: exigence en CO2 Haemophilus influenzae Petit bacille Gram – polymorphe ou coccobacille Gram - Haemophilus influenzae • Culture: bactérie exigeante – Milieux très enrichis (gélose « chocolat ») = gélose au sang cuit – Car dépendance en facteurs X et V • X= hémine • V= NAD Haemophilus influenzae • Dépendance en facteurs – Hémine (X) – NAD (V) X+V Besoin des 2 (X+V) nb: hémine présente dans gélose au sang Mais NAD uniquement présent dans gélose « chocolat » V X Haemophilus influenzae • Antibiogramme: – Sensibilité aux β-lactamines (amoxicilline, Amox+ac. Clavulanique, C3G) – Résistance possible Amox si pénicillinase • Concerne 20% des souches • sensibiltié Amox+ac. Clav conservée M. catarrhalis • Cocci Gram négatif • en diplocoques grains de café ou tétrades (idem Neisseria) • Catalase + • Oxydase + • Aérobie strict M. catarrhalis • Culture: – Gélose au sang • Tests complémentaires: – Présence d’une pénicillinase détectée par le test de céfinase – Hydrolyse de la tributyrine (tributyrine +) M. catarrhalis • Antibiogramme: – Résistance naturelle à pénicilline G et amoxicilline (production de pénicillinase) cf test « céfinase » PG – Ttt par amoxicilline + acide clavulanique (restauration de la sensibilité par l’acide clavulanique) AMX AMX+ Ac. clav PG=R AMX=R AMX+ac. Clav=S Infections respiratoires Infections respiratoires Pneumonie bactérienne « typique » •début brutal, opacité systématisée •=Pneumonie Franche lobaire aigue (PFLA) S. pneumoniae Pneumonie bactérienne « atypique » •début progressif, •opacités mal systématisées •=Pneumonie interstitielle diffuse Ex: Mycoplasma pneumoniæ Chlamydophila pneumoniae Legionella pneumophila Infections respiratoires • Exacerbations de BPCO: – Surinfections chez des patients ayant une BPCO (Broncho Pneumopathie Chronique Obstructive) – Étiologie bactérienne: • H. influenzae • S. pneumoniae • M. catarrhalis Infections respiratoires • Diagnostic bactério direct: – Examen direct et culture (ECBC, aspiration trachéale, LBA, PDP, etc…) • Pour bactéries cultivables: – S. pneumoniae – M. catarrhalis – H. influenzae • Pour recherches spécifiques (à préciser+++): – L. pneumophila Nb: ECBC + facile à réaliser mais + souvent contaminé par flore oro-pharyngée LBA plus ciblé mais nécessite fibroscopie Infections respiratoires ECBC modalités • Faire pratiquer un lavage des dents et un rinçage abondant de la bouche • Prélever les expectorations obtenues après des efforts de toux ou si besoin après kinésithérapie. • Recueillir des expectorations dans un poudrier stérile. Infections respiratoires ECBC: Examen direct: Gram et classe de Bartlett Classes selon Bartlett Murray Washington Cellules épithéliales / champ Leucocytes / champ 1 >25 <10 2 >25 10-25 3 >25 >25 4 10-25 >25 5 <10 >25 Cellules épithéliales = contamination salivaire Leucocytes = infection Prélèvement interprétable si nombre de leucocytes > ou égal à cellules épithéliales Infections respiratoires LBA modalités • Sous fibroscopie bronchique • Sédation par hypnovel • Bloquer l’extrêmité du fibroscope dans une bronche segmentaire ou soussegmentaire (lingula ou lobe moyen). • Injection de 20-60 ml de sérum physiologique • aspiration douce (éviter de collaber la bronche) • rendement 30 - 70 %. Infections respiratoires • Diagnostic bactério direct (suite): – PCR sur prélèvements respiratoires (ECBC, aspiration trachéale, sécrétions nasales, LBA) • Pour bactéries non ou difficilement cultivables: – – – – M. pneumoniae C. pneumoniae L. pneumophila B. pertussis / B. parapertussis • Technique très sensible et très spécifique – ECBC/LBA pour M. pneumoniae, C. pneumoniae, L. Pneumophila – Idem ou sur sécrétions nasales seules pour B. pertussis / B. parapertussis Infections respiratoires • Diagnostic bactério direct (suite): – Antigénurie • Recherche d’antigènes bactériens spécifiques dans les urines • Traduisant une infection invasive • Disponible pour: – S. pneumoniae – L. pneumophila • Diagnostic bactério indirect (sérologies): – M. pneumoniae – L. pneumophila – C. pneumophila Nb: Intérêt limité, retrospectif Pneumonie à S. pneumoniae • Diagnostic clinique: – – – – Pneumonie « typique » Début brutal +++ Fièvre 40°C Opacités systématisées à la radio de thorax – 1/3 des pneumonies bactériennes de l’enfant Pneumonie à S. pneumoniae • Diagnostic bactério: – Examen direct et culture sur ECBC (cf S. pneumoniae culture) – Antigénurie Pneumocoque • Sensibiltié 80%, mais peu spécifique • faux positif si bactériurie associée (réaction croisée) • Faux positif chez l’enfant dû à portage oro-pharyngé de S. pneumoniae • Positivité persistante si Atcd de Pneumonie à Pneumo <3 mois, de vaccination pneumococcique dans les 5j A prescrire uniquement en cas de contexte clinique évocateur +++ Ex: Ag Pneumo + Pneumonie à S. pneumoniae • Ttt: – β-lactamines: pénicilline A= amoxicilline • Même en cas de PSDP (Pneumocoque de Sensibiltié Diminuée à la Pénicilline G) Legionella pneumophila • • • • Agent de la Legionellose Bactérie intracellulaire aérobie strict Habitat: bactérie hydrique +++ – Vit en eau chaude < 55°C – Détruite si t° > 60°C • petit bacille à Gram négatif (coloration difficile au Gram) Legionella pneumophila • Culture: milieux très enrichis (BCYE) (Charbon, extraits de levure, cystéine) Legionella pneumophila • 1976: congrès de l’American Legion (Philadelphie), • 40 participants décédés de pneumonie foudroyante ="maladie des légionnaires" • isolement par McDade à partir d’autopsies d'une bactérie "nouvelle" = Legionella pneumophila • transmission par voie respiratoire par inhalation d'aérosols d’eau contaminée (climatisations, tours aéro-réfrigérantes…). Nb: surveillance réseau eaux chaudes (établissements de santé et thermaux) • Pas de transmission inter-humaine Legionella pneumophila • Diagnostic biologique direct: – Antigénurie: détecte L. pneumophila sérotype 1 • Sensibiltié 80% spécificité 90% – PCR sur prélèvements respiratoires – Culture (ECBC, LBA) sur milieu BCYE Ex: Ag Legio + • Diagnostic biologique indirect: – Sérologie (mise en évidence d’anticorps=rétrospectif) • augmentation du titre d’anticorps (x4) en 15 jours d’intervalle à un 2ème titre minimum de 128 • titre d’anticorps élevé (≥ 256) Legionella pneumophila • Ttt ATB: – Actif sur bactéries intracellulaires • Fluroquinolones • Macrolides • Déclaration obligatoire à l’ARS Mycoplasma pneumoniae • Bactérie intracellulaire • Dépourvue de paroi (=peptidoglycane) • culture sur milieux spécifiques (milieux au jaune d’œuf): culture non effectuée en routine Mycoplasma pneumoniae • Diagnostic clinique: – – – – – – – Pneumonie « atypique » Début progressif Toux Céphalées Rash cutané Anémie hémolytique Fréquent grand enfant Adulte jeune Mycoplasma pneumoniae • Diagnostic biologique: – PCR sur prélèvements respiratoires +++ – Sérologie: peu d’intérêt (mise en évidence d’anticorps=rétrospectif) • Ttt ATB: – – – – Résistance naturelle aux β-lactamines (absence de peptidoglycane) antibiotiques à diffusion intracellulaire Ttt par: • 1er choix Macrolides ou cyclines • 2ème choix fluroquinolones Chlamydophila pneumoniae • Pneumonie « atypique » – début progressif – syndrome grippal – opacité non systématisée (hétérogène) • C. pneumoniae= – Bactérie intracellulaire – Dépourvue de paroi = peptidoglycane (donc resistante aux β-lactamines) ( idem M. pneumoniae) Chlamydophila pneumoniae • corps élémentaire (CE): – forme infectieuse extracellulaire non réplicante • corps réticulé (CR): – forme intracellulaire non infectieuse mais réplicante • cycle de développement: – Attachement et entrée du CE dans la cellule hôte – Différenciation du CE en CR – Multiplication du CR dans le cytoplasme – Différenciation des CR en CE – Sortie des CE (éclatement de la cellule) Chlamydophila pneumoniae • Diagnostic biologique: – PCR sur prélèvements respiratoires +++ – Sérologie: peu d’intérêt (mise en évidence d’anticorps=rétrospectif) • Ttt ATB: – Résistance naturelle aux β-lactamines (absence de peptidoglycane) – antibiotiques à diffusion intracellulaire – Ttt par: • 1er choix Macrolides ou cyclines • 2ème choix fluroquinolones Bordetella pertussis • • • • • Agent de la coqueluche coccobacille à Gram négatif aérobie strict Catalase + oxydase + Virulence: la toxine pertussique – Plusieurs effets biologiques: • Facteur promoteur de lymphocytose • Facteur histamino-sensibilisant • Facteur activant les îlots de Langerhans Nb: immunité acquise par anticorps anti-toxine (post-vaccination ou post-infection) Bordetella pertussis B. pertussis: aspect de coccobacille à Gram négatif Coqueluche • Diagnostic clinique: – – – – Incubation: 7-10j Phase catarrhale initiale Puis quintes de toux Reprise inspiratoire bruyante = chant du coq – Pas de fièvre – Grave chez nourrisson non vacciné (<1 mois+++) – Bactéries en cause: B. pertussis (95%) et B. parapertussis (5%) Coqueluche • Diagnostic biologique d’orientation: – NFS: hyperlymphocytose • Diagnostic bactério: – Diagnostic direct: • PCR spécifique de B. pertussis / B. parapertussis sur sécrétions nasales (aspiration ou écouvillon) • Culture: abandonné (peu sensible) – Diagnostic indirect: • Sérologie: recherche d’anticorps spécifiques anti-B. pertussis nb: sérologie sans intérêt < 3 semaines Ou si vaccination < 3 ans Coqueluche • Hospitalisation (si forme grave) • Ttt antibiotique: – Macrolides • Antibioprophylaxie de l’entourage • Vaccination +++